| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 954375 | 53 (0.540) | 9 (0.110) | 6/138 | NT | 16.3% | intergenic (+29/+474) | gluD/glpQ_1 | NAD‑specific glutamate dehydrogenase/Glycerophosphodiester phosphodiesterase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 954395 | 47 (0.550) | intergenic (+49/+454) | gluD/glpQ_1 | NAD‑specific glutamate dehydrogenase/Glycerophosphodiester phosphodiesterase | |||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
AAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAAC > USA300TCH1516_ALE/954305‑954482 | tttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCt > 1:2839937‑M1/61‑91 (MQ=255)aaaTGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCt < 1:3266830/91‑1 (MQ=255)aaaCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCt > 1:250339/1‑91 (MQ=255)aaaCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCt > 1:838215/1‑91 (MQ=255) ttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTa > 1:3365306‑M1/60‑91 (MQ=255) aaCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTTGGCCTAATTAATAATCATATGTGATCTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTa < 1:3310328‑M2/91‑2 (MQ=255) aaCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTCATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTa < 1:3445120‑M2/91‑2 (MQ=255) aCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaa < 1:7038‑M2/91‑3 (MQ=255) aCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaa < 1:5635‑M2/91‑3 (MQ=255) aCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaa < 1:5799‑M2/91‑3 (MQ=255) tgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGc < 1:665366‑M1/35‑1 (MQ=255) gTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagc < 1:238697‑M2/91‑5 (MQ=255) gTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagc < 1:239030‑M2/91‑5 (MQ=255) tACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagct < 1:1199861‑M2/91‑6 (MQ=255) 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aaGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatt < 1:2940235/91‑1 (MQ=255) aaGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatt < 1:2939982/91‑1 (MQ=255) agcagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattt > 1:3471635/1‑91 (MQ=255) agcagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattt > 1:2277846/1‑91 (MQ=255) gcagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatttt > 1:2581947/1‑91 (MQ=255) agcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttat > 1:1758712/1‑91 (MQ=255) gcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttatt > 1:1510865/1‑91 (MQ=255) gATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAg > 1:2869213/1‑91 (MQ=255) atatCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGc > 1:1002975/1‑91 (MQ=255) tatCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCa < 1:947547/91‑1 (MQ=255) atCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCag > 1:1319406/1‑91 (MQ=255) atCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCag < 1:2444058/91‑1 (MQ=255) atCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCag < 1:2443952/91‑1 (MQ=255) gTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCagtag > 1:978553/1‑91 (MQ=255) gTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCagtag > 1:1757692/1‑91 (MQ=255) gTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTg < 1:2280709/91‑1 (MQ=255) 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ttaattaTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACa < 1:2183907/91‑1 (MQ=255) taattaTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACaa < 1:1347338/91‑1 (MQ=255) attaTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATg < 1:2759651/91‑1 (MQ=255) ttaTCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGc > 1:2040785/1‑91 (MQ=255) tCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCg > 1:328793/1‑91 (MQ=255) cATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCgt > 1:2102604/1‑91 (MQ=255) tgtgATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTaa > 1:3647324/1‑91 (MQ=255) tgATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAaca < 1:3461360/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |