| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1205038 = | 91 (0.930) | 16 (0.180) | 11/148 | NT | 16.0% | coding (82/195 nt) | USA300HOU_RS15290 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1427022 | NA (NA) | intergenic (‑753/+219) | pstS/cvfB | Phosphate‑binding protein PstS/Conserved virulence factor B | |||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
AGTTCTTAGGCAATGTAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGA > USA300TCH1516_ALE/1204948‑1205127 | ctcgaatgtcagttcgaggaataaataaagttaaacgagagctaggttttgtattaatggcacttaatataaggaaaatagcagctcaacg > 1:3949213‑M1/91‑91 (MQ=255)ctcgaatgtcagttcgaggaataaataaagttaaacgagagctaggttttgtattaatggcacttaatataaggaaaatagcagctcaacg > 1:389706‑M1/91‑91 (MQ=255)ctcgaatgtcagttcgaggaataaataaagttaaacgagagctaggttttgtattaatggcacttaatataaggaaaatagcagctcaacg < 1:2239105‑M1/1‑1 (MQ=255)ctcgaatgtcagttcgaggaataaataaagttaaacgagagctaggttttgtattaatggcacttaatataaggaaaatagcagctcaacg < 1:3198528‑M1/1‑1 (MQ=255)aGTTCTTAGGCAATGTAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTg > 1:3910310/1‑91 (MQ=35) tcgaatgtcagttcgaggaataaataaagttaaacgagagctaggttttgtattaatggcacttaatataaggaaaatagcagctcaacGa > 1:354952‑M1/90‑91 (MQ=255) gTTCTTAGGCAATGTAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGa > 1:3369130/1‑91 (MQ=35) cgaatgtcagttcgaggaataaataaagttaaacgagagctaggttttgtattaatggcacttaatataaggaaaatagcagctcaacGAg > 1:1528830‑M1/89‑91 (MQ=255) cgaatgtcagttcgaggaataaataaagttaaacgagagctaggttttgtattaatggcacttaatataaggaaaatagcagctcaacGAg > 1:4008347‑M1/89‑91 (MQ=255) gaatgtcagttcgaggaataaataaagttaaacgagagctaggttttgtattaatggcacttaatataaggaaaatagcagctcaacGAgc < 1:2471645‑M1/4‑1 (MQ=255) gaatgtcagttcgaggaataaataaagttaaacgagagctaggttttgtattaatggcacttaatataaggaaaatagcagctcaacGAgc < 1:1516749‑M1/4‑1 (MQ=255) gaatgtcagttcgaggaataaataaagttaaacgagagctaggttttgtattaatggcacttaatataaggaaaatagcagctcaacGAgc < 1:2873557‑M1/4‑1 (MQ=255) gaatgtcagttcgaggaataaataaagttaaacgagagctaggttttgtattaatggcacttaatataaggaaaatagcagctcaacGAgc < 1:3325334‑M1/4‑1 (MQ=255) gaatgtcagttcgaggaataaataaagttaaacgagagctaggttttgtattaatggcacttaatataaggaaaatagcagctcaacGAgc > 1:786519‑M1/88‑91 (MQ=255) gaatgtcagttcgaggaataaataaagttaaacgagagctaggttttgtattaatggcacttaatataaggaaaatagcagctcaacGAgc > 1:361430‑M1/88‑91 (MQ=255) aatgtcagttcgaggaataaataaagttaaacgagagctaggttttgtattaatggcacttaatataaggaaaatagcagctcaacGAgct > 1:397695‑M1/87‑91 (MQ=255) aatgtcagttcgaggaataaataaagttaaacgagagctaggttttgtattaatggcacttaatataaggaaaatagcagctcaacGAgct < 1:3084244‑M1/5‑1 (MQ=255) atgtcagttcgaggaataaataaagttaaacgagagctaggttttgtattaatggcacttaatataaggaaaatagcagctcaacGAgctg > 1:1460816‑M1/86‑91 (MQ=255) atgtcagttcgaggaataaataaagttaaacgagagctaggttttgtattaatggcacttaatataaggaaaatagcagctcaacGAgctg < 1:2779138‑M1/6‑1 (MQ=255) atgtcagttcgaggaataaataaagttaaacgagagctaggttttgtattaatggcacttaatataaggaaaatagcagctcaacGAgctg > 1:1544272‑M1/86‑91 (MQ=255) tAGGCAATGTAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAgctgc > 1:2575184/1‑91 (MQ=35) tAGGCAATGTAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAgctgc > 1:2574982/1‑91 (MQ=35) tAGGCAATGTAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAgctgc < 1:4072048/91‑1 (MQ=35) aGGCAATGTAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAgctgct > 1:3451254/1‑91 (MQ=35) cAATGTAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTAtt < 1:4142331/91‑1 (MQ=35) cAATGTAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTAtt > 1:1740560/1‑91 (MQ=35) cAATGTAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTAtt < 1:2049158/91‑1 (MQ=35) aaTGTAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTAttt < 1:326732/91‑1 (MQ=35) aTGTAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTAtttt < 1:2173115/91‑1 (MQ=34) aggaataaagaaagttaaacgagagctaggttttgtattaatggcacttaatataaggaaaatagcagctcgttGAGCTGCTATTTTCCtt > 1:1337725‑M1/75‑91 (MQ=255) ggaataaataaagttaaacgagagctaggttttgtattaatggcaattaatataaggaaaatagcagctcgttGAGCTGCTATTTTCCTta > 1:2310954‑M1/74‑91 (MQ=255) gATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAt > 1:2955174/1‑91 (MQ=31) gATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAt < 1:2708602/91‑1 (MQ=31) gATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTGTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTACTTTCCTTATATTAAt < 1:3534111/91‑1 (MQ=9) aTTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAtt > 1:1847140/1‑91 (MQ=32) aTTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAtt > 1:1847617/1‑91 (MQ=32) tttCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTg < 1:3917371/91‑1 (MQ=33) tATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCAt > 1:2420179/1‑91 (MQ=34) tATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCAt < 1:2924094/91‑1 (MQ=34) attaattaTTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCAtt > 1:2479463/1‑91 (MQ=34) ttaattaTTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTa > 1:3239844/1‑91 (MQ=34) taattaTTTGATAGAAATCAGCTTTCTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATGGCAATTaa < 1:3871814/91‑1 (MQ=11) aattaTTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAAt > 1:917457/1‑91 (MQ=33) attattTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATa < 1:2948256/91‑1 (MQ=34) ttGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACaaaa > 1:1806757/1‑91 (MQ=34) atctgAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAAcc < 1:418338/87‑1 (MQ=21) aggttttgtattaatggcacttaatataaggaaaatagcagctcgttGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCt > 1:2600204‑M1/48‑91 (MQ=255) aTAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCt < 1:1216971/91‑1 (MQ=34) aTAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCt > 1:1347702/1‑91 (MQ=34) aTAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCt > 1:1562966/1‑91 (MQ=34) aTAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCt > 1:1762466/1‑91 (MQ=34) aGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAg > 1:2394656/1‑91 (MQ=34) aGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAg > 1:2395671/1‑91 (MQ=33) gAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGc > 1:3038650/1‑91 (MQ=33) gAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGc < 1:1383412/91‑1 (MQ=34) aaTCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGctc < 1:2784824/91‑1 (MQ=34) aaTCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGctc > 1:3667451/1‑91 (MQ=34) aaTCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGctc < 1:1127354/91‑1 (MQ=34) aaTCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGctc < 1:1127494/91‑1 (MQ=34) cAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCg < 1:3666330/91‑1 (MQ=33) cAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCg > 1:3357119/1‑91 (MQ=34) aGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGt < 1:1584038/91‑1 (MQ=34) aGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGt > 1:1541260/1‑91 (MQ=34) gCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGtt < 1:1095675/91‑1 (MQ=34) tttttGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTaa < 1:310653/91‑1 (MQ=33) atatGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACtttat < 1:3000687/91‑1 (MQ=34) tatGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACtttatt > 1:3506820/1‑91 (MQ=34) tatGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACtttatt < 1:2214029/91‑1 (MQ=34) tatGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACtttatt > 1:543128/1‑91 (MQ=34) tatGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACtttatt > 1:110026/1‑91 (MQ=34) tatGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTGAACtttatt > 1:3965433/1‑91 (MQ=18) tGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACtttattta < 1:2098400/91‑1 (MQ=34) gTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTttatttat < 1:2720783/91‑1 (MQ=34) aTTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTc < 1:1137610/91‑1 (MQ=34) tttATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCt > 1:349555/1‑91 (MQ=34) taATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGaa < 1:64650/91‑1 (MQ=34) aTGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACt < 1:2124649/91‑1 (MQ=33) atagcagctcaacGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGACCTg < 1:3734415‑M1/78‑1 (MQ=255) tagcagctcaacCAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGa < 1:3209033‑M1/79‑1 (MQ=255) gTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGa > 1:1572845/1‑91 (MQ=34) gTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGa > 1:3011331/1‑91 (MQ=34) agcagctcaacGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGAc < 1:954302‑M1/80‑1 (MQ=255) cAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACAt > 1:1022524/1‑91 (MQ=34) cAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACAt > 1:1022547/1‑91 (MQ=34) agctcaacGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACAtt < 1:3866923‑M1/83‑1 (MQ=255) agctcaacGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATCAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACAtt < 1:3026167‑M1/83‑1 (MQ=255) gctcaacGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTc < 1:3495152‑M1/84‑1 (MQ=255) gctcaacGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTc < 1:915374‑M1/84‑1 (MQ=255) cTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCg < 1:1491658/91‑1 (MQ=34) caacGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTCGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAg < 1:1388517‑M1/87‑1 (MQ=255) caacGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAg < 1:1722815‑M1/87‑1 (MQ=255) caacGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAg < 1:3168796‑M1/87‑1 (MQ=255) cGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAg < 1:4027515/91‑1 (MQ=34) cGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAg < 1:667115/91‑1 (MQ=34) gTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGt > 1:2113995/1‑91 (MQ=34) ttGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTg < 1:2022383/91‑1 (MQ=33) ttGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTg > 1:174963/1‑91 (MQ=34) ttGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTg < 1:1643197/91‑1 (MQ=34) ttGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTg > 1:1372679/1‑91 (MQ=34) tGAGCTGATATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGa < 1:2067605/91‑1 (MQ=21) | AGTTCTTAGGCAATGTAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGA > USA300TCH1516_ALE/1204948‑1205127 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |