| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2830200 | 93 (0.950) | 8 (0.090) | 5/138 | NT | 8.9% | intergenic (+28/+419) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2830235 | 83 (0.980) | intergenic (+63/+384) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 | |||||
TTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2830101‑2830200‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaacacgcggtAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATA < USA300TCH1516_ALE/2830235‑2830146 TTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAA > 1:2472488/1‑91TTGCGTAAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGAAAGACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAA < 1:196537/91‑1 TGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAA < 1:3252905/91‑1 TGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAA > 1:1376594/1‑91 TGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAA < 1:2969741/91‑1 TGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAA < 1:2384532/91‑1 CGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACA > 1:3327984/1‑91 TGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACG < 1:961262/91‑1 TGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACG < 1:960440/91‑1 TGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACG < 1:961197/91‑1 GAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGC < 1:2390033/91‑1 TTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGT < 1:1501850/91‑1 TTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGT > 1:3008935/1‑91 TTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGT < 1:3732802/91‑1 ATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCC < 1:753905/91‑1 ATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCC < 1:474504/91‑1 TAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACC < 1:72310/91‑1 TAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACC < 1:2116760/91‑1 ATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCG < 1:347852/91‑1 TTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGT < 1:3275824/91‑1 GAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGT < 1:957028/91‑1 GAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGT < 1:957062/91‑1 AAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTACTAAGCATTAATGT > 1:4140625/1‑91 AACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTT > 1:2054577/1‑91 AACACGCAGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTT < 1:1197581/91‑1 ACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTC > 1:3604374/1‑91 ACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAA < 1:1719665/91‑1 ACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAA < 1:1716741/91‑1 ACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTCTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAA < 1:3599220/91‑1 CGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAAT > 1:1268664/1‑91 GTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTAT > 1:1026581/1‑91 TAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATA > 1:689875/1‑91 TTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2830101‑2830200‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaacacgcggtAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATA < USA300TCH1516_ALE/2830235‑2830146 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |