New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2494792 | 140 (1.120) | 4 (0.040) | 3/236 | NT | 3.0% | intergenic (‑155/+52) | USA300HOU_RS12845/mnmC_2 | hypothetical protein/tRNA 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine biosynthesis bifunctional protein MnmC |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2494816 | 128 (1.120) | intergenic (‑179/+28) | USA300HOU_RS12845/mnmC_2 | hypothetical protein/tRNA 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine biosynthesis bifunctional protein MnmC | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
ACCTATTATAACAGTGACAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAAAAATCATAAACCCTATAAACATCCACATTGTACTATTT > USA300TCH1516_ALE/2494676‑2494955 | aCCTATTATAACAGTGACAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCtt > 3:101286/1‑141 (MQ=255) ccTATTATAACAGTGACAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTg < 2:695045‑M2/141‑2 (MQ=255) tattatAACAGTGACAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgta < 1:384859‑M2/141‑4 (MQ=255) tattatAACAGTGAAAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgta > 4:228865‑M2/1‑138 (MQ=255) tataACAGTGACAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatag > 2:561051‑M2/1‑135 (MQ=255) cAGTGACAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagctatt > 2:809118‑M2/1‑130 (MQ=255) aaaaaaGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCta < 1:184707/141‑1 (MQ=255) aaaGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCtattt > 1:295662/1‑141 (MQ=255) aaGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCtattta > 2:328145/1‑141 (MQ=255) aaGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCtattta < 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aGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAAt < 1:1041063/141‑1 (MQ=255) tatGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTAt > 4:16535/1‑141 (MQ=255) atGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATg < 2:449966/141‑1 (MQ=255) atGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATg < 2:114978/141‑1 (MQ=255) tGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGa > 4:424545/1‑141 (MQ=255) acacAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTNTTACg > 3:39551/1‑141 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2:215598/1‑141 (MQ=255) gTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGtt > 3:284155/1‑141 (MQ=255) gTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGtt > 2:306128/1‑141 (MQ=255) gTTTAGCACATAGTAGGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGtt < 1:1000220/141‑1 (MQ=255) tttAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGttt > 3:282973/1‑141 (MQ=255) tAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTtg < 2:913620/141‑1 (MQ=255) 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taaaataGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCaaaa > 2:260026/1‑141 (MQ=255) aaaataGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCaaaaa > 2:226243/1‑141 (MQ=255) aaataGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagctattttatttgtatagcgcttgatgtaaagttattttagctgtcatactatgtgctaaaccaaattcagttgtgtcatatcttcgcttttttgtcact < 2:510568‑M2/141‑106 (MQ=255) aaataGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagctattttatttgtatagcgcttgatgtaaagttattttagctgtcatactatgtgctaaaccaaattcagttgtgtcatatcttcgcttttttgtcact < 3:173740‑M2/141‑106 (MQ=255) aaataGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAATTTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAACAAt > 4:40161/1‑141 (MQ=255) aataGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAAAAATc > 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2:854703/141‑1 (MQ=255) aTGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAAAAATCATAAACCCtata < 2:447701/141‑1 (MQ=255) tcgctACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAAAAATCATAAACCCTATAAACATcc < 2:532417/141‑1 (MQ=255) cgctACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAAAAATCATAAACCCTATAAACATCca > 1:969202/1‑141 (MQ=255) cgctACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAAAAATCATAAACCCTATAAACATCca > 2:145725/1‑141 (MQ=255) tACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAAAAATCATAAACCCTATAAACATCCACAt < 1:736933/141‑1 (MQ=255) tACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAAAAATCATAAACCCTATAAACATCCACAt > 3:140087/1‑141 (MQ=255) aCAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAAAAATCATAAACCCTATAAACATCCACAtt < 3:83697/141‑1 (MQ=255) aaaCGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAAAAATCATAAACCCTATAAACATCCACATTGt < 3:156114/141‑1 (MQ=255) tCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAAAAATCATAAACCCTATAAACATCCACATTGTACTAt < 1:632643/141‑1 (MQ=255) tCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGAAAAAAAAAAAAAAATCATAAACCCTATAAACATCCACATTGTACTAt < 2:1006019/141‑1 (MQ=255) ttGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAAAAATCATAAACCCTATAAACATCCACATTGTACTAttt < 1:861760/141‑1 (MQ=255) | ACCTATTATAACAGTGACAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAAAAATCATAAACCCTATAAACATCCACATTGTACTATTT > USA300TCH1516_ALE/2494676‑2494955 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |