New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2057387 | 137 (0.750) | 7 (0.040) | 4/232 | NT | 5.2% | intergenic (+144/+148) | USA300HOU_RS10370/USA300HOU_RS10375 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2057403 | 132 (0.790) | intergenic (+160/+132) | USA300HOU_RS10370/USA300HOU_RS10375 | hypothetical protein/hypothetical protein |
GTCATAAGACTATCTAGATATGATTAAGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCAGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2057237‑2057387 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aacccccagca‑A‑GCTATATAAAGCATATGCTGGGGGTTCTTAATATTTTAAAAATTATTGTTAGATTATATATATCGTCGCTTTTTCTAAAACAATCTCATCGCATGAAATTTTTTCTTCCTAGAGACCTTTAATAAGATTAATAGTTTAC < USA300TCH1516_ALE/2057403‑2057264 GTCATAAGACTATCTAGATATGATTAAGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGA > 1:888656/1‑141 ATAAGACTATCTAGATATGATTAAGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACC > 1:949078/1‑141 AAGACTATCTAGATATGATTAAGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCC > 1:1212422/1‑141 AAGACTATCTAGATATGATTAAGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCC > 4:465567/1‑141 AAGACTATCTAGATATGATTAAGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCC > 4:367651/1‑141 AAGACTATCTAGATATGATTAAGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCC > 1:38371/1‑141 AAGACTATCTAGATATGATTAAGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCC > 1:610944/1‑141 AGACTATCTAGATATGATTAAGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCC < 1:1186526/141‑1 AGACTATCTAGATATGATTAAGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCC > 2:843651/1‑141 GACTATCTAGATATGATTAAGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCA < 3:331987/141‑1 ACTATCTAGATATGATTAAGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCAG < 1:494543/141‑1 ACTATCTAGATATGATTAAGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCAG > 3:668267/1‑141 ACTATCTAGATATGATTAAGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCAG < 1:1287769/141‑1 CTATCTAGATATGATTAAGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCAGC > 2:953270/1‑141 TATCTAGATATGATTAAGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCAGCA > 1:816363/1‑141 TATCTAGATATGATTAAGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCAGCA < 1:459410/141‑1 TATCTAGATATGATTAAGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCAGCA < 1:1045978/141‑1 AAGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCA > 1:977957/1‑123 AAGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCA < 2:977957/123‑1 AGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCAGCA‑A‑GCTATATAAAGCATA < 3:85971/141‑1 AGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCAGCA‑A‑GCTATATAAAGCATA < 1:866556/141‑1 AGTAAACTAGTAATCTTATAAAAAGTCTCTAAGAAG‑AAAAAATGTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATAGAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCAGCA‑A‑GCTATATAAAGCATA < 4:576190/141‑1 GTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAGAAAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCAGCA‑A‑GCTATATAAAGCATA < 2:1294669/141‑1 GCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCAGCATATGCTTTATATAGC‑T‑TGCTGGGGGTTCTTAATATTTTAAAAATTATTGTTAGATTATATATATCGTCGCTTTTTCTAAAACAATCT > 3:367651/1‑141 TATTAAGAACCCCCAGCATATGCTTTATATAGC‑T‑TGCTGGGGGTTCTTAATATTTTAAAAATTATTGTTAGATTATATATATCGTCGCTTTTTCTAAAACAATCTCATCGCATGAAATTTTTTCTTCCTAGAGACCTT > 1:955453/1‑138 TATTAAGAACCCCCAGCATATGCTTTATATAGC‑T‑TGCTGGGGGTTCTTAATATTTTAAAAATTATTGTTAGATTATATATATCGTCGCTTTTTCTAAAACAATCTCATCGCATGAAATTTTTTCTTCCTAGAGACCTT < 2:955453/138‑1 ACCCCCAGCA‑A‑GCTATATAAAGCATATGCTGGGGGTTCTTAATATTTTAAAAATTATTGTTAGATTATATATATCGTCGCTTTTTCTAAAACAATCTCATCGCATGAAATTTTTTCTTCCTAGAGACCTTTAATAAGATTA > 1:967656/1‑141 CCCCCAGCA‑A‑GCTATATAAAGCATATGCTGGGGGTTCTTAATATTTTAAAAATTATTGTTAGATTATATATATCGTCGCTTTTTCTAAAACAATCTCATCGCATGAAATTTTTTCTTCCTAGAGACCTTTAATAAGATTAA > 1:273317/1‑141 CCCCAGCA‑A‑GCTATATAAAGCATATGCTGGGGGTTCTTAATATTTTAAAAATTATTGTTAGATTATATATATCGTCGCTTTTTCTAAAACAATCTCATCGCATGAAATTTTTTCTTCCTAGAGACCTTTAATAAGATTAAT > 3:501721/1‑141 CAGCA‑A‑GCTATATAAAGCATATGCTGGGGGTTCTTAATATTTTAAAAATTATTGTTAGATTATATATATCGTCGCTTTTTCTAAAACAATCTCATCGCATGAAATTTTTTCTTCCTAGAGACCTTTAATAAGATTAATAGT < 1:747518/141‑1 CAGCA‑A‑GCTATATAAAGCATATGCTGGGGGTTCTTAATATTTTAAAAATTATTGTTAGATTATATATATCGTCGCTTTTTCTAAAACAATCTCATCGCATGAAATTTTTTCTTCCTAGAGACCTTTAATAAGATTAATAGT < 1:215540/141‑1 AGCA‑A‑GCTATATAAAGCATATGCTGGGGGTTCTTAATATTTTAAAAATTATTGTTAGATTATATATATCGTCGCTTTTTCTAAAACAATCTCATCGCATGAAATTTTTTCTTCCTAGAGACCTTTAATAAGATTAATAGTT > 2:618183/1‑141 AGCA‑A‑GCTATATAAAGCATATGCTGGGGGTTCTTAATATTTTAAAAATTATTGTTAGATTATATATATCGTCGCTTTTTCTAAAACAATCTCATCGCATGAAATTTTTTCTTCCTAGAGACCTTTAATAAGATTAATAGTT < 4:520106/141‑1 GCA‑A‑GCTATATAAAGCATATGCTGGGGGTTCTTAATATTTTAAAAATTATTGTTAGATTATATATATCGTCGCTTTTTCTAAAACAATCTCATCGCATGAAATTTTTTCTTCCTAGAGACCTTTAATAAGATTAATAGTTT > 2:1518586/1‑141 GCA‑A‑GCTATATAAAGCATATGCTGGGGGTTCTTAATATTTTAAAAATTATTGTTAGATTATATATATCGTCGCTTTTTCTAAAACAATCTCATCGCATGAAATTTTTTCTTCCTAGAGACCTTTAATAAGATTAATAGTTT > 2:1517799/1‑141 CA‑A‑GCTATATAAAGCATATGCTGGGGGTTCTTAATATTTTAAAAATTATTGTTAGATTATATATATCGTCGCTTTTTCTAAAACAATCTCATCGCATGAAATTTTTTCTTCCTAGAGACCTTTAATAAGATTAATAGTTTA > 4:191536/1‑141 A‑A‑GCTATATAAAGCATATGCTGGGGGTTCTTAATATTTTAAAAATTATTGTTAGATTATATATATCGTCGCTTTTTCTAAAACAATCTCATCGCATGAAATTTTTTCTTCCTAGAGACCTTTAATAAGATTAATAGTTTAC < 1:1312990/141‑1 GTCATAAGACTATCTAGATATGATTAAGTAAACTATTAATCTTATTAAAGGTCTCTAGGAAG‑AAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCAGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2057237‑2057387 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aacccccagca‑A‑GCTATATAAAGCATATGCTGGGGGTTCTTAATATTTTAAAAATTATTGTTAGATTATATATATCGTCGCTTTTTCTAAAACAATCTCATCGCATGAAATTTTTTCTTCCTAGAGACCTTTAATAAGATTAATAGTTTAC < USA300TCH1516_ALE/2057403‑2057264 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |