| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2760395 | 130 (1.140) | coding (604/1371 nt) | citN | Citrate transporter | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
AACAGCTAAAGTTAAAGCTG‑TATTCACCCATTTTATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACACTTTTGGCTTTT > USA300TCH1516_ALE/2760201‑2760480 | aaCAGCTAAAGTTAAAGCTG‑TATTCACCCATTTTATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTaa < 2:1051329/141‑1 (MQ=255) aCAGCTAAAGTTAAAGCTG‑TATTCACCCATTTTATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAAt < 3:334951/141‑1 (MQ=255) cTAAAGTTAAAGCTG‑TATTCACCCATTTTATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCAt < 1:362807/141‑1 (MQ=255) tAAAGTTAAAGCTG‑TATTCACCCATTTTATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCAtt > 4:50230/1‑141 (MQ=255) tAAAGTTAAAGCTG‑TATTCACCCATTTTATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCAtt > 1:513837/1‑141 (MQ=255) taactttaGCTGTTATTCACCCATTTTATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCAttt > 2:121906/8‑141 (MQ=255) aaGTTAAAGCTG‑TATTCACCCATTTTATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTtc < 1:412524/141‑1 (MQ=255) aGTTAAAGCTG‑TATTCACCCATTTTATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTtct < 2:1058965/141‑1 (MQ=255) tAAAGCTG‑TATTCACCCATTTTATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTtctctc < 1:666148/141‑1 (MQ=255) aaGCTG‑TATTCACCCATTTTATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTa < 2:76499/141‑1 (MQ=255) aGCTG‑TATTCACCCATTTTATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTAt < 2:172186/141‑1 (MQ=255) aGCTG‑TATTCACCCATTTTATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTAt > 2:502141/1‑141 (MQ=255) ttCACCCATTTTATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCtttt > 3:183028/1‑141 (MQ=255) cACCCATTTTATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCtttttt > 1:163569/1‑141 (MQ=255) aCCCATTTTATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTg < 4:276482/141‑1 (MQ=255) cccATTTTATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTTCTTTTTTGa > 2:825299/1‑141 (MQ=255) cccATTTTATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTgt > 2:416604/1‑140 (MQ=255) cccATTTTATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGa < 2:288800/141‑1 (MQ=255) aTTTTATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATAc < 1:530596/141‑1 (MQ=255) ttttATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACg < 3:58096/141‑1 (MQ=255) ttATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGtt < 2:985367/141‑1 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ttCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATc > 2:51530/1‑141 (MQ=255) tCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATcc < 1:71846/141‑1 (MQ=255) ttGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCaa < 3:31936/141‑1 (MQ=255) ttGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCaa < 3:32160/141‑1 (MQ=255) tGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAg < 1:69854/141‑1 (MQ=255) aCGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGata < 2:241025/141‑1 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1:585536/1‑141 (MQ=255) tgtTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACACt < 1:587503/141‑1 (MQ=255) gtTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACACtt > 2:299924/1‑141 (MQ=255) tttGCGTTTATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTATTTAAATCCAAGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACACttt < 4:364820/141‑1 (MQ=255) tttGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACACttt < 2:250779/141‑1 (MQ=255) ttGCGGTAtatcttggacgcaacaaacataaacgtatcaaaaaagcaatagagagaaatgaattaccgcaaacacaagatatagatgtacataaattagttgaagtatatgaacgagatcaagatgtaaggtttcctgtaa > 4:111461‑M1/1‑8 (MQ=255) 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1:787833/141‑1 (MQ=255) tAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACTCTTTTGGCttt < 2:83936/141‑1 (MQ=255) tAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACACTTTTGGCttt < 4:2350/141‑1 (MQ=255) tAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACACTTTTGGCttt < 1:1058225/141‑1 (MQ=255) tAATTCATTTCTCTCTATCGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGATAtaccgcaaacacaagatatagatgtacataaattagttgaagtatatgaacgagatcaagatgtaaggtttcctgtaaaaggac < 3:320905‑M2/141‑85 (MQ=255) atatcttggatttaaagaacagaaacgtatcaaaaaagcaatagagagaaatgaattaccgcaaacacaagatatagatgtacataaattagttgaagtatatgaacgagatcaagatgtaaggtttcctgtaaaaggacg < 1:615522‑M1/141‑141 (MQ=255) aaTTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACACTTTTGGCtttt < 1:51530/141‑1 (MQ=255) | AACAGCTAAAGTTAAAGCTG‑TATTCACCCATTTTATCCATGATTTTGTTCTTGCACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACACTTTTGGCTTTT > USA300TCH1516_ALE/2760201‑2760480 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |