| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1205038 = | 91 (0.930) | 16 (0.180) | 11/148 | NT | 16.0% | coding (82/195 nt) | USA300HOU_RS15290 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1427022 | NA (NA) | intergenic (‑753/+219) | pstS/cvfB | Phosphate‑binding protein PstS/Conserved virulence factor B | |||||
GTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1205130‑1205038‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cagctcGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAG < USA300TCH1516_ALE/1427022‑1426933 GTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGC > 1:666493/1‑91GTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGC < 1:3549284/91‑1 CACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGT < 1:3487885/91‑1 CACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGT < 1:2534175/91‑1 CTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTG < 1:3168796/91‑1 CTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTG < 1:1551502/91‑1 CTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTG < 1:1722815/91‑1 CTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTG < 1:1722835/91‑1 CTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTG < 1:1843060/91‑1 CTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCGAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTG < 1:1388517/91‑1 GAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTGAGC < 1:3131897/91‑1 GAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTGAGC < 1:136488/91‑1 GAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTGAGC < 1:915374/91‑1 GAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTGAGC < 1:3495152/91‑1 AATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTGATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTGAGCT < 1:1534455/91‑1 AATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTGATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTGAGCT < 1:3026167/91‑1 AATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTGAGCT < 1:3866923/91‑1 ATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTGATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTGAGCTG < 1:3407955/91‑1 ATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTGAGCTG < 1:102741/91‑1 GTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTGAGCTGCT < 1:954302/91‑1 TCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTGGTTGAGCTGCTA < 1:3209033/91‑1 CAGGTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTGAGCTGCTAT < 1:3734415/91‑1 AGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCT > 1:2600204/1‑91 TAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCC > 1:2310954/1‑91 AAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTCTTTATTCCT > 1:1337725/1‑91 GGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCG > 1:1955763/1‑91 AATAGCAGCTCAACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACT > 1:2969968/1‑91 CAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACAT < 1:122168/91‑1 CAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACAT < 1:2885663/91‑1 CAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACAT > 1:1460816/1‑91 CAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACAT < 1:2779138/91‑1 CAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACAT > 1:1544272/1‑91 CAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGCTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACAT > 1:3887979/1‑91 AGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATT < 1:3084244/91‑1 AGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATT < 1:400099/91‑1 AGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATT > 1:397695/1‑91 AGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATT < 1:2032391/91‑1 GCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTC < 1:1375380/91‑1 GCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTC > 1:786519/1‑91 GCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTC < 1:1516749/91‑1 GCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTC > 1:361430/1‑91 GCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTC < 1:2471645/91‑1 GCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTC < 1:2472967/91‑1 GCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTC < 1:3325334/91‑1 GCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTC < 1:3325088/91‑1 GCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTC > 1:2653185/1‑91 GCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTC < 1:2873557/91‑1 CTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCG > 1:1528830/1‑91 CTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCG > 1:4008347/1‑91 TCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGA > 1:354952/1‑91 TCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGA > 1:2933050/1‑91 CGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAG < 1:2239105/91‑1 CGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAG > 1:389706/1‑91 CGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAG > 1:3949213/1‑91 CGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAG < 1:3198528/91‑1 GTTTCACTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1205130‑1205038‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cagctcGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAG < USA300TCH1516_ALE/1427022‑1426933 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |