New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_012417 | = 1946 | 614 (1.020) | intergenic (+179/+147) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 655 total aligned reads displayed.
TCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGA > NC_012417/1807‑2081 | cacaCTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAt > 1:100578/1‑140 (MQ=255) acacTGTTTTTTTTTTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTATTTTTCTATAAAGAGGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATAAAGATTATAACAAATATCCTACGCATTTATGATGAGAAAAtt > 2:231062/1‑140 (MQ=255) acacTGTTTTTTTATTCTGATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAtt < 1:118556/140‑1 (MQ=255) acaaTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTATTGCTTACTTTTTATATTTAGATAAAGATAATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATACGATTATCATGAAAATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAtt < 1:55310/140‑1 (MQ=255) cacTGTTTTTTTATTCCTAGTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGTAAGTAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAttt > 2:258152/1‑140 (MQ=255) cacTGTTTTTTTATTCCGATTAGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTACTATAAAGATGATGCATTTGACGAGAAGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAttt < 1:14105/140‑1 (MQ=255) cTGTTTTTTTATTTCTAGTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTGTTTCTATAAAGAGGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGATGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTAt < 2:135549/140‑1 (MQ=255) cTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTAt < 2:167751/140‑1 (MQ=255) ttttttATTCTGATTGGTGTTGTTGATTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGTAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGAt < 2:251935/140‑1 (MQ=255) tttttATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATg < 1:49432/140‑1 (MQ=255) 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ttttCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCCGAcattcg < 1:182862/140‑6 (MQ=255) ttCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTc > 1:125473/1‑140 (MQ=255) cTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCgg < 2:39742/140‑1 (MQ=255) tataAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGc > 1:53049/1‑140 (MQ=255) tataAAGATGATGATTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGATAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGc < 2:145826/140‑1 (MQ=255) taAAGATAATGCTATTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCAt < 1:168837/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=11) tAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTc < 1:130649/140‑1 (MQ=37) aGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCa > 2:62026/1‑140 (MQ=37) acgatgCATTTATGACTAGAAAATTTATTTATGTGGAGAAGAACCAATCACGAAAGTTTCAGATGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAAc < 2:226376/140‑1 (MQ=11) acgacgCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAAc < 2:151206/140‑1 (MQ=34) acgacgCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAAc < 1:136543/140‑1 (MQ=34) ttacgCATTTATGCTGAGAAAATTTATTGATGTTGTGAATAACTCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCTACCATTTGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCTGAGGCTCAACg < 2:20808/138‑1 (MQ=11) aTTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATa < 2:165428/140‑1 (MQ=32) tttATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATaa < 2:155397/140‑1 (MQ=32) tttATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTAAAAAGAACCTTTAATTGAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATaa > 1:113893/1‑140 (MQ=11) aTGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGc < 1:161596/140‑1 (MQ=32) agaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGTCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTgg < 2:48402/140‑1 (MQ=14) agaAAATTTATTGATGATGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGACTGTTAAGCGTACCGAGCCCCAACGTCCATAAAGCAACTgc > 2:7996/1‑139 (MQ=11) | TCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGA > NC_012417/1807‑2081 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |