| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2780748 = | 122 (0.980) | 3 (0.030) | 3/244 | NT | 2.5% | intergenic (‑22/+69) | arcD_2/arcB_2 | Arginine/ornithine antiporter/Ornithine carbamoyltransferase, catabolic |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2780797 = | 121 (1.030) | intergenic (‑71/+20) | arcD_2/arcB_2 | Arginine/ornithine antiporter/Ornithine carbamoyltransferase, catabolic | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
CCACCGGCTTTACCGCCCATATCAGACATTATATTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTT > USA300TCH1516_ALE/2780608‑2780888 | ttagctgaaatggaagttacagaccaaatctttagaagtgaacattcaaaagtgtttgatcaagctgaaaatagaatgcatacaattaaggcagtaatggcagcaacattggggagttaatcactaaatggaacgatatga < 1:62101‑M1/1‑1 (MQ=255) gctgaaatggaagttaccgaccaaatctatagaagtgaacattcaaaagtgtttgatcaagctgaaaatagagtgcatacaagtaaggcagtaatggcagcaacattggggagttaatcacaaaatggaacgatatgaata > 2:586212‑M1/138‑141 (MQ=255) gctgaaatggaagttacagaccaaatctttagaagtgaacattcaaaagtgtttgatcaagctgaaaatagaatgcatacaattaaggcagtaatggcagcaacattggggagttaatcactaaatggaacgatatgaata > 3:354440‑M1/138‑141 (MQ=255) gctgaaatggaagttacagaccaaatctttagaagtgaacattcaaaagtgtttgatcaagctgaaaatagaatgcatacaattaaggcagtaatggcagcaacattggggagttaatcactaaatggaacgatatgaata > 1:859423‑M1/138‑141 (MQ=255) gctgaaatggaagttacagaccaaatctttagaagtgaacatgcaaaaggctgtgatcaagcttaaaatagaattcatacaattaaggcagtaattgcagcaacattggggagttaatcactaaatggaacgatatgaata > 1:702572‑M1/138‑141 (MQ=255) ctgaaatggaagttacagaccaaatctttagaagtgaacattcaaaagtgtttgatcaagctgaaaatagaatgcatacaattaaggcagtaatggcagcaacattggggagttaatcactaaatggaacgatatgaatat < 3:433985‑M1/5‑1 (MQ=255) ggCTTTACCGCCCATATCAGACATTATATTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATg > 2:171762/1‑141 (MQ=255) gaaatggaagttacagaccaaatctttagaagtgaacattcaaaagtgtttgatcaagctgaaaatagaatgcatacaattaaggcagtaatggcagcaacattggggagttaatcactaaatggaacgatatgaatatga > 2:287784‑M1/135‑141 (MQ=255) gCTTTACCGCCCATATCAGACATTATATTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGa < 1:75564/141‑1 (MQ=255) tttACCGCCCATATCAGACATTATATTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAgg < 1:28220/141‑1 (MQ=255) ttACCGCCCATATCAGACATTATATTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGgt > 1:1010757/1‑141 (MQ=255) aCCGCCCATATCAGACATTATATTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGgtgt > 1:1060851/1‑141 (MQ=255) ccGCCCATATCAGACATTATATTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTc > 2:616485/1‑141 (MQ=255) ccccATAACAGACATTATATTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑Tg > 2:195253/2‑141 (MQ=255) cATATCAGACATTATATTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTAc < 2:855412/141‑1 (MQ=255) cATATCAGACATTATATTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTAc > 2:171944/1‑141 (MQ=255) atCAGACATTATATTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATg < 1:182031/141‑1 (MQ=255) atCAGACATTATATTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATg > 1:950701/1‑141 (MQ=255) atCAGACATTATATTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATg > 4:159725/1‑141 (MQ=255) atCAGACATTATATTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATg > 3:89498/1‑141 (MQ=255) tCAGACATTATATTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCATATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGa > 2:933748/1‑141 (MQ=255) cAGACATTATCTTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGGTGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATGCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTCATGTACagac < 2:352204/141‑4 (MQ=255) cAGACATTATATTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGac > 2:664626/1‑141 (MQ=255) aCATTATATTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACt < 2:565285/141‑1 (MQ=255) cATTATATTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACtt < 4:407142/141‑1 (MQ=255) cATTATATTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACtt < 2:331320/141‑1 (MQ=255) cATTATATTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACtt < 4:27459/141‑1 (MQ=255) tatTGAACGCACCGCCACCAATCATGGCTCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATatc > 2:271803/1‑141 (MQ=255) ttGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATatcat > 4:106805/1‑141 (MQ=255) ttGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATatcat > 4:319697/1‑141 (MQ=255) tGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATatcatc > 1:709992/1‑141 (MQ=255) aCCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGAcaca > 1:521188/1‑141 (MQ=255) ttcaaaagtgtttgatcaagctgaaaatagaatgcatacaattaaggcagtaatggcagcaacattggggagttaatcactaaatggaacgatatgAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACAcatca > 2:479825‑M1/97‑141 (MQ=255) ccaccaATCATGGATCCTATAACTGGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATGCGTTCATATGCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGGCAcatcat < 4:5275/141‑1 (MQ=255) caaaagtgtttgatcaagctgaaaatagaatgcatacaattaaggcagtaatggcagcaacattggggagttaatcactaaatggaacgatatgAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACAtcata > 3:100631‑M1/95‑141 (MQ=255) aaaagtgtttgatcaagctgaaaatagaatgcatacaattaaggcagtaatggcagcaacattggggagttaatcactaaatggaacgatatgAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACAtcatat > 3:446297‑M1/94‑141 (MQ=255) aaTCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACAtcatattca > 2:4463/1‑141 (MQ=255) tCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACAtcatattcata > 4:27803/1‑141 (MQ=255) tCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACAtcatattcata < 1:512415/141‑1 (MQ=255) cATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACAtcatattcatat < 4:274984/141‑1 (MQ=255) tGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCg > 2:712396/1‑141 (MQ=255) ggATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGt > 1:13095/1‑141 (MQ=255) gATCCGATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACTCTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGtt < 2:929534/141‑1 (MQ=255) ccTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCa < 2:961870/141‑1 (MQ=255) cTATAACTCGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCAt < 2:227238/141‑1 (MQ=255) ataACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCAttt > 1:853227/1‑141 (MQ=255) aCTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGt > 3:203134/1‑141 (MQ=255) cTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTg > 1:629542/1‑141 (MQ=255) tCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTa > 1:739091/1‑141 (MQ=255) ccAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTaa < 1:82651/141‑1 (MQ=255) cAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAAc < 1:447565/141‑1 (MQ=255) aTTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTc > 1:135166/1‑141 (MQ=255) ttACAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGCTTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATCCCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATCTCGTTCCATTTAGTGATTaaataa > 2:1032715/1‑137 (MQ=255) tAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTccc > 2:689866/1‑141 (MQ=255) aaaGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTcccc > 2:742061/1‑141 (MQ=255) aaaGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTcccc > 2:587046/1‑141 (MQ=255) aagaagATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCa > 1:1033416/1‑141 (MQ=255) gaTTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACCTGACACTTCTCTCCTCCGACACACAGTCCTCCTCTAGTCCCATTTCGAGATTAACTACCAAATGtt > 1:373431/1‑141 (MQ=255) tACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTtgctg > 2:262747/1‑141 (MQ=255) aCTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCGTTTCTCCTTGAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATGTAGTGATTAACTCCCCAATGTtgctgc > 2:378131/1‑141 (MQ=255) aCTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTtgctgc > 4:395541/1‑141 (MQ=255) gAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCAt < 2:1009733/141‑1 (MQ=255) tttGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTAc < 3:258210/141‑1 (MQ=255) ttGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACt < 4:419931/141‑1 (MQ=255) ttGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACt < 2:865140/141‑1 (MQ=255) gTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGc < 2:745563/141‑1 (MQ=255) ttATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGcc < 2:78937/141‑1 (MQ=255) tATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCt > 2:361236/1‑141 (MQ=255) tATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCt < 1:479563/141‑1 (MQ=255) tATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCt < 2:489485/141‑1 (MQ=255) tATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCt < 2:690237/141‑1 (MQ=255) tcCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCTCCAGTGTTGGTGTCATTACTGCCTTAAt > 4:383118/1‑141 (MQ=255) tGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGt > 1:601965/1‑141 (MQ=255) tGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGt < 1:885905/141‑1 (MQ=255) tGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGt < 1:909976/141‑1 (MQ=255) ttCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTCACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATg > 1:288131/1‑141 (MQ=255) ttCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATg < 2:10112/141‑1 (MQ=255) cGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCa > 2:623954/1‑141 (MQ=255) gtccATATTCATTTCTACTTTAATACCATTATGAGGTGTC‑TGTACATGCCACTTATTTCAGCAGGCTCATCCTATTCATATCGCTCCATTTAGTGATTAGCTCCCCAAAGTTGCAGCCATTACGGCCTTAACTGTATGCAt < 2:768957/138‑1 (MQ=255) gTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCAt < 4:59310/141‑1 (MQ=255) ttCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGAACCATAATATTCATATCGTCCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCAtt < 1:919270/141‑1 (MQ=255) tCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTc < 1:671717/141‑1 (MQ=255) tatTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTAt > 3:50115/1‑141 (MQ=255) tatTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGAAACTTATATCGTCAGACACATAATATTCATATCGTTCCATTCAGTGATTAACTCACTAATGTTGCTGATCTTAATGCCTTAATTTTATGCATTCTAt > 2:50932/1‑141 (MQ=255) tCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTAtttt < 2:971119/141‑1 (MQ=255) cATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTc > 3:450509/1‑141 (MQ=255) cATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTc > 2:194135/1‑141 (MQ=255) cATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTc > 2:529542/1‑141 (MQ=255) aTTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTcc > 2:293901/1‑140 (MQ=255) aTTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCa > 2:861826/1‑141 (MQ=255) tctcCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCt > 1:129769/1‑141 (MQ=255) ccTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGa > 1:83610/1‑141 (MQ=255) ttAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCa < 3:143468/141‑1 (MQ=255) ttAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCa < 2:853227/141‑1 (MQ=255) aTACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAac < 1:958782/141‑1 (MQ=255) tACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAaca < 3:257880/141‑1 (MQ=255) cAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACtt < 2:615073/141‑1 (MQ=255) cAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACtt < 2:109732/141‑1 (MQ=255) AATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTTTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACttt < 3:316580‑M1/141‑1 (MQ=255) AATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACAGCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACttt < 2:334932‑M1/141‑1 (MQ=255) | CCACCGGCTTTACCGCCCATATCAGACATTATATTGAACGCACCGCCACCAATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTC‑TGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTT > USA300TCH1516_ALE/2780608‑2780888 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |