| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1662000 = | 117 (1.190) | 24 (0.290) | 10/136 | NT | 21.7% | intergenic (‑87/+68) | USA300HOU_RS08275/rpmG2_2 | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase/50S ribosomal protein L33 2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1662039 = | 74 (0.890) | intergenic (‑126/+29) | USA300HOU_RS08275/rpmG2_2 | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase/50S ribosomal protein L33 2 | |||||
AAACAAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1662101‑1662000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttcacctttttTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCTTCATTT > USA300TCH1516_ALE/1662039‑1662126 AAACAAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGT > 1:2127485/1‑91AAACAAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGT < 1:2044391/91‑1AAACAAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATCTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAACATAAGAGGT > 1:3971773/1‑91 AACAAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTT < 1:112757/91‑1 AACAAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTT < 1:2636651/91‑1 AACAAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTT < 1:3827013/91‑1 ACAAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTT > 1:87043/1‑91 ACAAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTT > 1:86390/1‑91 ACAAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTT < 1:1640761/91‑1 gcAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTC < 1:2899282/89‑1 CAAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTC > 1:3488226/1‑91 CAAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTC < 1:218094/91‑1 AAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCA < 1:3350723/91‑1 AAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCA < 1:3623109/91‑1 AAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCA < 1:625441/91‑1 AAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCA > 1:1487603/1‑91 AACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCAC < 1:3516402/91‑1 AACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCAC > 1:3564317/1‑91 AACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCAC < 1:508719/91‑1 ACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACC > 1:2494245/1‑91 ACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACC > 1:2260945/1‑91 CAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGTGGTTTCACCT < 1:3252494/91‑1 CAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCT > 1:628032/1‑91 CAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCT < 1:2269357/91‑1 CAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCT > 1:1722546/1‑91 AAACTTTACCCCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTCTCACCTT > 1:2083282/1‑91 AAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAGCAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTT < 1:3597726/91‑1 AAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTT > 1:3742449/1‑91 AAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTT < 1:844252/91‑1 ACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTT > 1:1404823/1‑91 ACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTT < 1:3298619/91‑1 ACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTT > 1:3369449/1‑91 CTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTT > 1:2533181/1‑91 CCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTT < 1:3633232/91‑1 TTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTAATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTA > 1:3585253/1‑91 TAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTAATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTT > 1:1523653/1‑91 TAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTAATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTT > 1:1523695/1‑91 TAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTAATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACG > 1:3023185/1‑91 AAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAG > 1:3158651/1‑91 AAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAG > 1:3158708/1‑91 AAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTT > 1:2572200/1‑91 AAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTAATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTT > 1:1433400/1‑91 AAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTAATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTT > 1:1432318/1‑91 AGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTG > 1:3725520/1‑91 AGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTG > 1:3725841/1‑91 GGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGT > 1:1823286/1‑91 GGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGT > 1:1821551/1‑91 GTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTT > 1:968849/1‑91 AAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGT > 1:443336/1‑91 CTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTCGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTC > 1:2308732/1‑91 TCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATCTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCA > 1:3292485/1‑91 CAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAGTTTAATTTTAATGATTATCTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCAC > 1:3403989/1‑91 CAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCAC > 1:532975/1‑91 CAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTAATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTACAGTTTGTTTGTTTTCAC > 1:455157/1‑91 CAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTAATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGCTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCAC > 1:3326278/1‑91 CAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTAATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGCTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCAC > 1:3326244/1‑91 CAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTAATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGATTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCAC > 1:3324851/1‑91 TTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATT < 1:1201055/91‑1 TTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATT > 1:1854108/1‑91 TTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTT > 1:3779725/1‑91 TTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTT < 1:1849682/91‑1 TTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTT < 1:573656/91‑1 TCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTC < 1:2315767/91‑1 TCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTC < 1:2316991/91‑1 TCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTC < 1:431871/91‑1 TCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTCTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTC < 1:3300978/91‑1 TCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTCTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTC < 1:3300948/91‑1 CACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCT > 1:2843799/1‑91 CACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCT > 1:2843717/1‑91 CACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCT > 1:2843786/1‑91 ACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCTT < 1:114708/91‑1 ACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCTT > 1:2240447/1‑91 ACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCTT > 1:2242822/1‑91 ACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCTT > 1:2473710/1‑91 ACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCTT > 1:2450791/1‑91 CCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCTTC > 1:458144/1‑91 CCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCTTC < 1:1553959/91‑1 TTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCTTCAT < 1:439257/91‑1 TTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCTTCAT > 1:1635700/1‑91 TTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTAACGTGAACAGAATTTCTTCAT > 1:3524746/1‑91 TTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCTTCATTT < 1:2878080/91‑1 AAACAAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1662101‑1662000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttcacctttttTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCTTCATTT > USA300TCH1516_ALE/1662039‑1662126 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |