| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2494816 | 128 (1.120) | intergenic (‑179/+28) | USA300HOU_RS12845/mnmC_2 | hypothetical protein/tRNA 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine biosynthesis bifunctional protein MnmC | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
ACCTTTTCATTATATCCGATTATACCTATTATAACAGTGACAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAAAAATCATAAACCCTA > USA300TCH1516_ALE/2494653‑2494932 | aCCTTTTCATTATATCCGATTATACCTATTATAACAGTGACAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATAcc > 1:649799/1‑141 (MQ=255) ccTTTTCATTATATCCGATTATACCTATTATAACAGTGACAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCa < 3:161101/141‑1 (MQ=255) ttttCGTTATATCCGATTATACCTATTATAACAGTGACAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATg < 4:418033/141‑1 (MQ=255) ttCATTATATCCGATTATACCTATTATAACAGTGACAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGAc < 1:143555/141‑1 (MQ=255) ttCATTATATCCGATTATACCTATTATAACAGTGACAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGAc > 2:245321/1‑141 (MQ=255) ttATATCCGATTATACCTATTATAACAGTGACAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGAcgctc > 3:265181/1‑141 (MQ=255) ttATATCCGATTATACCTATTATAACAGTGACAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGAcgctc < 3:238373/141‑1 (MQ=255) ttATATCCGATTATACCTATTATAACAGTGACAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGAcgctc < 1:991121/141‑1 (MQ=255) tCCGATTATACCTATTATAACAGTGACAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGATTTAGCACATAGTATTATATCTAAAAGAACTTTACATCAATCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTAc > 1:376535/1‑141 (MQ=255) cGATTATACCTATTCTAACAGTGACAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTTAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACaa < 2:562207/141‑1 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aaaaaaGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCta < 1:184707/141‑1 (MQ=255) aaaGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCtattt > 1:295662/1‑141 (MQ=255) aaGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCtattta < 3:106502/141‑1 (MQ=255) aaGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCtattta > 2:328145/1‑141 (MQ=255) aGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCtatttat < 1:802083/141‑1 (MQ=255) ggtaGATATGACATAACTGTATTTGGTTTAGGACATAATATTACAGCGGAAATATCTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGATCGCTAGAAACGTCTTATAGGGCTATTATGGCtatttgtga > 2:918874/4‑137 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aaataGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagctattttatttgtatagcgcttgatgtaaagttattttagctgtcatactatgtgctaaaccaaattcagttgtgtcatatcttcgcttttttgtcact < 3:173740‑M2/141‑106 (MQ=255) aaataGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAATTTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAACAAt > 4:40161/1‑141 (MQ=255) aataGCTATACaagacgtttgtagcgagcgtcatggtatagctattttatttgtatagcgcttgatgtaaagttattttagctgtcatactatgtgctaaaccaaattcagttgtgtcatatcttcgcttttttgtcactg > 2:809118‑M1/1‑11 (MQ=255) aataGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAAAAATc > 1:93929/1‑141 (MQ=255) ataGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagctattttatttgtatagcgcttgatgtaaagttattttagctgtcatactatgtgctaaaccaaattcagttgtgtcatatcttcgcttttttgtcactgt < 2:255489‑M2/141‑108 (MQ=255) ataGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAAAAATCa > 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(MQ=255) taCaagacgtttgtagcgagcgtcatggtatagctattttatttgtatagcgcttgatgtaaagttattttagctgtcatactatgtgctaaaccaaattcagttgtgtcatatcttcgcttttttttcactgttataata > 4:228865‑M1/1‑3 (MQ=255) taCaagacgtttgtagcgagcgtcatggtatagctattttatttgtatagcgcttgatgtaaagttattttagctgtcatactatgtgctaaaccaaattcagttgtgtcatatcttcgcttttttgtcactgttataata < 1:384859‑M1/141‑139 (MQ=255) aCCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAAAAATCATAAACCCt > 1:920239/1‑141 (MQ=255) ccATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAAAAATCATAAACCCta > 1:579946/1‑141 (MQ=255) ccATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAAAAATCATAAACCCta > 1:579453/1‑141 (MQ=255) caagacgtttgtagcgagcgtcatggtatagctattttatttgtatagcgcttgatgtaaagttattttagctgtcatactatgtgctaaaccaaattcagttgtgtcatatcttcgcttttttgtcactgttataatagg < 2:695045‑M1/141‑141 (MQ=255) | ACCTTTTCATTATATCCGATTATACCTATTATAACAGTGACAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAAAAATCATAAACCCTA > USA300TCH1516_ALE/2494653‑2494932 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |