| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | USA300TCH1516_ALE | 62,817 | +TCAATT | 100% | intergenic (‑284/+229) | USA300TCH1516_00053 ← / ← speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 62817 | 0 (0.000) | 24 (0.800) +TCAATT |
23/246 | NT | 100% | intergenic (‑284/+229) | USA300TCH1516_00053/speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 62818 = | 0 (0.000) | intergenic (‑285/+228) | USA300TCH1516_00053/speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase | |||||
AATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTATTCCTCTTA > USA300TCH1516_ALE/62686‑62957 | taaaacaacgcaaacaaggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTttgt < 1:318193‑M2/9‑1 (MQ=255) aggagtactacaaaaatagtttgtgtaagtctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGc < 2:337645‑M2/25‑1 (MQ=255) ggcttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCt < 2:239520‑M2/26‑1 (MQ=255) gcttaatacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCtt < 1:63944‑M2/27‑1 (MQ=255) cttactacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTc < 2:138741‑M2/28‑1 (MQ=255) tacaaaaaatgtttgtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcgcttacctcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCt < 2:196286‑M2/33‑1 (MQ=255) aaaaaatgtttgtgtaattctaataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttatcgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTgat < 2:367412‑M2/36‑1 (MQ=255) gtgtaattctgataacgtcctattatgttaattgaaaataaacaaaaataagttgagtgcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCAtt < 1:33202‑M2/47‑1 (MQ=255) ggtaattctgataacgtcctattatgttaagtgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATta < 1:39338‑M2/48‑1 (MQ=255) gataacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgagggattctctcaaaaTACACAAGTTGATATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTCATAATTGtt > 1:150226‑M2/85‑141 (MQ=255) taacgtcctattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTg < 1:8085‑M2/59‑1 (MQ=255) cgtcctgttatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaacgcaaattgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTTAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCaa < 2:234672‑M2/62‑1 (MQ=255) tattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGGAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGt < 1:365546‑M2/67‑1 (MQ=255) tattatgttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTGTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGt < 2:129423‑M2/67‑1 (MQ=255) ttaattgaaaatagacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctccattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTCTTTGCAAATCGTTATTAAg > 2:31744‑M2/68‑141 (MQ=255) agacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTAc < 1:311452‑M2/86‑1 (MQ=255) agacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTAc > 2:158541‑M2/56‑141 (MQ=255) gacaaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaagatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTATTTCCAAATCATTATTAAGTACCGTTGTTACa > 2:157879‑M2/55‑141 (MQ=255) acaaaaataaattgagagcatcccttaccggaaagtgaaggatgcgctcaattGATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAg < 1:82354‑M2/88‑1 (MQ=255) caaaaataaattgagagcatcccttaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGc < 2:212311‑M2/89‑1 (MQ=255) caaaaataaattgagagcatcccgtaccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGc > 1:395551‑M2/53‑141 (MQ=255) taccgcaaagtgaaggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTa < 1:5924‑M2/113‑1 (MQ=255) aaggatgctctcaattTATTTTTTTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTTTTTGCAAATCGTTATTAAATACCGTTGTTACAGCGTCATCATTTATAAAGTACTCGTAGATTTTATAAAg > 2:121790‑M2/17‑141 (MQ=255) aggatgctctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTATTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCCTAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGa > 2:72870‑M2/16‑141 (MQ=255) tcgctcaattTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTa < 2:189873‑M2/131‑1 (MQ=255) tTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTATTCCTCTTa < 2:273129‑M2/140‑1 (MQ=255) | AATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTATTCCTCTTA > USA300TCH1516_ALE/62686‑62957 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |