| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2760395 | 130 (1.140) | coding (604/1371 nt) | citN | Citrate transporter | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
ACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACACTTTTGGCTTTTAACACTGCAGCTACACGAGCCATTGGACCTCCCCAAGGTACCATGTTCATAA > USA300TCH1516_ALE/2760255‑2760532 | aCGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGata < 1:17304/141‑1 (MQ=255) cTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGATAtaccg < 2:446448‑M2/141‑6 (MQ=255) ttACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGATAtaccgcaa > 3:207935‑M2/1‑133 (MQ=255) ttACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTATGTTTGTTGCGTCCAAGATAtaccgcaa > 4:111461‑M2/1‑133 (MQ=255) tACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGATAtaccgcaaa < 1:867796‑M2/141‑10 (MQ=255) cAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGATAtaccgcaaaca > 1:805999‑M2/1‑130 (MQ=255) ggAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGATATACCGCAaacaac > 3:54911/1‑141 (MQ=255) gAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGATATACCGCAAacaaca < 2:800452/141‑1 (MQ=255) aaaCCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTTATTCGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGATATACCGCAAACAACAt > 4:169629/1‑141 (MQ=255) aCCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGATATACCGCAAACAACATaa < 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2:939219/141‑1 (MQ=255) ttCTTTAAATCCAAGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACACTTTTGGCTTTTAACACTGCAGCTACACGAGCCATTGGACCTCCCCAAgg < 1:95346/141‑1 (MQ=255) tCTTTAAATCCAAGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACACTTTTGGCTTTTAACACTGCAGCTACACGAGCCATTGGACCTCCCCAAGGt < 3:169629/141‑1 (MQ=255) cTTTAAATCCAAGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACACTTTTGGCTTTTAACACTGCAGCTACACGAGCCATTGGACCTCCCCAAGGTa > 1:111154/1‑141 (MQ=255) tAAATCCAAGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACACTTTTGGCTTTTAACACTGCAGCTACACGAGCCATTGGACCTCCCCAAGGTACCa < 1:416060/141‑1 (MQ=255) tCCAAGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATccatacc < 1:774409/68‑1 (MQ=255) tCCAAGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACACTTTTGGCTTTTAACACTGCAGCTACACGAGCCATTGGACCTCCCCAAGGTACCATGtt > 1:197766/1‑141 (MQ=255) tCCAAGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACACTTTTGGCTTTTAACACTGCAGCTACACGAGCCATTGGACCTCCCCAAGGTACCATGtt > 1:651883/1‑141 (MQ=255) ccAAGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACACTTTTGGCTTTTAACACTGCAGCTACACGAGCCATTGGACCTCCCCAAGGTACCATGTTc < 2:1053398/141‑1 (MQ=255) aaGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACACTTTTGGCTTTTAACACTGCAGCTACACGAGCCATTGGACCTCCCCAAGGTACCATGTTCAt > 1:493621/1‑141 (MQ=255) aGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACACTTTTGGCTTTTAACACTGCAGCTACACGAGCCATTGGACCTCCCCAAGGTACCATGTTCATa > 2:351097/1‑141 (MQ=255) aGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACACTTTTGGCTTTTAACACTGCAGCTACACGAGCCATTGGACCTCCCCAAGGTACCATGTTCATa > 3:26815/1‑141 (MQ=255) | ACGTCCTTTTACAGGAAACCTTACATCTTGATCTCGTTCATATACTTCAACTAATTTATGTACATCTATATCTTGTGTTTGCGGTAATTCATTTCTCTCTATTGCTTTTTTGATACGTTTCTGTTCTTTAAATCCAAGATATACCGCAAACAACATAACAAGAATGAAACCTATTATTTGAATAGGTATTAATCCATACCATAATTCATTGACACTTTTGGCTTTTAACACTGCAGCTACACGAGCCATTGGACCTCCCCAAGGTACCATGTTCATAA > USA300TCH1516_ALE/2760255‑2760532 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |