New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2248208 = | 134 (1.080) | 8 (0.070) | 8/248 | NT | 6.0% | intergenic (+2/+128) | coaW/USA300HOU_RS11505 | Type II pantothenate kinase/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2248263 = | 121 (1.010) | intergenic (+57/+73) | coaW/USA300HOU_RS11505 | Type II pantothenate kinase/hypothetical protein |
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
TATCGGTTCTTCATTTCATAATAACGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGT > USA300TCH1516_ALE/2248068‑2248348 | tttaaaaactggcgtggttggtacaattgtttcagcgcaaaaattgtctaatgaacttacattttaattgaattgagttgtaagtaattaagtgataataaatggaacaatacgtattcaaaacacttagaccataaaata > 1:732304‑M1/141‑141 (MQ=255) tatCGGTTCTTCATTTCATAATAACGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTtagaaaaatagaa < 1:134319/141‑1 (MQ=255) tatCGGTTCTTCATTTCATAATAACGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTtagaaaaatagaa < 1:861199/141‑1 (MQ=255) aaaaactggcgtggttggtacaattgtttcagcgcaaaaattgtctaatgaacttacattttaattgaattgagttgtaagtaattaagtgataataaatggaacaatacgtattcaaaacacttagaccataaaataaaa < 2:927870‑M1/4‑1 (MQ=255) ggTTCTTCATTTCATAATAACGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTGGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAg > 3:350961/1‑141 (MQ=255) gTTCTTCATTTCATAATAACGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGa < 1:618804/141‑1 (MQ=255) tcatttcatAATAACGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCAtt < 1:847284/141‑1 (MQ=255) tcatttcatAATAACGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCAtt > 3:400489/1‑141 (MQ=255) catttcatAATAACGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCAttt > 3:140020/1‑141 (MQ=255) tttcatAATAACGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTtat > 1:19926/1‑141 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aaCGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATATTGGGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCgtt < 2:53657/141‑1 (MQ=255) aaCGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGGTAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCgtt > 1:960942/1‑141 (MQ=255) aaCGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCgtt > 1:814154/1‑141 (MQ=255) aaCGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCgtt > 3:57671/1‑141 (MQ=255) aCGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCgttg > 3:302745/1‑141 (MQ=255) gCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCgttgtt > 2:331186/1‑141 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2:369887/1‑141 (MQ=255) tagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGt > 2:251318/1‑141 (MQ=255) tagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGt > 4:327598/1‑141 (MQ=255) agaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTACGTGTTTTGGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGt < 3:160679/141‑1 (MQ=255) aaaaaGACCATTTATATACGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTAATGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAg < 3:962/141‑1 (MQ=255) AAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGt < 1:663144‑M1/141‑1 (MQ=255) AAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGt < 3:197415‑M1/141‑1 (MQ=255) | TATCGGTTCTTCATTTCATAATAACGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGCTATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTT‑GAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAGT > USA300TCH1516_ALE/2248068‑2248348 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |