| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1980876 | 66 (0.670) | 9 (0.100) | 4/140 | NT | 13.0% | intergenic (‑118/+61) | USA300HOU_RS09865/USA300HOU_RS09870 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1980902 | 63 (0.730) | intergenic (‑144/+35) | USA300HOU_RS09865/USA300HOU_RS09870 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
TTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGATATGTACTAATTCTTCTTTAGCATT > USA300TCH1516_ALE/1980786‑1980966 | ttATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATG > 1:3881821‑M1/1‑91 (MQ=255) tATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGc < 1:3888846/91‑1 (MQ=255) aTTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGcc < 1:1342666/91‑1 (MQ=255) tCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTc < 1:762643/91‑1 (MQ=255) cATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCa > 1:472406/1‑91 (MQ=255) ttATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCAcc > 1:3226554/1‑91 (MQ=255) tataCCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACct < 1:2488919/91‑1 (MQ=255) ataCCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACctc < 1:932199/91‑1 (MQ=255) ataCCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACctc < 1:1492973/91‑1 (MQ=255) taCCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACctct > 1:630146/1‑91 (MQ=255) aCCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCtctc < 1:3818720/91‑1 (MQ=255) aCCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGACGCCTCACCtctc < 1:3188286/91‑1 (MQ=255) aCTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGaa > 1:4008277/1‑91 (MQ=255) aCTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGaa > 1:1915812/1‑91 (MQ=255) aCTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGaa > 1:2709187/1‑91 (MQ=255) aCTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGaa > 1:2709558/1‑91 (MQ=255) cTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGaaa > 1:3823517/1‑91 (MQ=255) tttttatttttTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAg < 1:868040/91‑1 (MQ=255) tttatttttTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGgt < 1:223602/91‑1 (MQ=255) tatttttTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGgtgt > 1:1754851/1‑91 (MQ=255) atttttTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGgtgtg > 1:1947072/1‑91 (MQ=255) tttAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAc < 1:561757‑M2/91‑2 (MQ=255) aatgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataatAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAc > 1:691309‑M1/55‑91 (MQ=255) ttAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggca < 1:1713727‑M1/91‑29 (MQ=255) ttAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggca < 1:963622‑M1/91‑29 (MQ=255) ttAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggca < 1:2015448‑M1/91‑29 (MQ=255) tgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataatAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACAt > 1:82521‑M1/53‑91 (MQ=255) tAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcat > 1:58401‑M2/1‑88 (MQ=255) tAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcat > 1:129003‑M2/1‑88 (MQ=255) tAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcat > 1:2225172‑M2/1‑88 (MQ=255) gctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataatAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATc > 1:893721‑M1/52‑91 (MQ=255) aaTTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatc < 1:2869490‑M2/91‑5 (MQ=255) ttCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatcgc < 1:1014414‑M1/91‑33 (MQ=255) ttCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgc > 1:854276‑M2/1‑85 (MQ=255) ttCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgc > 1:646666‑M2/1‑85 (MQ=255) tCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgct < 1:3822460‑M2/91‑8 (MQ=255) agaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataatAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCttt > 1:1738973‑M1/47‑91 (MQ=255) ttAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgctttt > 1:1895337‑M2/1‑81 (MQ=255) ttAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgctttt > 1:1895385‑M2/1‑81 (MQ=255) ttAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgctttt > 1:1611644‑M2/1‑81 (MQ=255) ttAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgctttt > 1:1617752‑M2/1‑81 (MQ=255) ttAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgctttt > 1:4125644‑M2/1‑81 (MQ=255) ttAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgctttt < 1:2564576‑M2/91‑11 (MQ=255) cATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTtttattat < 1:1099309/91‑1 (MQ=255) ttCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTtttattattta > 1:3189702/1‑91 (MQ=255) cACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTtttattatttatt > 1:211097/1‑91 (MQ=255) cACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTtttattatttatt > 1:210988/1‑91 (MQ=255) cTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTaa > 1:2117691/1‑91 (MQ=255) tttCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTaaa < 1:1681211/91‑1 (MQ=255) tttCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTaaa < 1:1681087/91‑1 (MQ=255) tttCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTaaa < 1:290991/91‑1 (MQ=255) tCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAg < 1:1567557/91‑1 (MQ=255) tCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAg < 1:2782497/91‑1 (MQ=255) tCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAg < 1:2798102/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |