| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2716742 = | 99 (0.790) | 3 (0.030) | 3/236 | NT | 3.5% | intergenic (+50/+100) | USA300HOU_RS13965/USA300HOU_RS13970 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2716816 = | 75 (0.660) | intergenic (+124/+26) | USA300HOU_RS13965/USA300HOU_RS13970 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGCCACCCGCTTCTTTCACTTTA > USA300TCH1516_ALE/2716676‑2716956 | gTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCtttt > 2:681290/1‑141 (MQ=255) tataTTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTttta < 2:543896/141‑1 (MQ=255) tataTTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTttta < 4:298882/141‑1 (MQ=255) tatTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTtttatt < 1:444864/141‑1 (MQ=255) tatTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTtttatt < 2:539441/141‑1 (MQ=255) tatTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTtttatt > 2:761625/1‑141 (MQ=255) ttCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTtttattta < 1:1014993/141‑1 (MQ=255) ttCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTtttattta < 3:254301/141‑1 (MQ=255) tCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTttatttat < 2:772373/141‑1 (MQ=255) tCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTttatttat < 2:772670/141‑1 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3:299064/1‑141 (MQ=255) tatTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTgaga < 1:653834/141‑1 (MQ=255) attttaattttttggtctgctaaaatgaaattctcaaaagaataaataaAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTgaga > 1:225638‑M1/50‑141 (MQ=255) atTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGaa < 2:887496/141‑1 (MQ=255) tttGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAAt > 2:1052858/1‑141 (MQ=255) ttGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAAtt < 1:174623/141‑1 (MQ=255) tGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAAttt < 3:147858/141‑1 (MQ=255) gCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTc < 1:1074038/141‑1 (MQ=255) tCACGAGGTATTGCACTTACGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCAt < 2:715749/141‑1 (MQ=255) tCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCAt < 2:516486/141‑1 (MQ=255) tCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCAt < 2:1039752/141‑1 (MQ=255) aCGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATTTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTGTTTCTTCTTTTGAGAATTTCAttt > 1:377247/1‑141 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tctcaaaagaataaataaaaagcccatacagagatgaagcgtaatgtgcaccatggtgcgacacattagtgtcttcaatcagtatgggctttTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAAt > 1:225638‑M2/93‑141 (MQ=255) gACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTc > 1:705638/1‑141 (MQ=255) cTCATAAACAAAGCCAATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCACTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTAAAAAAAAAAAAAAATTAAAATGGTGTCCAt < 2:191528/141‑1 (MQ=255) tCATAGACAAAGCCCGTTCTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTTTCCATc > 4:91140/1‑141 (MQ=255) aaaCAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGa > 1:876581/1‑141 (MQ=255) aCAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATc > 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2:584353/141‑1 (MQ=255) tctGTATGGGCTCTTTATATATTCTTTTGAGAATTTCATTTAAGTATAACAAAAAATTAAAATGGTGTCCAGCGAGATCTTTGAACATTGCTGCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGCCACCCg < 2:979089/141‑1 (MQ=255) ctGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACTAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCACCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGCGCCACCCGc < 1:127750/141‑1 (MQ=255) tGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGCCACCCGct < 1:465310/141‑1 (MQ=255) gtatgggctttTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGCCACCCGctt > 1:976723‑M2/12‑141 (MQ=255) atgggctttTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGCCACCCGcttct < 1:939824‑M2/132‑1 (MQ=255) 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3:75438/141‑1 (MQ=255) | GTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGCCACCCGCTTCTTTCACTTTA > USA300TCH1516_ALE/2716676‑2716956 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |