| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1994825 = | NA (NA) | 5 (0.050) | 5/150 | NT | 100% | coding (440/1362 nt) | USA300HOU_RS11675 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1994850 = | 0 (0.000) | coding (465/1362 nt) | USA300HOU_RS11675 | hypothetical protein | |||||
ATCCAGTTACATTTTTAACGCTTTTAAATTCATCCATAGCGATGTGTTCTGGCAAACAATTAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGcttta‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1994914‑1994825‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTTTAATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGTTAAAAATGTAACTGGATCAATGAGTTTCATTTTTATAGATAATGATA > USA300TCH1516_ALE/1994850‑1994944 ATCCAGTTACATTTTTAACGCTTTTAAATTCATCCATAGCGATGTGTTCTGGCAAACAATTAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGC < 1:3127687/91‑1ATCCAGTTACATTTTTAACGCTTTTAAATTCATCCATAGCGATGTGTTCTGGCAAACAATTAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGC < 1:537058/91‑1ATCCAGTTACATTTTTAACGCTTTTAAATTCATCCATAGCGATGTGTTCTGGCAAACAATTAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGC < 1:2004373/91‑1ATCCAGTTACATTTTTAACGCTTTTAAATTCATCCATAGCGATGTGTTCTGGCAAACAATTAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGC < 1:2367033/91‑1ATCCAGTTACATTTTTAACGCTTTTAAATTCATCCATAGCGATGTGTTCTGGCAAACAATTAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGC > 1:264107/1‑91 TCCAGTTACATTTTTAACGCTTTTAAATTCATCCATAGCGATGTGTTCTGGCAAACAATTAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGCT < 1:1705529/91‑1 gatcTTACATTTTTAACGCTTTTAAATTCATCCATAGCGATGTGTTCTGGCAAACAATTAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGCTT < 1:1885842/87‑1 CCAGTTACATTTTTAACGCTTTTAAATTCATCCATAGCGATGTGTTCTGGCAAACAATTAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGCTT < 1:2942091/91‑1 CCAGTTACATTTTTAACGCTTTTAAATTCATCCATAGCGATGTGTTCTGGCAAACAATTAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGCTT < 1:279616/91‑1 CCAGTTACATTTTTAACGCTTTTAAATTCATCCATAGCGATGTGTTCTGGCAAACAATTAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGCTT > 1:2540519/1‑91 CCAGTTACATTTTTAACGCTTTTAAATTCATCCATAGCGATGTGTTCTGGCAAACAATTAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGCTT < 1:3308902/91‑1 CCAGTTACATTTTTAACGCTTTTAAATTCATCCATAGCGATGTGTTCTGGCAAACAATTAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGCTT < 1:2654364/91‑1 CAGTTACATTTTTAACGCTTTTAAATTCATCCATAGCGATGTGTTCTGGCAAACAATTAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGCTTT > 1:1888975/1‑91 AGTTACATTTTTAACGCTTTTAAATTCATCCATAGCGATGTGTTCTGGCAAACAATTAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGCTTTA < 1:2463214/91‑1 AGTTACATTTTTAACGCTTTTAAATTCATCCATAGCGATGTGTTCTGGCAAACAATTAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGCTTTA > 1:3223889/1‑91 AGTTACATTTTTAACGCTTTTAAATTCATCCATAGCGATGTGTTCTGGCAAACAATTAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGCTTTA < 1:574015/91‑1 CATTTTTAACGCTTTTAAATTCATCCATAGCGATGTGTTCTGGCAAACAATTAAAGGGTTTAATTCATTACGAATTAAACCCTTTAATTGT < 1:3560588/91‑1 CTGGCAAACAATTAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGCTTTAATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGTT > 1:803608/1‑91 ATTAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGCTTTAATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGTTAAAAATGTAA > 1:4062674/1‑91 TAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGCTTTAATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGTTAAAAATGTAACT > 1:1631444/1‑91 TAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGCTTTAATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGTTAAAAATGTAACT > 1:1626424/1‑91 AAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGCTTTAATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGTTAAAAATGTAACTG > 1:3123202/1‑91 TTTAATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGTTAAAAATGTAACTGGATCAATGAGTTTCATTTTTATAGATAATG > 1:2599884/1‑91 TTTAATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGTTAAAAATGTAACTGCATCAATGAGTTTCATTTTTATAGATAATG > 1:3333712/1‑91 TTAATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGTTAAAAATGTAACTGGATCAATGAGTTTCATTTTTATAGATAATGA > 1:3429147/1‑91 TTAATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGTTAAAAATGTAACTGGATCAATGAGTTTCATTTTTATAGATAATGA < 1:173373/91‑1 TTAATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGTTAAAAATGTAACTGGATCAATGAGTTTCATTTTTATAGATAATGA > 1:395620/1‑91 TAATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGTTAAAAATGTAACTGGATCAATGAGTTTCATTTTTATAGATAATGAT < 1:1704921/91‑1 AATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGTTAAAAATGTAACTGGATCAATGAGTTTCATTTTTATAGATAATGATA < 1:2686937/91‑1 AATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGTTAAAAATGTAACTGGATCAATGAGTTTCATTTTTATAGATAATGATA < 1:427389/91‑1 ATCCAGTTACATTTTTAACGCTTTTAAATTCATCCATAGCGATGTGTTCTGGCAAACAATTAAAGGGTTTAATTCGTAATGAATTAGCCGcttta‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1994914‑1994825‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTTTAATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGTTAAAAATGTAACTGGATCAATGAGTTTCATTTTTATAGATAATGATA > USA300TCH1516_ALE/1994850‑1994944 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |