| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1262909 | 97 (0.990) | 5 (0.060) | 4/140 | NT | 5.5% | intergenic (+34/‑193) | sucD/lytN_1 | Succinate‑‑CoA ligase [ADP‑forming] subunit alpha/putative cell wall hydrolase LytN |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1262932 | 87 (1.010) | intergenic (+57/‑170) | sucD/lytN_1 | Succinate‑‑CoA ligase [ADP‑forming] subunit alpha/putative cell wall hydrolase LytN | |||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
ATTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGTTAATTAT > USA300TCH1516_ALE/1262819‑1262999 | aTTGAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATT < 1:119587‑M1/91‑1 (MQ=255) gAAGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCa > 1:2014345/1‑91 (MQ=255) aGCTGCTAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATa > 1:2935711/1‑91 (MQ=255) gctgctAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATAc < 1:158340/91‑1 (MQ=255) gctAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACttt > 1:196874/1‑91 (MQ=255) gctAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACttt > 1:2167897/1‑91 (MQ=255) ctAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTta > 1:884597/1‑91 (MQ=255) tAAAGAAGCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTtat > 1:3888780/1‑91 (MQ=255) aagaagCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATaa < 1:599315/91‑1 (MQ=255) agaagCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATaaa > 1:2622622/1‑91 (MQ=255) gaagCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATaaaa > 1:4049418/1‑91 (MQ=255) gaagCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATaaaa > 1:3874675/1‑91 (MQ=255) ggtaaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTa > 1:1397291‑M1/64‑91 (MQ=255) gCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTa > 1:1637223/1‑91 (MQ=255) gCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTa > 1:2700382/1‑91 (MQ=255) gCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTa > 1:1637516/1‑91 (MQ=255) gCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTa > 1:2274155/1‑91 (MQ=255) gCAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTa > 1:2274168/1‑91 (MQ=255) cAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagt < 1:3468433‑M1/91‑20 (MQ=255) cAGGTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTAt < 1:3977844/91‑1 (MQ=255) taaaataattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATc > 1:1717903‑M1/62‑91 (MQ=255) ggTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACATTATAAAAGTGTCg > 1:3740194/1‑91 (MQ=255) ggTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACATTATAAAAGTGTCg > 1:3740145/1‑91 (MQ=255) gTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCgg > 1:3398991/1‑91 (MQ=255) gTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCgg > 1:4027004/1‑91 (MQ=255) gTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCgg > 1:1213710/1‑91 (MQ=255) gTATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGAGGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCgg > 1:1121546/1‑91 (MQ=255) tATTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagtatgg < 1:935419‑M1/91‑24 (MQ=255) aTTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAa < 1:2802575‑M2/91‑2 (MQ=255) aTTTATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAa < 1:2801621‑M2/91‑2 (MQ=255) taattaacttgtctttccaaaatatgaaaagtgtactaaaattcatcgcacgacaaATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGaaa > 1:628503‑M1/57‑91 (MQ=255) ttATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTtccgatacttttataaagtatggaat < 1:1701169‑M1/91‑27 (MQ=255) ttATGAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAGAGTATCGGAaat > 1:2205559‑M2/1‑88 (MQ=255) gAATCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAaatgggc > 1:561750‑M2/1‑84 (MQ=255) aaTCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAaatgggct < 1:1241744‑M2/91‑9 (MQ=255) aaTCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAaatgggct < 1:2451594‑M2/91‑9 (MQ=255) aaTCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAaatgggct > 1:2272802‑M2/1‑83 (MQ=255) aTCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAaatgggcta > 1:590154‑M2/1‑82 (MQ=255) aTCATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAaatgggcta > 1:590106‑M2/1‑82 (MQ=255) cATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTAtt > 1:2700475/1‑91 (MQ=255) cATTATTAACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTAtt < 1:2830585/91‑1 (MQ=255) ttattaACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTg > 1:222912/1‑91 (MQ=255) ttattaACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTg > 1:3801886/1‑91 (MQ=255) ttattaACTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTg > 1:2932263/1‑91 (MQ=255) aaCTGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTg > 1:1882680/1‑91 (MQ=255) tGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGa < 1:1484918/91‑1 (MQ=255) tGTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGa < 1:1485259/91‑1 (MQ=255) gTTAATAAATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGAt > 1:3331710/1‑91 (MQ=255) taataaATAAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGa > 1:71523/1‑91 (MQ=255) aataaataAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGaa > 1:1348990/1‑91 (MQ=255) aataaataAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGaa > 1:2785507/1‑91 (MQ=255) aataaataAAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGaa > 1:2785508/1‑91 (MQ=255) ataaataaAGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAAt > 1:764360/1‑91 (MQ=255) taaaGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATGGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAg < 1:3323553/91‑1 (MQ=255) aaaGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGt > 1:93608/1‑91 (MQ=255) aaaGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGt > 1:2127504/1‑91 (MQ=255) aGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTac < 1:708796/91‑1 (MQ=255) aGTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTac < 1:1811501/91‑1 (MQ=255) gTTAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTaca > 1:2613679/1‑91 (MQ=255) ttAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTacac < 1:1678568/91‑1 (MQ=255) tAAAAGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACt > 1:1472698/1‑91 (MQ=255) aaaaGATGATATAAATGGCTATAGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACtt > 1:189441/1‑91 (MQ=255) 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aGCCCATTtccgatacttttataaagtatggaatgggctatagccatttatatcatcttttaactttatttattaacagttaataatgatt < 1:1241744‑M1/91‑84 (MQ=255) AGCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGt < 1:3676143‑M1/91‑1 (MQ=255) gCCCATTtccgatacttttataaagtatggaatgggctatagccatttatatcatcttttaactttatttattaacagttaataatgattc > 1:561750‑M1/1‑7 (MQ=255) GCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGtt > 1:1027129‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGtt < 1:1070631‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGtt < 1:3231793‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAATTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAACACAAGtt < 1:2071062‑M1/91‑1 (MQ=255) CCATTCCATACTTTATAAAAGTATCGGAAATGGGCTATTTGTCGTGCGATGAAGTTTAGTACACTTTTCATATTTTGGAAAGACAAGTTaa < 1:3948492‑M1/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |