| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | USA300TCH1516_ALE | 2336465 = | 83 (0.730) | intergenic (‑185/+35) | USA300HOU_RS11920/USA300HOU_RS11925 | hypothetical protein/putative oxidoreductase/MSMEI_2347 | |||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
CCACCTGCTATACAACTTATTAAATAATTAATTCCAAGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTG > USA300TCH1516_ALE/2336285‑2336565 | aataaacaacaaattgcgacattagaagaaagtaatagccaatttttctcacatgctgatcaagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacact > 4:191432‑M1/141‑141 (MQ=255) taaacaacaaattgcgacattagaagaaagtaatagccaatttttctcacatgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTaa < 1:199405‑M1/3‑1 (MQ=255) ccTGCTATACAACTTATTAAATAATTAATTCCAAGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAAc > 3:196677/1‑141 (MQ=255) ccTGCTATACAACTTATTAAATAATTAATTCCAAGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAAc > 2:182290/1‑141 (MQ=255) aaacaacaaattgcgacattagaagaaagtaatagccaatttttctcacatgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAAc > 3:221669‑M1/138‑141 (MQ=255) aacaacaaattgcgacattagaagaaagtaatagccaatttttctcacatgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAAcc < 1:581929‑M1/5‑1 (MQ=255) tGCTATACAACTTATTAAATAATTAATTCCAAGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAATATTATAAAATAACCt > 2:847968/1‑141 (MQ=255) tGCTATACAACTTATTAAATAATTAATTCCAAGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCt > 1:146227/1‑141 (MQ=255) acaacaaattgcgacattagaagaaagtaatagccaatttttctcacatgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCt > 1:661737‑M1/136‑141 (MQ=255) gaacaaattgcgagatgagaagaaagtaagagccaatttttctcacatgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatttttaatcataatataacaaagtaaatcctttacattacacTAACCTg > 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2:909405/141‑1 (MQ=255) cattacacTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTgag < 1:768323‑M1/133‑1 (MQ=255) tttttaaTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAGATGATTTACTTTGTTATTTTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTgaga > 2:577128/6‑141 (MQ=255) tAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTgaga > 1:156153/1‑141 (MQ=255) aaaaaaTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGaa > 3:193099/1‑141 (MQ=255) aaaaaTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGaaa > 1:71086/1‑141 (MQ=255) aaaaTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGaaaa > 3:113687/1‑141 (MQ=255) cacTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGaaaaa < 2:199405‑M1/138‑1 (MQ=255) aaaTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGaaaaa > 1:236370/1‑141 (MQ=255) aaTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAAt > 3:408434/1‑141 (MQ=255) TAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGTATGTGAGAAAAATTg < 4:334362‑M1/141‑1 (MQ=255) | CCACCTGCTATACAACTTATTAAATAATTAATTCCAAGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTG > USA300TCH1516_ALE/2336285‑2336565 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |