New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	1994825 =	NA (NA)	5 (0.050)	5/150	NT	100%	coding (440/1362 nt)	USA300HOU_RS11675	hypothetical protein
	?	USA300TCH1516_ALE	1994850 =	0 (0.000)					coding (465/1362 nt)	USA300HOU_RS11675	hypothetical protein

AGAGATTGATACTGCAGAAGATAACTGTATCTCTCCATCTACTGTAAGTCGTATTAGAACTAAAGCGGCTAATTCATTACGAATTAAACCCTTTAATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGTTAAAAATGTAACTG  >  USA300TCH1516_ALE/1994760‑1994911                                                                                           |                                                              atccagttacatttttaacgcttttaaattcatccatagcgatgtgttctggcaaacaattaaagggtttaattcgtaatgaattagccgc                                                               <  1:2004373‑M2/1‑1 (MQ=255) atccagttacatttttaacgcttttaaattcatccatagcgatgtgttctggcaaacaattaaagggtttaattcgtaatgaattagccgc                                                               <  1:2367033‑M2/1‑1 (MQ=255) atccagttacatttttaacgcttttaaattcatccatagcgatgtgttctggcaaacaattaaagggtttaattcgtaatgaattagccgc                                                               >  1:264107‑M2/91‑91 (MQ=255) atccagttacatttttaacgcttttaaattcatccatagcgatgtgttctggcaaacaattaaagggtttaattcgtaatgaattagccgc                                                               <  1:537058‑M2/1‑1 (MQ=255) atccagttacatttttaacgcttttaaattcatccatagcgatgtgttctggcaaacaattaaagggtttaattcgtaatgaattagccgc                                                               <  1:3127687‑M2/1‑1 (MQ=255)  tccagttacatttttaacgcttttaaattcatccatagcgatgtgttctggcaaacaattaaagggtttaattcgtaatgaattagccgCt                                                              <  1:1705529‑M2/2‑1 (MQ=255)   gatcttacatttttaacgcttttaaattcatccatagcgatgtgttctggcaaacaattaaagggtttaattcgtaatgaattagccgCtt                                                             <  1:1885842‑M2/3‑1 (MQ=255)   ccagttacatttttaacgcttttaaattcatccatagcgatgtgttctggcaaacaattaaagggtttaattcgtaatgaattagccgCtt                                                             <  1:3308902‑M2/3‑1 (MQ=255)   ccagttacatttttaacgcttttaaattcatccatagcgatgtgttctggcaaacaattaaagggtttaattcgtaatgaattagccgCtt                                                             >  1:2540519‑M2/89‑91 (MQ=255)   ccagttacatttttaacgcttttaaattcatccatagcgatgtgttctggcaaacaattaaagggtttaattcgtaatgaattagccgCtt                                                             <  1:2654364‑M2/3‑1 (MQ=255)   ccagttacatttttaacgcttttaaattcatccatagcgatgtgttctggcaaacaattaaagggtttaattcgtaatgaattagccgCtt                                                             <  1:279616‑M2/3‑1 (MQ=255)   ccagttacatttttaacgcttttaaattcatccatagcgatgtgttctggcaaacaattaaagggtttaattcgtaatgaattagccgCtt                                                             <  1:2942091‑M2/3‑1 (MQ=255)    cagttacatttttaacgcttttaaattcatccatagcgatgtgttctggcaaacaattaaagggtttaattcgtaatgaattagccgCttt                                                            >  1:1888975‑M2/88‑91 (MQ=255)     agttacatttttaacgcttttaaattcatccatagcgatgtgttctggcaaacaattaaagggtttaattcgtaatgaattagccgCTTTa                                                           <  1:574015‑M2/5‑1 (MQ=255)     agttacatttttaacgcttttaaattcatccatagcgatgtgttctggcaaacaattaaagggtttaattcgtaatgaattagccgCTTTa                                                           >  1:3223889‑M2/87‑91 (MQ=255)     agttacatttttaacgcttttaaattcatccatagcgatgtgttctggcaaacaattaaagggtttaattcgtaatgaattagccgCTTTa                                                           <  1:2463214‑M2/5‑1 (MQ=255)          catttttaacgcttttaaattcatccatagcgatgtgttctggcaaacaattaaagggtttaattcattacgaattaaaccCTTTAATTGt                                                      <  1:3560588‑M2/10‑1 (MQ=255)                                                 ctggcaaacaattaaagggtttaattcgtaatgaattagccgCTTTAATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGtt               >  1:803608‑M2/43‑91 (MQ=255)                                                           attaaagggtttaattcgtaatgaattagccgCTTTAATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGTTAAAAATGTaa     >  1:4062674‑M2/33‑91 (MQ=255)                                                             taaagggtttaattcgtaatgaattagccgCTTTAATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGTTAAAAATGTAACt   >  1:1631444‑M2/31‑91 (MQ=255)                                                             taaagggtttaattcgtaatgaattagccgCTTTAATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGTTAAAAATGTAACt   >  1:1626424‑M2/31‑91 (MQ=255)                                                              aaagggtttaattcgtaatgaattagccgCTTTAATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGTTAAAAATGTAACTg  >  1:3123202‑M2/30‑91 (MQ=255)                                                                                           |                                                              AGAGATTGATACTGCAGAAGATAACTGTATCTCTCCATCTACTGTAAGTCGTATTAGAACTAAAGCGGCTAATTCATTACGAATTAAACCCTTTAATTGTTTGCCAGAACACATCGCTATGGATGAATTTAAAAGCGTTAAAAATGTAACTG  >  USA300TCH1516_ALE/1994760‑1994911

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.