New junction evidence | |||||||||||
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? | USA300TCH1516_ALE | 2780797 = | 121 (1.030) | intergenic (‑71/+20) | arcD_2/arcB_2 | Arginine/ornithine antiporter/Ornithine carbamoyltransferase, catabolic | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
AATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTCTGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGATTTGGTCTGTAACTTCCATTTCAGCTAAT > USA300TCH1516_ALE/2780658‑2780937 | tCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTCTGTACATGACACTTATATCATCAGACACAtcatattcata < 1:512415/141‑1 (MQ=255) cATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTCTGTACATGACACTTATATCATCAGACACAtcatattcatat < 4:274984/141‑1 (MQ=255) tGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTCTGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCg > 3:65865/1‑141 (MQ=255) ggATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTCTGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGt > 1:13095/1‑141 (MQ=255) 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cATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTaa < 3:192156/141‑1 (MQ=255) cacTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGAtt > 4:249865/1‑141 (MQ=255) cacTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGAtt > 3:84904/1‑141 (MQ=255) acTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGAttt > 1:202468/1‑141 (MQ=255) acTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGAttt > 2:218271/1‑141 (MQ=255) cTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCACTGTTGCTGCCATTACTCACTTAATCATATGCCTTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGATTTg > 3:339772/1‑141 (MQ=255) atatCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGATTTGGTc > 2:557507/1‑141 (MQ=255) atatCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGATTTGGTc > 2:399888/1‑141 (MQ=255) tatCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGATTTGGTCt > 3:185489/1‑141 (MQ=255) tcatcaGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGATTTGGTCTGt > 1:261943/1‑141 (MQ=255) catcaGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGATTTGGTCTGTa > 3:281648/1‑141 (MQ=255) aGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGATTTGGTCTGTAACtt < 4:313074/141‑1 (MQ=255) gACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTAAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGATTTGGTCTGTAACTTc < 2:433425/141‑1 (MQ=255) catcatATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGATTTGGTCTGTAACTTCCAtt < 2:925153/141‑1 (MQ=255) catcatATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGATTTGGTCTGTAACTTCCAtt > 3:448866/1‑141 (MQ=255) atcatATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGATTTGGTCTGTAACTTCCAttt > 2:1030955/1‑141 (MQ=255) tattCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGATTTGGTCTGTAACTTCCATTTCAGc > 3:354440‑M2/5‑141 (MQ=255) tattCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGATTTGGTCTGTAACTTCCATTTCAGc > 1:859423‑M2/5‑141 (MQ=255) tattCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCAATTACTGCCTTAATTGTATGAATTCTATTTTAAGCTTGATCACAGCCTTTTGCATGTTCACTTCTAAAGATTTGGTCTGTAACTTCCATTTCAGc > 1:702572‑M2/5‑141 (MQ=255) attCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGATTTGGTCTGTAACTTCCATTTCAGCt < 2:129769‑M2/138‑1 (MQ=255) tCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGATTTGGTCTGTAACTTCCATTTCAGCTaa > 1:549127‑M2/2‑141 (MQ=255) tCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGATTTGGTCTGTAACTTCCATTTCAGCTaa < 1:62101‑M2/140‑1 (MQ=255) | AATCATGGATCCTATAACTAGTCCAATTAAAGAAGATTTACTGAGTTTGTTATCTCCTGATTCGTTCATATTCATTTCTCCTTTAATACCAATATGAGGTGTCTGTACATGACACTTATATCATCAGACACATCATATTCATATCGTTCCATTTAGTGATTAACTCCCCAATGTTGCTGCCATTACTGCCTTAATTGTATGCATTCTATTTTCAGCTTGATCAAACACTTTTGAATGTTCACTTCTAAAGATTTGGTCTGTAACTTCCATTTCAGCTAAT > USA300TCH1516_ALE/2780658‑2780937 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |