| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 954375 | 53 (0.540) | 9 (0.110) | 6/138 | NT | 16.3% | intergenic (+29/+474) | gluD/glpQ_1 | NAD‑specific glutamate dehydrogenase/Glycerophosphodiester phosphodiesterase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 954395 | 47 (0.550) | intergenic (+49/+454) | gluD/glpQ_1 | NAD‑specific glutamate dehydrogenase/Glycerophosphodiester phosphodiesterase | |||||
GAGACTTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/954277‑954375‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaacgagcttAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAATTATGCCCAACCACGATATCTAGCTGCTTCTGCTGTACGTT < USA300TCH1516_ALE/954395‑954306 GAGACTTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTA < 1:492074/91‑1GAGACTTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTA < 1:3217693/91‑1 TTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAG > 1:2928072/1‑91 GCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCT > 1:1814656/1‑91 CAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTT > 1:2576674/1‑91 TTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTC < 1:1660553/91‑1 TTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTC < 1:2410717/91‑1 TAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCC < 1:387272/91‑1 TAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCC < 1:3756250/91‑1 AAACGTACAGCAGAAGTAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCC < 1:1654079/91‑1 AAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCC < 1:1259460/91‑1 AACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCA < 1:2461909/91‑1 GTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGC < 1:1069252/91‑1 TACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCT < 1:790605/91‑1 TTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAATTATGCCCAACCACGATATCTAGCTGCTTCT > 1:957664/1‑91 TTAACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAATTATGCCCAACCACGATATCTAGCTGCTTCT > 1:2213806/1‑91 AACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAATTATGCCCAACCACGATATCTAGCTGCTTCTGC < 1:2018463/91‑1 AACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAATTATGCCCAACCACGATATCTAGCTGCTTCTGC < 1:4106632/91‑1 AACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAATTATGCCCAACCACGATATCTAGCTGCTTCTGC < 1:1401206/91‑1 AACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAATTATGCCCAACCACGATATCTAGCTGCTTCTGC < 1:4105595/91‑1 ACGAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAATTATGCCCAACCACGATATCTAGCTGCTTCTGCT < 1:370139/91‑1 GAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAATTATGCCCAACCACGATATCTAGCTGCTTCTGCTGT > 1:3804160/1‑91 GAGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAATTATGCCCAACCACGATATCTAGCTGCTTCTGCTGT < 1:1056600/91‑1 AGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAATTATGCCCAACCACGATATCTAGCTGCTTCTGCTGTA < 1:1199861/91‑1 AGCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAATTATGCCCAACCACGATATCTAGCTGCTTCTGCTGTA < 1:3484802/91‑1 GCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAATTATGCCCAACCACGATATCTAGCTGCTTCTGCTGTAC < 1:239030/91‑1 GCTTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAATTATGCCCAACCACGATATCTAGCTGCTTCTGCTGTAC < 1:238697/91‑1 TTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAATTATGCCCAACCACGATATCTAGCTGCTTCTGCTGTACGT < 1:5635/91‑1 TTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAATTATGCCCAACCACGATATCTAGCTGCTTCTGCTGTACGT < 1:5799/91‑1 TTAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAATTATGCCCAACCACGATATCTAGCTGCTTCTGCTGTACGT < 1:7038/91‑1 TAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAGATCACATATGATTATTAATTAGGCCAAACCACGATATCTAGCTGCTTCTGCTGTACGTT < 1:3310328/91‑1 TAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATGAATTATGCCCAACCACGATATCTAGCTGCTTCTGCTGTACGTT < 1:3445120/91‑1 GAGACTTGCAGCATATATCATAGGTATTAAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/954277‑954375‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaacgagcttAGGGCTTTGTTTTCTGTCCCAAGCTCGTTAAATCACATATGATAATTAATTATGCCCAACCACGATATCTAGCTGCTTCTGCTGTACGTT < USA300TCH1516_ALE/954395‑954306 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |