New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1994322 = | NA (NA) | 3 (0.030) | 3/246 | NT | 18.3% | intergenic (‑429/‑64) | USA300HOU_RS09935/USA300HOU_RS11675 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1994387 = | 14 (0.110) | coding (2/1362 nt) | USA300HOU_RS11675 | hypothetical protein |
TTATTAGAAAAGTTGAAACAAATATATAACCCCAGATAATATAATCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATACCTTAG > USA300TCH1516_ALE/1994183‑1994404 | ttattaGAAAAGTTGAAACAAATATATAACCCCAGATAATATAATCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACaaa > 1:197293/1‑141 (MQ=255) attaGAAAAGTTGAAACAAATATATAACCCCAGATAATATAATCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACaaaaa > 1:818159/1‑141 (MQ=255) ttaGAAAAGTTGAAACAAATATATAACCCCAGATAATATAATCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAg < 1:1022319/141‑1 (MQ=255) ttaGAAAAGTTGAAACAAATATATAACCCCAGATAATATAATCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAg < 2:1080286/141‑1 (MQ=255) ttaGAAAAGTTAAAACAAATATATAACCCCAGATAATATAATCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAg < 2:304038/141‑1 (MQ=255) aaaaaaGTTAAAAAAAAAATATAACTCAAAATAATATAATTATTAACATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAgcg < 2:843904/139‑1 (MQ=18) aGAAAAGTTGAAACAAATATATAACCCCAGATAATATAATCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAgcg < 1:453049/141‑1 (MQ=255) aGAAAAGTTGAAACAAATATATAACCCCAGATAATATAACCCTTATCATTAATGTACTACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAgcg < 1:919091/141‑1 (MQ=255) aGAAAAGTTGAAACAAATATATAACCCCAGATAATATAACCATTTTCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAgcg < 3:315588/141‑1 (MQ=255) aGAAAAGTGGAAACAAATATATAACCCCAGATAATATAATCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAgcg < 4:24833/141‑1 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2:78733/141‑1 (MQ=37) ttGAAACAAATATATAACCCCAGATAATATAATCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCCTCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGc > 1:510984/1‑141 (MQ=255) ttGAAACAAATATATAACCCCAGATAATATAATCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATTTAGAATTGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGc > 1:510724/1‑141 (MQ=37) gAAACAAATATATAACCCCAGATAATATAATCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACTCAAAAAGCGCAATTGCct > 2:786255/1‑141 (MQ=255) aaaCAAATATATAACCCCAGATAATATAATCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCctc > 1:994279/1‑141 (MQ=255) aCAAATATATAACCCCCGACAATATAATCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCta < 3:346437/141‑1 (MQ=255) aCAAATATATAACCCCAGATAATATAATCATTATCATTAATGTAATACCAAACAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGTAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCta < 4:109846/141‑1 (MQ=255) aCAAATATATAACCCCAGATAATATAATCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCta < 2:919679/141‑1 (MQ=255) aCAAATATATAACCCCAGAAAATAGAATCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCta < 3:346464/141‑1 (MQ=255) tatataACCCCAGATAATATAATCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAAtt < 1:392970/141‑1 (MQ=255) atataACCCCAGATAATATAATCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAg < 1:821748/121‑1 (MQ=255) atataACCCCAGATAATATAATCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAg > 2:821748/1‑121 (MQ=255) 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(MQ=255) taatataatCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGAccaaac < 1:597690/141‑1 (MQ=255) taatataatCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGAccaaac < 1:364122/141‑1 (MQ=255) aatataatCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGAccgaacc < 2:625073/141‑1 (MQ=255) aatataatCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGAccaaacc < 1:563736/141‑1 (MQ=255) aatataatCATTAACATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGAccaaacc < 2:625071/141‑1 (MQ=255) atataatCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGAccaaaccc > 1:1038899/1‑141 (MQ=255) atataatCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGAccaaaccc > 3:278531/1‑141 (MQ=255) tataatCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGAccaaaccca > 1:1074262/1‑141 (MQ=255) ataatCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGAccaaacccaa < 2:423073/141‑1 (MQ=255) cattatcattaATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTaa < 2:221552/141‑1 (MQ=255) atcattaATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATCATTTCAAGTCAccaaccccaaaccacccgc > 2:557900/1‑134 (MQ=18) atcattaATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGga > 2:998191/1‑141 (MQ=255) atcattaATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGga > 1:496764/1‑141 (MQ=255) cattaATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGgaga > 2:886524/1‑141 (MQ=255) attaATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGAc < 3:96897/141‑1 (MQ=255) ttaATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTTATTTTTTTAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTTACCAAACCCAAACTAAAGGAGACa > 4:66167/1‑141 (MQ=17) aaTTTAATACCAAAAAAAGAAAGTATACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCGATGATTGAATGTGACCAAACCCAATCTATAGGAGACAAg < 2:267496/141‑1 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2:680777/1‑141 (MQ=255) tAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTTTTTCACTAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACTCAAAATAAAGGAGACAAGTgct > 2:994702/1‑140 (MQ=17) aTACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGcc < 3:306825/141‑1 (MQ=255) aTACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGcc < 2:794463/141‑1 (MQ=255) aTACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGcc < 1:805851/141‑1 (MQ=255) cAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTAtg < 3:169855/141‑1 (MQ=255) cAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTAtg > 1:967466/1‑141 (MQ=255) aaaaGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTa > 2:41768/1‑141 (MQ=40) agaagTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATg > 2:961771/1‑141 (MQ=38) agaagTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATg > 3:440359/1‑141 (MQ=38) aagTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGAt > 1:26227/1‑141 (MQ=35) agTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATa > 2:283503/1‑141 (MQ=35) agTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATa > 2:1082941/1‑141 (MQ=35) agTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATa > 3:86989/1‑141 (MQ=35) agTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATa > 2:713446/1‑141 (MQ=35) gTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAACGAAAc > 4:4226/1‑141 (MQ=25) tAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATACCt > 2:938855/1‑141 (MQ=32) aaCAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCTCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAATGAGACAAGATCTCCTATGTGTATTCATACCtga > 4:18552/1‑139 (MQ=11) aaCAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATACCTTa < 3:447557/141‑1 (MQ=32) aCAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATACCttca > 2:991451/1‑139 (MQ=14) aCAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATACCTTAg < 2:707869/141‑1 (MQ=31) | TTATTAGAAAAGTTGAAACAAATATATAACCCCAGATAATATAATCATTATCATTAATGTAATACCAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATACCTTAG > USA300TCH1516_ALE/1994183‑1994404 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |