| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | USA300TCH1516_ALE | 62,817 | +TCAATT | 100% | intergenic (‑284/+229) | USA300TCH1516_00053 ← / ← speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 62817 | 0 (0.000) | 24 (0.800) +TCAATT |
23/246 | NT | 100% | intergenic (‑284/+229) | USA300TCH1516_00053/speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 62818 = | 0 (0.000) | intergenic (‑285/+228) | USA300TCH1516_00053/speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase | |||||
TAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTATTCCTC > USA300TCH1516_ALE/62692‑62954 | taAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgt < 1:318193‑M1/141‑16 (MQ=255) aggagtactacaaaaaTAGTTTGTGTAAGTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagc < 2:337645‑M1/136‑32 (MQ=255) ggCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagct < 2:239520‑M1/141‑33 (MQ=255) gCTTAATACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagctt < 1:63944‑M1/141‑34 (MQ=255) cTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttc < 2:138741‑M1/141‑35 (MQ=255) tacAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCGCTTACCTCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattct < 2:196286‑M1/141‑40 (MQ=255) aaaaaaTGTTTGTGTAATTCTAATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTATCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgat < 2:367412‑M1/141‑43 (MQ=255) gtgtAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAAACAAAAATAAGTTGAGTGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcatt < 1:33202‑M1/141‑54 (MQ=255) ggtaATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAAGTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcatta < 1:39338‑M1/140‑55 (MQ=255) gATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAGGGATTCTCtcaaaatacacaagttgatattaatataagcttcattctgatagatagtcattcataattgtt > 1:150226‑M1/1‑78 (MQ=255) tAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttg < 1:8085‑M1/141‑66 (MQ=255) cGTCCTGTTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTAACGCAAATTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgtttaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaa < 2:234672‑M1/141‑69 (MQ=255) tattatGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttggaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgt < 1:365546‑M1/141‑74 (MQ=255) tattatGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttattgttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgt < 2:129423‑M1/141‑74 (MQ=255) ttAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtccatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattctttgcaaatcgttattaag > 2:31744‑M1/1‑61 (MQ=255) aGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttac < 1:311452‑M1/141‑93 (MQ=255) aGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttac > 2:158541‑M1/1‑49 (MQ=255) gACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAAGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattatttccaaatcattattaagtaccgttgttaca > 2:157879‑M1/1‑48 (MQ=255) aCAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGGAAAGTGAAGGATGCGCtcaattgatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacag < 1:82354‑M1/141‑95 (MQ=255) cAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagc < 2:212311‑M1/141‑96 (MQ=255) cAAAAATAAATTGAGAGCATCCCGTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagc > 1:395551‑M1/1‑46 (MQ=255) tACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcataaaatcctcgta < 1:5924‑M1/141‑120 (MQ=255) aaGGATGCTCtcaatttattttttttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattttttgcaaatcgttattaaataccgttgttacagcgtcatcatttataaagtactcgtagattttataaag > 2:121790‑M1/1‑10 (MQ=255) aGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattatttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcctaaaatcctcgtagattttatcaaga > 2:72870‑M1/1‑9 (MQ=255) tcgctcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcataaaatcctcgtagattttatcaagaattta < 2:189873‑M1/138‑138 (MQ=255) | TAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTATTCCTC > USA300TCH1516_ALE/62692‑62954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |