New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1662000 = | 117 (1.190) | 24 (0.290) | 10/136 | NT | 21.7% | intergenic (‑87/+68) | USA300HOU_RS08275/rpmG2_2 | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase/50S ribosomal protein L33 2 |
? | USA300TCH1516_ALE | 1662039 = | 74 (0.890) | intergenic (‑126/+29) | USA300HOU_RS08275/rpmG2_2 | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase/50S ribosomal protein L33 2 |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
TCATTATGTTGTCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAG > USA300TCH1516_ALE/1661910‑1662090 | tCATTATGTTGTCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTa > 1:221124/1‑91 (MQ=255) tCATTATGTTGTCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTa > 1:3240477/1‑91 (MQ=255) tCATTATGTTGTCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTa > 1:2925629/1‑91 (MQ=255) cATTATGTTGTCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTaa > 1:209568/1‑91 (MQ=255) cATTATGTTGTCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTaa > 1:2059722/1‑91 (MQ=255) cATTATGTTGTCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTaa < 1:119711/91‑1 (MQ=255) aaatgaagaaattctgttcacgtgaaaacaaacaaactttacaccgtgaaacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaataaaa < 1:2878080‑M1/3‑1 (MQ=255) aTTATGTTGTCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTaaa < 1:2399826/91‑1 (MQ=255) ttATGTTGTCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTaaaa < 1:2319595/91‑1 (MQ=255) ttATGTTGTCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTaaaa < 1:3113400/91‑1 (MQ=255) atgaagaaattctgttcacgttaaaacaaacaaactttacaccgtgaaacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaataaaaaa > 1:3524746‑M1/87‑91 (MQ=255) atgaagaaattctgttcacgtgaaaacaaacaaactttacaccgtgaaacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaataaaaaa < 1:439257‑M1/5‑1 (MQ=255) tgttgtCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAgg < 1:1607553/91‑1 (MQ=255) gaagaaattctgttcacgtgaaaacaaacaaactttacaccgtgaaacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaataAAAAAgg < 1:1553959‑M1/7‑1 (MQ=255) gttgtCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGt > 1:2154402/1‑91 (MQ=255) aagaaattctgttcacgtgaaaacaaacaaactttacaccgtgaaacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaataAAAAAGGt > 1:2240447‑M1/84‑91 (MQ=255) aagaaattctgttcacgtgaaaacaaacaaactttacaccgtgaaacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaataAAAAAGGt > 1:2473710‑M1/84‑91 (MQ=255) aagaaattctgttcacgtgaaaacaaacaaactttacaccgtgaaacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaataAAAAAGGt < 1:114708‑M1/8‑1 (MQ=255) ttgtCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTg > 1:2792367/1‑91 (MQ=255) agaaattctgttcacgtgaaaacaaacaaactttacaccgtgaaacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaataAAAAAGGTg > 1:2843799‑M1/83‑91 (MQ=255) agaaattctgttcacgtgaaaacaaacaaactttacaccgtgaaacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaataAAAAAGGTg > 1:2843717‑M1/83‑91 (MQ=255) tgtCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGa > 1:54576/1‑91 (MQ=255) gaaattctgttcacgtgaaaacaaacaaactttacaccgtgaaacagaataatcattaaaattaaatttaaattaacaataAAAAAGGTGa < 1:3300978‑M1/10‑1 (MQ=255) gaaattctgttcacgtgaaaacaaacaaactttacaccgtgaaacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaataAAAAAGGTGa < 1:2316991‑M1/10‑1 (MQ=255) aaattctgttcacgtgaaaacaaacaaactttacaccgtgaaacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaataAAAAAGGTGaa > 1:3779725‑M1/81‑91 (MQ=255) aaattctgttcacgtgaaaacaaacaaactttacaccgtgaaacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaataAAAAAGGTGaa < 1:1849682‑M1/11‑1 (MQ=255) aattctgttcacgtgaaaacaaacaaactttacaccgtgaaacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaataAAAAAGGTGaaa > 1:1854108‑M1/80‑91 (MQ=255) cATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAAc > 1:3453356/1‑91 (MQ=255) atgatgAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAAcc < 1:1149905/91‑1 (MQ=255) tgatgaATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACct < 1:2338883/91‑1 (MQ=255) tgatgaATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACct < 1:1109225/91‑1 (MQ=255) tgatgaATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACct < 1:116800/91‑1 (MQ=255) gatgaATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACctc < 1:3392295/91‑1 (MQ=255) tgaATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCtt < 1:1013568/91‑1 (MQ=255) aaTTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTAt > 1:1787908/1‑91 (MQ=255) aTTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTAtt < 1:2204212/91‑1 (MQ=255) aTTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTAtt > 1:1743209/1‑91 (MQ=255) tATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTGTCATTTCATACGTGTGCATAATCAAAAAGGTGAAACCTCTTAtttt < 1:3286124/91‑1 (MQ=255) tATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTAtttt < 1:2047140/91‑1 (MQ=255) gtgaaaacaaacaaactttacaccgtgaatcaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaattAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTg > 1:3324851‑M1/68‑91 (MQ=255) gtgaaaacaaacaaactttacaccgtgaagcaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaattAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTg > 1:3326278‑M1/68‑91 (MQ=255) gtgaaaacaaacaaactttacaccgtgaaacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaataAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTg > 1:532975‑M1/68‑91 (MQ=255) gtgaaaacaaacaaactgtacaccgtgaaacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaattAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTg > 1:455157‑M1/68‑91 (MQ=255) aTGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTg > 1:2803895/1‑91 (MQ=255) tgaaaacaaacaaactttacaccgtgaaacaaaataatcattaagattaaatttaaattaacaataAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTga > 1:3292485‑M1/67‑91 (MQ=255) tGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTga > 1:2097560/1‑91 (MQ=255) tGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTga > 1:3932472/1‑91 (MQ=255) gCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTgag > 1:2269215/1‑91 (MQ=255) gCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTgag > 1:2629932/1‑91 (MQ=255) gCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTgag > 1:4042762/1‑91 (MQ=255) cGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTgaga > 1:1347477/1‑91 (MQ=255) gACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGAt > 1:1534857/1‑91 (MQ=255) gACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGAt > 1:1045643/1‑91 (MQ=255) aCAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGAtt > 1:591665/1‑91 (MQ=255) aaTTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTc > 1:986009/1‑91 (MQ=255) aacaaactttacaccgtgaaacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaataAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCAc > 1:968849‑M1/59‑91 (MQ=255) acaaactttacaccgtgaaacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaataAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCAcc > 1:1821551‑M1/58‑91 (MQ=255) caaactttacaccgtgaaacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaataAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCt > 1:3725841‑M1/57‑91 (MQ=255) tAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCtt > 1:3054795/1‑91 (MQ=255) tAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCtt < 1:2759632/91‑1 (MQ=255) tAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCtt > 1:250176/1‑91 (MQ=255) aaactttacaccgtgaaacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaattAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCtt > 1:1433400‑M1/56‑91 (MQ=255) ctttacaccgtgaaacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaataAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCttttt > 1:3158651‑M1/53‑91 (MQ=255) aTTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATATAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCttttta < 1:1979198/91‑2 (MQ=17) tttATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTa < 1:1229002/91‑1 (MQ=255) attattTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTg > 1:3302050/1‑91 (MQ=255) ttattTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTAAttat < 1:3421342/91‑3 (MQ=17) ttattTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGt > 1:4088873/1‑91 (MQ=255) tattTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGtt < 1:2800877/91‑1 (MQ=255) attTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTa > 1:136409/1‑91 (MQ=255) attTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTa > 1:1926989/1‑91 (MQ=255) cAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaattt > 1:11990/1‑91 (MQ=255) aacaaaataatcattaaaattaaatttaaattaacaattAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaattta > 1:1523695‑M1/40‑91 (MQ=255) tGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaat < 1:1009335/91‑1 (MQ=255) gAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaatt < 1:3718053/91‑1 (MQ=255) aaaTCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCAACTTTTTTATTGTTaatttaaattta > 1:3870928/1‑91 (MQ=255) taatcattaaaattaaatttaaattaacaattAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAatttaaatttaa > 1:3585253‑M1/33‑91 (MQ=255) aaTCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAatttaaatttaa < 1:2386687/91‑1 (MQ=255) tCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAaatttaatt > 1:3037604/1‑91 (MQ=255) cTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAaatttaattt > 1:4009962/1‑91 (MQ=255) ttttATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTCTTATTGTTAATTTAaatttaattta > 1:3863636/1‑90 (MQ=255) ttATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaa < 1:4117546/91‑1 (MQ=255) tATCATTTCATACGTGTGCATAGTTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaatttcaat > 1:3342931/1‑91 (MQ=255) tATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAGCCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTCTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaat > 1:2309288/1‑91 (MQ=255) tATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaat > 1:2311280/1‑91 (MQ=255) aTTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGatt < 1:3102328/91‑1 (MQ=255) tCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGattatt < 1:3115532/91‑1 (MQ=255) aTACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATATCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTAtttt < 1:3303880/91‑1 (MQ=255) tACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTg < 1:10920/91‑1 (MQ=255) cGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGtt > 1:887232/1‑91 (MQ=255) cGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGtt > 1:2602674/1‑91 (MQ=255) gtgtGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGttt > 1:491637/1‑91 (MQ=255) tgtgCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTc > 1:1508894/1‑91 (MQ=255) tgtgCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTc > 1:624092/1‑91 (MQ=255) tgtgCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTc > 1:688072/1‑91 (MQ=255) gtgCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCa < 1:4130831/91‑1 (MQ=255) aacaataAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACgg < 1:3633232‑M1/84‑1 (MQ=255) aTTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTa < 1:95448/91‑1 (MQ=255) tAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTaaa > 1:1660646/1‑91 (MQ=255) AAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAg > 1:2533181‑M1/1‑91 (MQ=255) | TCATTATGTTGTCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAG > USA300TCH1516_ALE/1661910‑1662090 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |