| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1262909 | 97 (0.990) | 5 (0.060) | 4/140 | NT | 5.5% | intergenic (+34/‑193) | sucD/lytN_1 | Succinate‑‑CoA ligase [ADP‑forming] subunit alpha/putative cell wall hydrolase LytN |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1262932 | 87 (1.010) | intergenic (+57/‑170) | sucD/lytN_1 | Succinate‑‑CoA ligase [ADP‑forming] subunit alpha/putative cell wall hydrolase LytN | |||||
CAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1262811‑1262909‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atagcccattTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATAAAT < USA300TCH1516_ALE/1262932‑1262843 CAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTAT < 1:2562270/91‑1 ACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAG < 1:1891939/91‑1 CATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGC > 1:1325238/1‑91 CATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGC < 1:1651593/91‑1 ATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTCAAAGATGATATAAATGGCTATAGCC > 1:3848711/1‑91 TAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCA < 1:1285223/91‑1 TAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCA > 1:4112253/1‑91 AATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCAT > 1:2858218/1‑91 ATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT < 1:119587/91‑1 CAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGT < 1:3468433/91‑1 AGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTA < 1:2735444/91‑1 TATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGG < 1:935419/91‑1 TATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGG < 1:1643443/91‑1 TTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAAT < 1:1701169/91‑1 TAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGAT > 1:590106/1‑91 TAGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGAT > 1:590154/1‑91 AGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATT < 1:2451594/91‑1 AGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATT < 1:2451067/91‑1 AGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATT > 1:2272802/1‑91 AGCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATT < 1:1241744/91‑1 GCCCATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTC > 1:561750/1‑91 ATTTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATAA > 1:2204281/1‑91 ATTTCCGATACTCTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATAA > 1:2205559/1‑91 TTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATAAAT < 1:2802575/91‑1 TTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATAAAT < 1:2801621/91‑1 CAACATTAATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1262811‑1262909‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atagcccattTCCGATACTTTTATAAAGTATGGAATGGGCTATAGCCATTTATATCATCTTTTAACTTTATTTATTAACAGTTAATAATGATTCATAAAT < USA300TCH1516_ALE/1262932‑1262843 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |