New junction evidence | |||||||||||
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? | USA300TCH1516_ALE | = 2681449 | 123 (1.120) | intergenic (‑484/+95) | USA300HOU_RS13810/mvaA | hypothetical protein/3‑hydroxy‑3‑methylglutaryl‑coenzyme A reductase | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
GGAACTTGAAGAATCTAAGACTGTTAAAATCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTG > USA300TCH1516_ALE/2681285‑2681564 | ggAACTTGAAGAATCTAAGACTGTTAAAATCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACg > 4:57129/1‑141 (MQ=255) ggAACTTGAAGAATCTAAGACTGTTAAAATCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACg > 2:307562/1‑141 (MQ=255) ggAACTTGAAGAATCTAAGACTGTTAAAATCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACg > 3:38577/1‑141 (MQ=255) aaCTTGAAGAATCTAAGACTGTTAAAATCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGaa > 4:396789/1‑141 (MQ=255) 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agaCAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTgtgataga < 1:540431‑M2/141‑9 (MQ=255) gaCAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTCTGCGTgtgatagaa < 1:83471‑M2/141‑10 (MQ=255) aCAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTgtgatagaag < 1:564950‑M2/141‑11 (MQ=255) aaTAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTgtgatagaagtt > 1:171665‑M2/1‑129 (MQ=255) tAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTgtgatagaagtttt > 4:347038‑M2/1‑127 (MQ=255) aaCTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAATTTCTATCACTAACGCTTTAATTTCCTGTATGCGTttgatagaagttttttgat < 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tATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAAtt > 1:1055738/1‑141 (MQ=255) tATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAAtt > 1:886126/1‑141 (MQ=255) tATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAAtt > 3:239049/1‑141 (MQ=255) tATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGAGTGATAGAAGATTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAAtt > 3:143978/1‑141 (MQ=255) aTCACacgcatacaggaaattgaagcgttcgtgatagaagttttttgattagtaaatcagtctaatgaaaagtaaataacttcttcatgagacgaattcattataggattcaaatttggaacgagtttcttattgtctcga > 1:30891‑M1/1‑5 (MQ=255) aTCACacgcatacaggaaattgaagcgttcgtgatagaagttttttgattagtaaatcagtctaatgaaaagtaaataacttcttcatgagacgaattcattataggattcaaatttggaacgagtttctgattgtctcgt > 2:213495‑M1/1‑5 (MQ=255) aTCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGTACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTACttt > 2:970422/1‑141 (MQ=255) tCACacgcatacaggaaattgaagcgttcgtgatagaagttttttgattagtaaatcagtctaatgaaaagtaaataacttcttcatgagacgaattcattataggattcaaatttggaacgagtttcttattgtctcgat > 3:400317‑M1/1‑4 (MQ=255) acacgcatacaggaaattgaagcgttcgtgatagaagttttttgattagtaaatcagtctaatgaaaagtaaataacttcttcatgagacgaattcattataggattcaaatttggaacgagtttcttattgtctcgattt > 2:1036530‑M1/1‑2 (MQ=255) cacgcatacaggaaattgaagcgttcgtgatagaagttttttgattagtaaatcagtctaatgaaaagtaaataacttcttcatgagacgaattcattataggattcaaatttggaacgagtttcttattgtctcgatttt < 3:29066‑M1/141‑141 (MQ=255) cacgcatacaggaaattgaagcgttcgtgatagaagttttttgattagtaaatcagtctaatgaaaagtaaataacttcttcatgagacgaattcattataggattcaaatttggaacgagtttcttattgtctcgatttt < 3:28608‑M1/141‑141 (MQ=255) cacgcatacaggaaattgaagcgttcgtgatagaagttttttgattagtaaatcagtctaatgaaaagtaaataacttcttcatgagacgaattcattataggattcaaatttggaacgagtttcttattgtctcgatttt < 4:428962‑M1/141‑141 (MQ=255) | GGAACTTGAAGAATCTAAGACTGTTAAAATCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTG > USA300TCH1516_ALE/2681285‑2681564 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |