New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | USA300TCH1516_ALE | = 2636392 | 107 (0.940) | intergenic (‑445/+24) | fnbA_2/gntT | Fibronectin‑binding protein A/High‑affinity gluconate transporter | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
CACAAAAACATGTCTTGAAACGCCTTTCATCACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAAGAATGTTTCTTTTACAGTTAAACCAAAATATTCTTTAAA > USA300TCH1516_ALE/2636253‑2636532 | cacaAAAACATGTCTTGAAACGCCTTTCATCACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAa < 2:904960‑M2/141‑2 (MQ=255) cacaAAAACATGTCTTGAAACGCCTTTCATCACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAa < 1:42397‑M2/141‑2 (MQ=255) acaAAAACATGTCTTGAAACGCCTTTCATCACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAaa > 4:295305‑M2/1‑139 (MQ=255) acaAAAACATGTCTTGAAACGCCTTTCATCACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAaa < 2:611945‑M2/141‑3 (MQ=255) caAAAACATGTCTTGAAACGCCTTTCATCACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAaaa < 2:564392‑M2/141‑4 (MQ=255) caAAAACATGTCTTGAAACGCCTTTCATCACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAaaa < 2:564317‑M2/141‑4 (MQ=255) aaaaaacATGTCTTGAAACGCCTTTCATAACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAaaa > 2:1043033‑M2/2‑138 (MQ=255) aaaaaCATGTCTTGAAACGCCTTTCATCACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAaaac > 2:424759‑M2/1‑137 (MQ=255) aaaaaCATGTCTTGAAACGCCTTTCATCACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAaaac > 3:336600‑M2/1‑137 (MQ=255) aaaaCATGTCTTGAAACGCCTTTCATCACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAaaaca < 1:133998‑M2/141‑6 (MQ=255) aaaaCATGTCTTGAAACGCCTTTCATCACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAaaaca < 1:441353‑M2/141‑6 (MQ=255) aaaCATGTCTTGAAACGCCTTTCATCACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAaaacac < 2:83458‑M2/141‑7 (MQ=255) tGTCTTGAAACGCCTTTCATCACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAaaacacgttta < 3:246134‑M2/141‑12 (MQ=255) tCTTGAAACGCCTTTCATCACTCTAAAATACCCTATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAAAACACGTTTACt < 2:57530/141‑1 (MQ=255) tCTTGAAACGCCTTTCATCACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAAAACACGTTTACt > 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aaCGCCTTTCATCACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAAAACACGTTTACTTAatat < 2:416784/141‑1 (MQ=255) cGCCTTTCATCACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAAAACACGTTTACTTAATAttt > 3:271801/1‑141 (MQ=255) gCCTTTCATCACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAAAACACGTTTACTTAATATTTa > 1:818782/1‑141 (MQ=255) ccTTTCATCACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAAAACACGTTTACTTAATATTTAg > 1:765457/1‑141 (MQ=255) ccTTTCATCACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAAAACACGTTTACTTAATATTTAg > 1:491531/1‑141 (MQ=255) cTTTCATCACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAAAACACGTTTACTTAATATTTAGt > 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tatTGCAATTACCT‑AAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAAGAATGTTTCTTTTACAGTTAAAcc > 1:905073/1‑141 (MQ=255) tatTGCAATTACCT‑AAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAAGAATGTTTCTTTTACAGTTAAAcc < 1:51737/141‑1 (MQ=255) ttGCAATTACCT‑AAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAAGAATGTTTCTTTTACAGTTAAACCaa > 2:765371/1‑141 (MQ=255) tGCAATTACCT‑AAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAAGAATGTTTCTTTTACAGTTAAACCaaa > 3:49766/1‑141 (MQ=255) cAATTACCT‑AAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAAGAATGTTTCTTTTACAGTTAAACCAAAat < 4:134219/141‑1 (MQ=255) aaaTTACCT‑AAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAAGAATGTTTCTTTTACAGTTAAACCAAAat < 2:203313/140‑1 (MQ=255) aaTTACCT‑AAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAAGAATGTTTCTTTTACAGTTAAACCAAAata > 1:1055440/1‑141 (MQ=255) aaTTACCT‑AAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAAGAATGTTTCTTTTACAGTTAAACCAAAata > 2:281411/1‑141 (MQ=255) aTTACCT‑AAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAAGAATGTTTCTTTTACAGTTAAACCAAAatat < 2:390787/141‑1 (MQ=255) aTTACCT‑AAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAAGAATGTTTCTTTTACAGTTAAACCAAAatat < 2:1444/141‑1 (MQ=255) tACCT‑AAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAAGAATGTTTCTTTTACAGTTAAACCAAAATATTc < 4:75538/141‑1 (MQ=255) aCCT‑AAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAAGAATGTTTCTTTTACAGTTAAACCAAAATATTCt < 2:884000/141‑1 (MQ=255) aCCT‑AAAAACACGTTTACGTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATAAAGATGAGACCGGAGACGTAAATAATCGGTTCTTATAATGACTATGTTAAGAATGTTTCTTTGACAGTTAAACCAAAAGATTCt > 1:648260/1‑141 (MQ=255) ccT‑AAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAAGAATGTTTCTTTTACAGTTAAACCAAAATATTCtt > 2:493208/1‑141 (MQ=255) | CACAAAAACATGTCTTGAAACGCCTTTCATCACTCTAAAATACCCAATATACTTTTTATATCGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCT‑AAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAAGAATGTTTCTTTTACAGTTAAACCAAAATATTCTTTAAA > USA300TCH1516_ALE/2636253‑2636532 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |