| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1980876 | 66 (0.670) | 9 (0.100) | 4/140 | NT | 13.0% | intergenic (‑118/+61) | USA300HOU_RS09865/USA300HOU_RS09870 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1980902 | 63 (0.730) | intergenic (‑144/+35) | USA300HOU_RS09865/USA300HOU_RS09870 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
ACAACATAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1980777‑1980876‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaagcgatgTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAATGAATTAAA < USA300TCH1516_ALE/1980902‑1980813 ACAACATAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAA > 1:3174982/1‑91ACAACATAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAA > 1:359590/1‑91ACAACATAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAA < 1:493726/91‑1 CAACATAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAA < 1:1653520/91‑1 AACATAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAA > 1:671710/1‑91 AACATAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAA > 1:1807270/1‑91 AACATAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAA > 1:1807269/1‑91 ACATAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAA > 1:1527696/1‑91 TAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCG < 1:3132626/91‑1 TAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCG < 1:655862/91‑1 AGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGA > 1:541723/1‑91 AGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGA > 1:3614452/1‑91 GTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGAT > 1:3877023/1‑91 GTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGAT > 1:2119024/1‑91 GTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGAT > 1:1231513/1‑91 GTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGAT < 1:3460055/91‑1 TTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATG > 1:3881821/1‑91 TTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATG > 1:3881532/1‑91 TTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAG < 1:2727693/91‑1 TTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCA < 1:963622/91‑1 TTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCA < 1:1713727/91‑1 TTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCA < 1:2015448/91‑1 AATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATC < 1:3874934/91‑1 AATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATC < 1:1296/91‑1 AATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATC < 1:60719/91‑1 TTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGC < 1:1014822/91‑1 TTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGC < 1:1014414/91‑1 AAAAGCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAA > 1:1617752/1‑91 AAAAGCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAA > 1:1422193/1‑91 AAAAGCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAA > 1:1611644/1‑91 AAAAGCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAA > 1:4125644/1‑91 AAAAGCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAA > 1:1895337/1‑91 AAAAGCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAA > 1:1895385/1‑91 AAAAGCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAA < 1:2564576/91‑1 AAAAGCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGAGAAATGATTAA > 1:3256423/1‑91 AAAAACGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGACTAA > 1:3269781/1‑91 AAGCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAATG < 1:268938/91‑1 AGCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAATGA < 1:3822460/91‑1 AGCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAATGA > 1:2790002/1‑91 GCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAATGAA > 1:646666/1‑91 GCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAATGAA > 1:1017156/1‑91 GCGATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAATGAA > 1:854276/1‑91 GATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAATGAATT < 1:2869490/91‑1 GATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAATGAATT > 1:1544543/1‑91 ATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAATGAATTA > 1:58401/1‑91 ATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAATGAATTA > 1:129003/1‑91 ATGTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAATGAATTA > 1:2225172/1‑91 GTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAATGAATTAAA > 1:1853100/1‑91 GTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAATGAATTAAA < 1:561757/91‑1 GTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAATGAATTAAA > 1:277610/1‑91 ACAACATAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1980777‑1980876‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaagcgatgTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAATGAATTAAA < USA300TCH1516_ALE/1980902‑1980813 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |