New junction evidence | |||||||||||
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? | USA300TCH1516_ALE | = 2681449 | 123 (1.120) | intergenic (‑484/+95) | USA300HOU_RS13810/mvaA | hypothetical protein/3‑hydroxy‑3‑methylglutaryl‑coenzyme A reductase | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
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gCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTGTaaaa < 4:5286/141‑1 (MQ=255) gCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTGTaaaa > 1:558985/1‑141 (MQ=255) cTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTGTAAAat > 3:350197/1‑141 (MQ=255) cTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGACATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTGTAAAATATGTTCCgct > 1:292115/1‑141 (MQ=255) cTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGACATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTGTAAAATATGTTCCgct > 1:292114/1‑141 (MQ=255) cTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTAAGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTAACCATTTACTATGTTTTTCTAATTTCTTGTAAAATATGTTTCgct > 2:621103/1‑141 (MQ=255) aTGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTGTAAAATATGTTCCGCTGCtt > 3:264250/1‑141 (MQ=255) tgcgtgcgATAGCAGCTTTTGTTTTTGTTTATATTCATTTATTTAAGCGCAACGATGAACTGGCTTAGTTTTTTCTTGAAAATCGCTATTAGGCATTTATTATTGTTGTCTAGTTTAGTGTAAAATATGTTCCGCTGCTtg > 4:350902/1‑141 (MQ=255) tGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTGTAAAATATGTTCCGCTGCTtg < 1:97167/141‑1 (MQ=255) gCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTGTAAAATATGTTCCGCTGCTtgt > 3:134458/1‑141 (MQ=255) cGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTTTTCTTATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTGTAAAATATGTTCCGCTGCTtgtg > 2:423824/1‑141 (MQ=255) gtgtGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTGTAAAATATGTTCCGCTGCTTgtgt < 2:631809/141‑1 (MQ=255) | AAAATCGAGACAATAAGAAACTCGTTCCAAATTTGAATCCTATAATGAATTCGTCTCATGAAGAAGTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTCTAATTTCTTGTAAAATATGTTCCGCTGCTTGTGTA > USA300TCH1516_ALE/2681310‑2681589 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |