| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1990358 | 50 (0.510) | 8 (0.100) | 7/124 | NT | 16.0% | intergenic (‑107/+44) | queG/tcyC_1 | Epoxyqueuosine reductase/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1990373 | 45 (0.590) | intergenic (‑122/+29) | queG/tcyC_1 | Epoxyqueuosine reductase/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC | |||||
ATCGTATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1990251‑1990358‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagcttgaatatatgataCGCACCACAAAGTTATATCATATATTCAAGCTTTTTATTATTAAAATTATGTGAAATGAAACCTCAATATGAATAATGGTTGTGTTAAAA < USA300TCH1516_ALE/1990373‑1990284 ATCGTATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAA > 1:3903994/1‑91ATCGTATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAA > 1:2592537/1‑91 TCGTATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAA > 1:4107252/1‑91 GTATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGC > 1:4005117/1‑91 GTATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGC > 1:2424112/1‑91 TATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCT < 1:560798/91‑1 ATGCCCCGCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTT < 1:2072938/91‑1 ATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTT > 1:481900/1‑91 TGCCCCCCATGAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCAGTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTG < 1:213463/91‑1 GCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGA < 1:3022257/91‑1 GCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGA < 1:1841716/91‑1 GCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGA > 1:2777523/1‑91 CCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAAT > 1:1344546/1‑91 CATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATAT > 1:923816/1‑91 CATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATAT < 1:320127/91‑1 ATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATG < 1:2003708/91‑1 TAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCCTTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGA > 1:3683711/1‑91 AAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATA < 1:3260810/91‑1 GTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAG < 1:339027/91‑1 TTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATAT < 1:1397071/91‑1 ACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATATCAT < 1:83669/91‑1 ACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATATCAT < 1:1036584/91‑1 CAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACAGAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATATCATATA < 1:3687877/91‑1 CCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATATCATATATTC < 1:3788233/91‑1 TATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATATCATATATTCAAGC < 1:2613122/91‑1 ATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATATCATATATTCAAGCTTTTT < 1:2216296/91‑1 AAGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATATCATATATTCAAGCTTTTTATTATTAAAATTATGTGAAATGAAACCTCAATATGAA > 1:303510/1‑91 AGCTTGAATATATTATACGCACCACAAAGTTATATCATATATTGAAGCTTTTTATTATTAAAATTATGTGAAATGAAACCTCAATATGAAT < 1:4147183/91‑1 AGCTTGAATATATGATACGCACCACAAAGTTATATCATATATTCAAGCTTTTTATTATTAAAAGTATGTGAAATGAAACCTCAATATGAAT < 1:3564103/91‑1 AATATATGATACGCACCACAAAGTTATATCATATATTCAAGCTTTTTATTATTAAAATTATGTGAAATGAAACCTCAATATGAATAATGGT < 1:3461598/91‑1 ATATATGATACGCACCACAAAGTTATATCATATATTCAAGCTTTTTATTATTAAAATTATGTGAAATGAAACCTCAATATGAATAATGGTT > 1:1384583/1‑91 TATATGATACGCACCACAAAGTTATATCATATATTCAAGCTTTTTATTATTAAAATTATGTGAAATGAAACCTCAATATGAATAATGGTTG > 1:3906094/1‑91 TATATGATACGCACCACAAAGTTATATCATATATTCAAGCTTTTTATTATTAAAATTATGTGAAATGAAACCTCAATATGAATAATGGTTG < 1:1412444/91‑1 TATGATACGCACCACAAAGTTATATCATATATTCAAGCTTTTTATTATTAAAATTATGTGAAATGAAACCTCAATATGAATAATGGTTGTG < 1:3508609/91‑1 TATGATACGCACCACAAAGTTATATCATATATTCAAGCTTTTTATTATTAAAATTATGTGAAATGAAACCTCAATATGAATAATGGTTGTG < 1:2636935/91‑1 GATACGCACCACAAAGTTATATCATATATTCAAGCTTTTTATTATTAAAATTATGTGAAATGAAACCTCAATATGAATAATGGTTGTGTTA > 1:1601570/1‑91 ATACGCACCACAAAGTTATATCATATATTCAAGCTTTTTATTATTAAAATTATGTGAAATGAAACCTCAATATGAATAATGGTTGTGTTAA < 1:3006428/91‑1 TACGCACCACAAAGTTATATCATATATTCAAGCTTTTTATTATTAAAATTATGTGAAATGAAACCTCAATATGAATAATGGTTGTGTTAAA < 1:2052078/91‑1 ACGCACCACAAAGTTATATCATATATTCAAGCTTTTTATTATTAAAATTATGTGAAATGAAACCTCAATATGAATAATGGTTGTGTTAAAA > 1:1648161/1‑91 ATCGTATGCCCCCCATAAAATAATACTATGTTATTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1990251‑1990358‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagcttgaatatatgataCGCACCACAAAGTTATATCATATATTCAAGCTTTTTATTATTAAAATTATGTGAAATGAAACCTCAATATGAATAATGGTTGTGTTAAAA < USA300TCH1516_ALE/1990373‑1990284 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |