| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2256409 | 67 (0.680) | 7 (0.090) | 5/132 | NT | 10.2% | intergenic (+62/+59) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2256428 | 68 (0.840) | intergenic (+81/+40) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U | |||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
TGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTAT > USA300TCH1516_ALE/2256319‑2256499 | tgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT < 1:2830390‑M1/91‑1 (MQ=255)tgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT < 1:2421925‑M1/91‑1 (MQ=255)tgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT < 1:3884507‑M1/91‑1 (MQ=255) ggAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAtt > 1:1221185/1‑91 (MQ=255) ggAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAtt > 1:606391/1‑91 (MQ=255) aaaTCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCt > 1:2972257/1‑91 (MQ=255) aaaTCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCt > 1:636169/1‑91 (MQ=255) aaaTCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCt > 1:2973072/1‑91 (MQ=255) aaaTCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCt > 1:1231185/1‑91 (MQ=255) aTCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTgg > 1:4038044/1‑91 (MQ=255) aTCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTgg > 1:4037922/1‑91 (MQ=255) tttAGAAATTGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTa < 1:3984195/91‑1 (MQ=255) tttAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTa < 1:3984394/91‑1 (MQ=255) tttAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTa < 1:2245065/91‑1 (MQ=255) ttAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTAt > 1:13828/1‑91 (MQ=255) aGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATcc > 1:1745146/1‑91 (MQ=255) gAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATccc < 1:2127827/91‑1 (MQ=255) aaaTCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATcccc < 1:222328/91‑1 (MQ=255) aaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCa > 1:426047‑M1/62‑91 (MQ=255) aaTCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAACCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCa > 1:3850665/1‑91 (MQ=255) tCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAtt < 1:158451/91‑1 (MQ=255) tCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAtt < 1:158704/91‑1 (MQ=255) tCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAtt < 1:1455959/91‑1 (MQ=255) tCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATACGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAtt < 1:1968503/91‑1 (MQ=255) acataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAtt > 1:3613063‑M1/60‑91 (MQ=255) acataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAtt > 1:1274084‑M1/60‑91 (MQ=255) cataattggatgtttaaatcttacttaagctagtctacatataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAttt > 1:3526281‑M1/59‑91 (MQ=255) cataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAttt > 1:421686‑M1/59‑91 (MQ=255) cataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAttt > 1:2527306‑M1/59‑91 (MQ=255) cGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccaga < 1:806845‑M1/91‑20 (MQ=255) cGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccaga < 1:807510‑M1/91‑20 (MQ=255) cGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAttt < 1:3315255/91‑1 (MQ=255) cGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAttt > 1:3939179/1‑91 (MQ=255) cGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAttt < 1:3534405/91‑1 (MQ=255) gCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTa < 1:3634579‑M2/91‑2 (MQ=255) ataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTa > 1:2766446‑M1/58‑91 (MQ=255) ataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTa > 1:2699818‑M1/58‑91 (MQ=255) taattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAt > 1:1223000‑M1/57‑91 (MQ=255) agagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatg < 1:2013892‑M2/91‑4 (MQ=255) agagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatg > 1:2868646‑M2/1‑88 (MQ=255) tAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgtt > 1:1545452‑M2/1‑84 (MQ=255) gatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTg > 1:419577‑M1/51‑91 (MQ=255) aaCTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCGAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaatgtgttg < 1:3599692‑M1/91‑28 (MQ=255) aaCTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttg > 1:4062737‑M2/1‑83 (MQ=255) aCTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaatgtgttgg < 1:2862538‑M1/91‑29 (MQ=255) cTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggc < 1:2721219‑M2/91‑11 (MQ=255) cTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggc > 1:782620‑M2/1‑81 (MQ=255) cTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggc < 1:3796503‑M2/91‑11 (MQ=255) tATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctt > 1:4060379‑M2/1‑79 (MQ=255) aTTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTtttattta < 1:2310382/91‑1 (MQ=255) ttGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTttatttat > 1:310136/1‑91 (MQ=255) ttGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTttatttat > 1:3709885/1‑91 (MQ=255) ttGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTttatttat > 1:1049284/1‑91 (MQ=255) ttGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTttatttat > 1:209426/1‑91 (MQ=255) 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gCCAACACATaaatggggatacgcccagaatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataag > 1:782620‑M1/1‑10 (MQ=255) ccAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagt < 1:2862406‑M2/91‑64 (MQ=255) CAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATc < 1:3071386‑M1/91‑1 (MQ=255) aaCACATaaatggggatacgcccagaatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagtta > 1:1545452‑M1/1‑7 (MQ=255) acacATaaatggggatacgcccagaatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttac > 1:889984‑M1/1‑6 (MQ=255) ACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCa < 1:3585884‑M1/91‑1 (MQ=255) ACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCa < 1:463921‑M1/91‑1 (MQ=255) ACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCa < 1:2151576‑M1/91‑1 (MQ=255) acaTaaatggggatacgcccagaatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactc < 1:311020‑M1/91‑88 (MQ=255) caTaaatggggatacgcccagaatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactct > 1:2868646‑M1/1‑3 (MQ=255) caTaaatggggatacgcccagaatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactct > 1:2868470‑M1/1‑3 (MQ=255) aTTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactctg < 1:1104523‑M2/91‑71 (MQ=255) ttCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctttttgagtttaatcgcattgttaaagagcaattaaagtcaatttaaataagttactctgc < 1:2752586‑M2/91‑72 (MQ=255) TTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTAt > 1:1345257‑M1/1‑91 (MQ=255) | TGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTAT > USA300TCH1516_ALE/2256319‑2256499 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |