| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1990358 | 50 (0.510) | 8 (0.100) | 7/124 | NT | 16.0% | intergenic (‑107/+44) | queG/tcyC_1 | Epoxyqueuosine reductase/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1990373 | 45 (0.590) | intergenic (‑122/+29) | queG/tcyC_1 | Epoxyqueuosine reductase/L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC | |||||
TTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTC > USA300TCH1516_ALE/1990284‑1990461 | ttttAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGt > 1:1648161‑M2/1‑90 (MQ=255) tttAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGta < 1:2052078‑M2/91‑3 (MQ=255) ttAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtat < 1:3006428‑M2/91‑4 (MQ=255) tAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatc > 1:1601570‑M2/1‑87 (MQ=255) gcaacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCa > 1:3531226‑M1/54‑91 (MQ=255) caacatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCat > 1:112066‑M1/53‑91 (MQ=255) cacaACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcata < 1:2636935‑M2/91‑8 (MQ=255) cacaACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcata < 1:3508609‑M2/91‑8 (MQ=255) acatgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCatat > 1:1164715‑M1/51‑91 (MQ=255) catgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCatata > 1:2850693‑M1/50‑91 (MQ=255) catgaaagaacacaaaatttcttagcaagagtagtataacaacctaacgAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCatata > 1:3396662‑M1/50‑91 (MQ=255) caACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcatata > 1:3906094‑M2/1‑82 (MQ=255) caACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcatata < 1:1412444‑M2/91‑10 (MQ=255) aaCCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcatatat > 1:1384583‑M2/1‑81 (MQ=255) aCCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcatatatt < 1:3461598‑M2/91‑12 (MQ=255) attCATATTGAGGTTTCATTTCACATACTTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcatatattcaagct < 1:3564103‑M2/91‑18 (MQ=255) attCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTCAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtataatatattcaagct < 1:4147183‑M2/91‑18 (MQ=255) ttCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcatatattcaagctt > 1:303510‑M2/1‑73 (MQ=255) cATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCg < 1:4126691/91‑1 (MQ=255) caaaatttcttagcaagagtattataacaacctaacgAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt > 1:679875‑M1/38‑91 (MQ=255) atatTGAGGTTTGATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt > 1:3173633/1‑91 (MQ=255) atatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt > 1:3173496/1‑91 (MQ=255) atatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt < 1:1150478/91‑1 (MQ=255) atatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt < 1:1149965/91‑1 (MQ=255) atatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGt < 1:1149794/91‑1 (MQ=255) tatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGtt > 1:3355048/1‑91 (MQ=255) tatTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGtt > 1:3899988/1‑91 (MQ=255) ttGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTGTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAg < 1:3876179/91‑1 (MQ=255) tGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAgg < 1:3991775/91‑1 (MQ=255) tGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAgg < 1:3451586/91‑1 (MQ=255) tGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAgg < 1:3451618/91‑1 (MQ=255) ggTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGgttg > 1:1458631/1‑91 (MQ=255) gTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGgttgt < 1:475078/91‑1 (MQ=255) tttcatttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGgttgtt > 1:2927059/1‑91 (MQ=255) ttcatttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTta < 1:439634/91‑1 (MQ=255) ttcatttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTta < 1:749227/91‑1 (MQ=255) catttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTtata < 1:678687/91‑1 (MQ=255) atttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTataa < 1:1703813/91‑1 (MQ=255) tttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTataat < 1:2294189/91‑1 (MQ=255) tttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTataat < 1:904517/91‑1 (MQ=255) tttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTataat < 1:747454/91‑1 (MQ=255) tttcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTataat > 1:622112/1‑91 (MQ=255) tcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATAc < 1:3241608/91‑1 (MQ=255) tcaCATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATAc < 1:681603/91‑1 (MQ=255) cacaTAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATAct > 1:3021499/1‑91 (MQ=255) acaTAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATActc > 1:1809110/1‑91 (MQ=255) caTAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATActct > 1:2849566/1‑91 (MQ=255) aTTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCt > 1:2064702/1‑91 (MQ=255) ttttAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTa > 1:1000395/1‑91 (MQ=255) ttttAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTa < 1:1895295/91‑1 (MQ=255) tttAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTaa < 1:1198992/91‑1 (MQ=255) ttAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAg < 1:1137377/91‑1 (MQ=255) ttAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAg < 1:426367/91‑1 (MQ=255) aataataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGaa > 1:2762743/1‑91 (MQ=255) ataataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAATaaa > 1:3217975/1‑91 (MQ=255) ataataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGaaa > 1:480258/1‑91 (MQ=255) ataataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGaaa > 1:98075/1‑91 (MQ=255) taataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAAt > 1:2702135/1‑91 (MQ=255) taataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAAt < 1:3444964/91‑1 (MQ=255) aataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAAtt > 1:1569257/1‑91 (MQ=255) aataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAAtt < 1:3605063/91‑1 (MQ=255) ataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAAttt > 1:1696986/1‑91 (MQ=255) ataaAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAAttt > 1:1697099/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcatatattcaagctttttattattaaaattatgtgaaatgaaacctcaatat < 1:2216296‑M2/91‑56 (MQ=255) aaaaaGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTtg > 1:1059985/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTtg < 1:143057/91‑1 (MQ=255) AAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTgtgt > 1:2280913‑M1/1‑91 (MQ=255) gCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcatatattcaagctttttattattaaaattatgtgaaatgaaacctcaatatgaata < 1:2613122‑M2/91‑61 (MQ=255) CTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCt < 1:2261314‑M1/91‑1 (MQ=255) CTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCt < 1:1338551‑M1/91‑1 (MQ=255) CTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCt < 1:2857482‑M1/91‑1 (MQ=255) CTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCt > 1:2103064‑M1/1‑91 (MQ=255) TGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCttt < 1:2930868‑M1/91‑1 (MQ=255) TGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCttt < 1:1534732‑M1/91‑1 (MQ=255) gAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGtatcatatattcaagctttttattattaaaattatgtgaaatgaaacctcaatatgaataatgg < 1:3788233‑M2/91‑65 (MQ=255) GAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTc < 1:2337416‑M1/91‑1 (MQ=255) GAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTc > 1:117606‑M1/1‑91 (MQ=255) ATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCAt > 1:132261‑M1/1‑91 (MQ=255) 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ATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCgg < 1:3373533‑M1/91‑1 (MQ=255) TATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGt < 1:1518896‑M1/91‑1 (MQ=255) aCTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGgttgtt < 1:2192783/91‑1 (MQ=255) aCTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGgttgtt < 1:2193276/91‑1 (MQ=255) aCTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGgttgtt > 1:3095699/1‑91 (MQ=255) aCTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGgttgtt < 1:3111275/91‑1 (MQ=255) cTTTGTGGTGCGtatcatatattcaagctttttattattaaaattatgtgaaatgaaacctcaatatgaataatggttgtgttaaaataac < 1:339027‑M2/91‑80 (MQ=255) tttGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCa < 1:1400953/91‑1 (MQ=255) ttGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCaa < 1:3967361/91‑1 (MQ=255) tggtgCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAata < 1:3837312/91‑1 (MQ=255) gtgCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATAtt < 1:1608975/91‑1 (MQ=255) gtgCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATAtt > 1:2085794/1‑91 (MQ=255) gCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTc > 1:4085112/1‑91 (MQ=255) gCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTc > 1:296746/1‑91 (MQ=255) | TTTTAACACAACCATTATTCATATTGAGGTTTCATTTCACATAATTTTAATAATAAAAAGCTTGAATATATGATATAACTTTGTGGTGCGTATCATATATTCAAGCTTCGTTAGGTTGTTATAATACTCTTGCTAAGAAATTTTGTGTTCTTTCATGTTGCGGTTGTTCAAATATTTC > USA300TCH1516_ALE/1990284‑1990461 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |