New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000731 | = 4419 | 54 (0.790) | 5 (0.010) | 4/262 | 9.5 | 1.5% | intergenic (+384/‑81) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0006/cadR | hypothetical protein/cadmium binding protein |
? | NC_012417 | = 1946 | 614 (1.020) | intergenic (+179/+147) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTTATATTGCTACAGCAGTTGATT > CP000731/4283‑4554 | tGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATCCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCa > 1:73120/1‑140 (MQ=17) aaaaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGa < 1:31083/140‑1 (MQ=11) aaaaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGa < 1:49993/140‑1 (MQ=11) aTGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACCAGTTTTGGGGTTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAACCAATTGGAATAAAgactacc > 1:94561/1‑134 (MQ=11) agaagaACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCCACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGatta > 1:162257/1‑140 (MQ=255) ccTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTaaaaa < 1:129246/140‑1 (MQ=255) ccTTAACTAAACTTGCAGAAGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCTACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTaaaaa < 2:48643/140‑1 (MQ=255) cTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAACat > 2:35081/1‑140 (MQ=255) aaaCTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGtt > 1:197083/1‑140 (MQ=255) aaCTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGCGAGCGATGAAGCCGACCATTCGACAAGTTGTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTta < 1:99171/140‑1 (MQ=255) aCTTGCAGACGAATGTGGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTTAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTtat < 2:59001/140‑1 (MQ=255) aCTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGGCAAGTGTTGGGATTGTTAAGGGTTACGAAGCTCAACGTCAATAAAGAAATTGGGATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATaatcaat > 2:114799/1‑135 (MQ=17) ttGCAGACGAATGTCGGCATAGCGGGAGCTATGAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTataa < 2:162643/140‑1 (MQ=255) cAGACGAATGTTGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGTTCATTCGACAAGGTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATAc < 1:8627/140‑1 (MQ=255) cAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATAc < 1:12766/140‑1 (MQ=255) aaTGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTCTGACTATTTAAAAACATACGTTATAATACCTTcca > 2:105520/1‑138 (MQ=17) tctgtaTAGCGTTAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGTATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAat < 2:251595/135‑1 (MQ=255) cATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATAttt < 1:205816/140‑1 (MQ=255) cGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGaa > 1:198586/1‑140 (MQ=255) gTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGTGATTGTTAAGGGTTCCTATGCTCATCGTTAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAAt < 1:112514/140‑1 (MQ=25) tGAGCTATTAAGGCCAACAATCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATg < 2:64298/140‑1 (MQ=255) aGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAg > 2:97968/1‑140 (MQ=255) cTATTAAGACGAACATTCTACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGgt < 2:126450/140‑1 (MQ=255) aTTTAGCCGACCATTCGACAAGTGTTGGGGTTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAATGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATGATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGgtgt < 2:228394/140‑1 (MQ=25) ttaTTCAACAAGTTTTGAGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTc < 1:96934/138‑1 (MQ=255) aTTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTGCGAAGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGATGTATTATGATTCaa > 2:18618/1‑140 (MQ=255) tCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTAAAAc > 2:241958/1‑140 (MQ=255) aCAAGTTTTGGGATTGTTAAGGTTTTCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAAATGAAGTAAAGCACCGATGATTATCTAACCATATTAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTAAATGAGCTGTATTATTATTTAAACGgt > 2:38251/1‑140 (MQ=25) ttctGGGATTGTTAAGGGCTCCGAGGCCCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGttgttg > 2:1815/4‑140 (MQ=255) tttGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTtgc < 1:241121/140‑1 (MQ=255) ttGGGATTGTTAAGGGTTCTGAGGCTTAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTtgct < 1:221249/140‑1 (MQ=255) ttGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACGTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGgttgttaat > 2:168697/1‑137 (MQ=255) tagtaTTGTTAAGAGTTCCGAGGCTCAACTTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTtgctg < 1:120688/136‑1 (MQ=255) tGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTtgctg > 2:262802/1‑140 (MQ=255) tGGGATTGGTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAAGAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTtgctg < 1:39595/140‑1 (MQ=255) gggATTGTGAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTtgctgc < 2:258960/140‑1 (MQ=255) ggATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTtgctgct < 2:169150/140‑1 (MQ=255) ggATTGTTAAGGGTTACGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTtgctgct < 1:85998/140‑1 (MQ=255) gATTGTTAAGGATTCCGAGGCACAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTATATTATGATTCAAACCGTTGTtgcttcta > 2:52353/1‑139 (MQ=38) tGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTTGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGctgctgctg < 2:73120/140‑1 (MQ=255) tGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCGCCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGctgctgctg > 1:146005/1‑140 (MQ=255) aGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATACTTTTGAATGAAGTGTATCATGATTCAAACGGTTGTTACTGCTACTGTTCtt > 2:93017/1‑140 (MQ=38) gggTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATCTACAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGCTGTATTCACACTCCTCCCTTTGTTGCTACTGCTGTTCttc > 2:42240/1‑139 (MQ=25) ggTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAACCGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTta > 1:2339/1‑140 (MQ=255) ggTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTta > 1:83286/1‑140 (MQ=255) ggTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAAGATCTTTGAATGAGGTGTATTTTGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTta > 1:72109/1‑140 (MQ=255) gTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTtat > 1:165459/1‑140 (MQ=255) gAGGCTCAACGTCAATAAATGAATTTGAATAAAGAAATTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATGCATTCAAAGATATTTTTGAATGAAGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGGTGCTGCTGTTCTTTATATTGc < 2:246199/140‑1 (MQ=255) gCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACAGTTGTTGTTGTTGATATTATTTATATTTCTAc > 1:31023/1‑140 (MQ=255) cAACGTCAATAAAGCAATATGGATAACGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTTATATTGCTAcagc < 1:174355/140‑1 (MQ=255) aCGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTTATATTGCTAcagcag < 1:220920/140‑1 (MQ=255) ttCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTTATATTGCTACAGCAGtt < 2:93376/139‑1 (MQ=255) taaTAAACCAATATGAATAAAGATCTTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGTTGCTGCTGTTCTTTATATTGCTACAGCAGTTGa < 2:181076/139‑1 (MQ=255) atcaaGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTTATATTGCTACAGCAGTTGAtt < 1:1815/137‑1 (MQ=255) | TGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTTATATTGCTACAGCAGTTGATT > CP000731/4283‑4554 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |