| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2256409 | 67 (0.680) | 7 (0.090) | 5/132 | NT | 10.2% | intergenic (+62/+59) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2256428 | 68 (0.840) | intergenic (+81/+40) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U | |||||
TTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2256306‑2256409‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaagccaacacatAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACTCTGC < USA300TCH1516_ALE/2256428‑2256339 TTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAA < 1:747405/91‑1TTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAA > 1:2532975/1‑91 TTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAA > 1:1096455/1‑91 TACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAA > 1:1834056/1‑91 TACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAA < 1:3826815/91‑1 TACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAA < 1:3826323/91‑1 ACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGC < 1:921868/91‑1 AATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAA > 1:1812388/1‑91 ATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAAC < 1:530329/91‑1 ATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACA > 1:3879978/1‑91 ATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTGAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACA > 1:3530953/1‑91 TGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT < 1:3567181/91‑1 TGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT < 1:3884507/91‑1 TGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT < 1:2421925/91‑1 TGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT < 1:2830390/91‑1 CGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGA < 1:807510/91‑1 CGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGA < 1:806845/91‑1 GCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAA < 1:2752586/91‑1 CAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAAT < 1:1104523/91‑1 AACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCGAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTG < 1:3599692/91‑1 ACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGG < 1:2862538/91‑1 ACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGG < 1:2862406/91‑1 AAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAAT > 1:4042987/1‑91 AAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATA > 1:4060379/1‑91 GCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAG < 1:2721219/91‑1 GCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAG < 1:3796503/91‑1 GCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAG < 1:1813781/91‑1 GCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAG > 1:782620/1‑91 CAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTT > 1:4062737/1‑91 AACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTA > 1:1545452/1‑91 ACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTAC > 1:889984/1‑91 ACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACTC < 1:311020/91‑1 CATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACTCT < 1:2013892/91‑1 CATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACTCT > 1:2868646/1‑91 CATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACTCT > 1:2868470/1‑91 TAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACTCTGC < 1:3634579/91‑1 TTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2256306‑2256409‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaagccaacacatAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTTGAGTTTAATCGCATTGTTAAAGAGCAATTAAAGTCAATTTAAATAAGTTACTCTGC < USA300TCH1516_ALE/2256428‑2256339 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |