New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | USA300TCH1516_ALE | 1619661 = | 102 (0.870) | intergenic (+64/+41) | proC/rnz | Pyrroline‑5‑carboxylate reductase/Ribonuclease Z |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
AGTATCTATTTTCGAAGATTGTCTAAACGCTGCCGTCGACCGTAGTATTGAACTTTCTAATATAGAAGACCAATAAAAACAAACCCGCCAACACATGTATGCATCATCGCAAGCACTGTGTTTGACGGGTTATTTTTATAATTTATTGTTATTTGGCAAGCATTGTTTATTACTTTGTCATTAGATTTTAAAACTATCAAAATC‑TTTTACAAAATTAAAATTAGGTGTATCTTCATTTTGTATCAATGTTTGATAAATTTCATTTATATCTTCTGTATTA > USA300TCH1516_ALE/1619522‑1619801 | tCTATTTTCGAAGATTGTCTAAACGCTGCCGTCGACCGTAGTATTGAACTTTCTAATATAGAAGACCAATAAAAACAAACCCGCCAACACATGTATGCATCATCGCAAGCACTGTGTTTGACGGGTTATTTTTATAATTTa > 2:736058/1‑141 (MQ=255) aagattttgatagttttaaaatctaatgacaaagtaataaacaatgcttgccaaataacaataaattATAAAAACAAACCCGCCAACACATGTATGCATCATCGCAAGCACTGTGTTTGACGGGTTATTTTTATAATTTAt > 2:398487‑M1/68‑141 (MQ=255) tATTTTCGAAGATTGTCTAAACGCTGCCGTCGACCGTAGTATTGAACTTTCTAATATAGAAGACCAATAAAAACAAACCCGCCAACACATGTATGCATCATCGCAAGCACTGTGTTTGACGGGTTATTTTTATAATTTAtt < 1:727735/141‑1 (MQ=255) ttttCGAAGATTGTCTAAACGCTGCCGTCGACCGTAGTATTGAACTTTCTAATATAGAAGACCAATAAAAACAAACCCGCCAACACATGTATGCATCATCGCAAGCACTGTGTTTGACGGGTTATTTTTATAATTTATTGt < 2:346818/141‑1 (MQ=255) tCGAAGATTGTCTAAACGCTGCCGTCGACCGTAGTATTGAACTTTCTAATATAGAAGACCAATAAAAACAAACCCGCCAACACATGTATGCATCATCGCAAGCACTGTGTTTGACGGGTTATTTTTATAATTTATTGTTAt < 1:298875/141‑1 (MQ=255) cGAAGATTGTCTAAACGCTGCCGTCGACCGTAGTATTGAACTTTCTAATATAGAAGACCAATAAAAACAAACCCGCCAACACATGTATGCATCATCGCAAGCACTGTGTTTGACGGGTTATTTTTATAATTTATTGTTAtt > 2:1048498/1‑141 (MQ=255) aGATTGTCTAAACGCTGCCGTCGACCGTAGTATTGAACTTTCTAATATAGAAGACCAATAAAAACAAACCCGCCAACACATGTATGCATCATCGCAAGCACTGTGTTTGACGGGTTATTTTTATAATTTATTGTTATTTgg > 3:213445/1‑141 (MQ=255) aGATTGTCTAAACGCTGCCGTCGACCGTAGTATTGAACTTTCTAATATAGAAGACCAATAAAAACAAACCCGCCAACACATGTATGCATCATCGCAAGCACTGTGTTTGACGGGTTATTTTTATAATTTATTGTTATTTgg > 2:776033/1‑141 (MQ=255) gATTGTCTAAACGCTGCCGTCGACCGTAGTATTGAACTTTCTAATATAGAAGACCAATAAAAACAAACCCGCCAACACATGTATGCATCATCGCAAGCACTGTGTTTGACGGGTTATTTTTATAATTTATTGTTATTTGGc > 3:12763/1‑141 (MQ=255) gATTGTCTAAACGCTGCCGTCGACCGTAGTATTGAACTTTCTAATATAGAAGACCAATAAAAACAAACCCGCCAACACATGTATGCATCATCGCAAGCACTGTGTTTGACGGGTTATTTTTATAATTTATTGTTATTTGGc < 1:1019585/141‑1 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2:344140/1‑141 (MQ=255) aCGGGTTATTTTTATAATTTATTGTTATTTGGCAAGCATTGTTTATTACTTTGTCATTAGATTTTAAAACTATCAAAATC‑TTTTACAAAATTAAAATTAGGTGTATCTTCATTTTGTATCAATGTTTGATAAATTTCAttt < 1:787542/141‑1 (MQ=255) tttttatAATTTATTGTTATTTGGCAAGCATTGTTTATTACTTTGTCATTAGATTTTAAAACTATCAAAATC‑TTTTACAAAATTAAAATTAGGTGTATCTTCATTTTGTATCAATGTTTGATAAATTTCATTTATAtcttc < 2:223837‑M2/134‑1 (MQ=255) ttttatAATTTATTGTTATTTGGCAAGCATTGTTTATTACTTTGTCATTAGATTTTAAAACTATCAAAATC‑TTTTACAAAATTAAAATTAGGTGTATCTTCATTTTGTATCAATGTTTGATAAATTTCATTTATAtcttct < 1:124036‑M2/135‑1 (MQ=255) tttatAATTTATTGTTATTTGGCAAGCATTGTTTATTACTTTGTCATTAGATTTTAAAACTATCAAAATC‑TTTTACAAAATTAAAATTAGGTGTATCTTCATTTTGTATCAATGTTTGATAAATTTCATTTATATCTTCTg < 4:206320‑M2/136‑1 (MQ=255) tttatAATTTATTGTTATTTGGCAAGCATTGTTTATTACTTTGTCATTAGATTTTAAAACTATCAAAATC‑TTTTACAAAATTAAAATTAGGTGTATCTTCATTTTGTATCAATGTTTGATAAATTTCATTTATATCTTCTg < 1:720677‑M2/136‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |