| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1994322 = | NA (NA) | 3 (0.030) | 3/246 | NT | 18.3% | intergenic (‑429/‑64) | USA300HOU_RS09935/USA300HOU_RS11675 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1994387 = | 14 (0.110) | coding (2/1362 nt) | USA300HOU_RS11675 | hypothetical protein | |||||
CAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATACCTTAGAATTACTAAGAATAAAAGATGAAAATATAAAATATATAAACCAAGAAATTGACGTCATTATCAAAGGAAAAAAAGCAACAGTGGTTAATGCTGTACTAACGTATAAGCCTTCGGCCTGTTATT > USA300TCH1516_ALE/1994248‑1994527 | gatgtcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgctttttg < 4:392647‑M2/2‑1 (MQ=255)gacgtcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgctttttg > 4:450574‑M2/140‑141 (MQ=255)gacgtcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgctttttg > 4:208417‑M2/140‑141 (MQ=255)gacgtcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgctttttg < 1:602276‑M2/2‑1 (MQ=255)gacgtcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgctttttg > 1:998191‑M2/140‑141 (MQ=255)gacgtcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgctttttg < 2:808189‑M2/2‑1 (MQ=255)gacgtcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactctaaattatagaggcaattgcgctttttg < 4:363649‑M2/2‑1 (MQ=255)cAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTAtg < 3:169855/141‑1 (MQ=255)cAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTAtg > 1:967466/1‑141 (MQ=255) acgtcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgctttttgt > 2:867789‑M2/139‑141 (MQ=255) cgtcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgctttttgtg < 2:8055‑M2/4‑1 (MQ=255) cgtcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgctttttgtg < 1:987152‑M2/4‑1 (MQ=255) gtcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgcttttTgtgt < 1:636669‑M2/5‑1 (MQ=255) tcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgcttttTGTGTa < 1:222681‑M2/6‑1 (MQ=255) tcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgcttttTGTGTa < 2:498048‑M2/6‑1 (MQ=255) tcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgcttttTGTGTa > 1:547093‑M2/136‑141 (MQ=255) tcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgcttttTGTGTa < 2:798846‑M2/6‑1 (MQ=255) tcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgcttttTGTGTa < 3:10085‑M2/6‑1 (MQ=255) aaaaGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTa > 2:41768/1‑141 (MQ=40) agaagTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATg > 2:961771/1‑141 (MQ=38) agaagTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATg > 3:440359/1‑141 (MQ=38) aagTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGAt > 1:26227/1‑141 (MQ=35) agTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATa > 2:283503/1‑141 (MQ=35) agTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATa > 2:1082941/1‑141 (MQ=35) agTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATa > 2:713446/1‑141 (MQ=35) agTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATa > 3:86989/1‑141 (MQ=35) gTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAACGAAAc > 4:4226/1‑141 (MQ=25) tAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATACCt > 2:938855/1‑141 (MQ=32) aaCAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCTCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAATGAGACAAGATCTCCTATGTGTATTCATACCtga > 4:18552/1‑139 (MQ=11) aaCAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATACCTTa < 3:447557/141‑1 (MQ=32) aCAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATACCttca > 2:991451/1‑139 (MQ=14) aCAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATACCTTAg < 2:707869/141‑1 (MQ=31) acacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgcttttTGTGTAATGATACCTTAGAATTACTAAGAATAAAAGATGAAAATATAAAATATATAAACCAAGAAATTGAc > 1:10799‑M2/71‑141 (MQ=255) ggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgcttttTGTGTAATGATACCTTAGAATTACTAAGAATAAAAGATGAAAATATAAAATATATAAACCAAGaa < 1:337102‑M2/65‑1 (MQ=255) ggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgcttttTGTGTAATGATACCTTAGAATTACTAAGAATAAAAGATGAAAATATAAAATATATAAACCAAGaa > 2:337102‑M2/64‑128 (MQ=255) TGTGTAATGATACCTTAGAATTACTAAGAATAAAAGATGAAAATATAAAATATATAAACCAAGAAATTGACGTCATTATCAAAGGAAAAAAAGCAACAGTGGTTACTGCTGTACTAACGTATAAGCCTTCGGCCTGTTAtt > 2:949203‑M2/1‑141 (MQ=255) | CAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATACCTTAGAATTACTAAGAATAAAAGATGAAAATATAAAATATATAAACCAAGAAATTGACGTCATTATCAAAGGAAAAAAAGCAACAGTGGTTAATGCTGTACTAACGTATAAGCCTTCGGCCTGTTATT > USA300TCH1516_ALE/1994248‑1994527 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |