New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? USA300TCH1516_ALE = 283020093 (0.950)8 (0.090) 5/138 NT 8.9% intergenic (+28/+419) icaC/lipA_2 putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1
?USA300TCH1516_ALE = 2830235 83 (0.980)intergenic (+63/+384) icaC/lipA_2 putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1

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TTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTA  >  USA300TCH1516_ALE/2830110‑2830290
                                                                                          |                                                                                          
ttCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGT                                                                                            >  1:3008935‑M1/1‑91 (MQ=255)
ttCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGT                                                                                            <  1:1501850‑M1/91‑1 (MQ=255)
    atatCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAGGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGc                                                                                        <  1:276049/91‑1 (MQ=255)
    atatCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGc                                                                                        >  1:2832713/1‑91 (MQ=255)
    atatCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGc                                                                                        >  1:2832585/1‑91 (MQ=255)
      atCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGa                                                                                      <  1:377723/91‑1 (MQ=255)
         tttAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAAt                                                                                   >  1:1500847/1‑91 (MQ=255)
          ttAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATc                                                                                  <  1:2302122/91‑1 (MQ=255)
          ttAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATc                                                                                  <  1:2304483/91‑1 (MQ=255)
          ttAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATc                                                                                  >  1:4045172/1‑91 (MQ=255)
           tAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCa                                                                                 <  1:4137865/91‑1 (MQ=255)
             ggTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGt                                                                               <  1:38193/91‑1 (MQ=255)
             ggTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGt                                                                               <  1:3808089/91‑1 (MQ=255)
               tttATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGttt                                                                             <  1:867208/91‑1 (MQ=255)
               tttATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGttt                                                                             <  1:1121776/91‑1 (MQ=255)
               tttATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGttt                                                                             <  1:164965/91‑1 (MQ=255)
                ttattaTTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTg                                                                            <  1:621216/91‑1 (MQ=255)
                ttattaTTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTg                                                                            <  1:621207/91‑1 (MQ=255)
                 tattatTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGa                                                                           <  1:1710968/91‑1 (MQ=255)
                      ttGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATTCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGATATCAGTTTGAATtga                                                                      <  1:3536218/91‑1 (MQ=255)
                       tGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgac                                                                     <  1:3237276/91‑1 (MQ=255)
                       tGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgac                                                                     >  1:3999166/1‑91 (MQ=255)
                       tGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgac                                                                     >  1:536295/1‑91 (MQ=255)
                       tGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgac                                                                     <  1:1360942/91‑1 (MQ=255)
                        ggAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgact                                                                    >  1:1179951/1‑91 (MQ=255)
                         gAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgactg                                                                   <  1:4015559/91‑1 (MQ=255)
                           aaaCAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgactgac                                                                 >  1:3374457/1‑91 (MQ=255)
                             acaacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACtt                                                               >  1:724709/1‑91 (MQ=255)
                              caacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTc                                                              <  1:93190/91‑1 (MQ=255)
                               aacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCg                                                             >  1:1672178/1‑91 (MQ=255)
                                 ccATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGtt                                                           <  1:2429633/91‑1 (MQ=255)
                                 ccATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGtt                                                           >  1:1967258/1‑91 (MQ=255)
                                 ccATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGtt                                                           >  1:1966949/1‑91 (MQ=255)
                                 ccATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGtt                                                           >  1:1230177/1‑91 (MQ=255)
                                  cATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGttt                                                          >  1:2852755/1‑91 (MQ=255)
                                   atatAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgccc                                                         <  1:474504‑M1/91‑36 (MQ=255)
                                   atatAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgccc                                                         <  1:753905‑M1/91‑36 (MQ=255)
                                    tataAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTa                                                        >  1:689875‑M2/1‑90 (MQ=255)
                                     ataAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTac                                                       >  1:1026581‑M2/1‑89 (MQ=255)
                                      taAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccacc                                                      <  1:2116760‑M1/91‑39 (MQ=255)
                                         aTTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcg                                                   <  1:347852‑M1/91‑42 (MQ=255)
                                          ttGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAAGACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgt                                                  <  1:3599220‑M2/91‑8 (MQ=255)
                                          ttGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgt                                                  <  1:1716741‑M2/91‑8 (MQ=255)
                                          ttGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgt                                                  <  1:1719665‑M2/91‑8 (MQ=255)
                                            gAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcgtgt                                                <  1:957028‑M1/91‑45 (MQ=255)
                                            gAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcgtgt                                                <  1:957062‑M1/91‑45 (MQ=255)
                                            gAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgtgt                                                >  1:3604374‑M2/1‑82 (MQ=255)
                                             aaCATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTactgcgtgtt                                               <  1:1197581‑M2/91‑11 (MQ=255)
                                             aaCATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgtgtt                                               >  1:2054577‑M2/1‑81 (MQ=255)
                                              aCATTAATGCTTAGTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgtgttt                                              >  1:4140625‑M2/1‑80 (MQ=255)
                                               cATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTa                                             <  1:3998638/91‑1 (MQ=255)
                                               cATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTa                                             <  1:1625204/91‑1 (MQ=255)
                                               cATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTa                                             <  1:1623978/91‑1 (MQ=255)
                                                aTTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTaa                                            >  1:2580035/1‑91 (MQ=255)
                                                aTTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTaa                                            <  1:63224/91‑1 (MQ=255)
                                                 ttAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAat                                           <  1:282162/91‑1 (MQ=255)
                                                  tAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAata                                          >  1:1063103/1‑91 (MQ=255)
                                                    aTGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATAtt                                        <  1:1780329/91‑1 (MQ=255)
                                                     tGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTg                                       >  1:2177569/1‑91 (MQ=255)
                                                     tGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTg                                       >  1:2177858/1‑91 (MQ=255)
                                                             aattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACat                               >  1:2385457/1‑91 (MQ=255)
                                                                tattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACatata                            <  1:1253515/91‑1 (MQ=255)
                                                                 attaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACatatat                           >  1:1302546/1‑91 (MQ=255)
                                                                 attaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACatatat                           >  1:3362900/1‑91 (MQ=255)
                                                                  ttaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATAtt                          <  1:1352207/91‑1 (MQ=255)
                                                                   taaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTc                         <  1:1516604/91‑1 (MQ=255)
                                                                    aaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCt                        >  1:1867249/1‑91 (MQ=255)
                                                                     aGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTa                       >  1:3495049/1‑91 (MQ=255)
                                                                       cTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAAt                     >  1:776555/1‑91 (MQ=255)
                                                                       cTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAAt                     >  1:1480064/1‑91 (MQ=255)
                                                                       cTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAAt                     >  1:941441/1‑91 (MQ=255)
                                                                       cTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAAt                     >  1:2822159/1‑91 (MQ=255)
                                                                       cTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAAt                     >  1:761659/1‑91 (MQ=255)
                                                                          tGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGc                  <  1:2762508/91‑1 (MQ=255)
                                                                          tGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGc                  >  1:25853/1‑91 (MQ=255)
                                                                          tGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGc                  <  1:2764153/91‑1 (MQ=255)
                                                                               aaaaCACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAtt             <  1:3673990/91‑1 (MQ=255)
                                                                                aaaCACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcgtgtttttaacatagcttaataattactaagcattaatgt            >  1:4140625‑M1/1‑11 (MQ=255)
                                                                                aaaCACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAttt            <  1:2877941/91‑1 (MQ=255)
                                                                                 aaCACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcgtgtttttaacatagcttaataattaataagcattaatgtt           >  1:2054577‑M1/1‑10 (MQ=255)
                                                                                 aaCACGCAGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcgtgtttttaacatagcttaataattaataagcattaatgtt           <  1:1197581‑M1/91‑82 (MQ=255)
                                                                                  acacGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgtgtttttaacatagcttaataattaataagcattaatgttc          <  1:957062‑M2/91‑48 (MQ=255)
                                                                                    acGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcgtgtttttaacatagcttaataattaataagcattaatgttcaa        <  1:1716741‑M1/91‑85 (MQ=255)
                                                                                    acGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcgtctttttaacatagcttaataattaataagcattaatgttcaa        <  1:3599220‑M1/91‑85 (MQ=255)
                                                                                    acGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgtgtttttaacatagcttaataattaataagcattaatgttcaa        <  1:3275824‑M2/91‑50 (MQ=255)
                                                                                    acGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAAc        >  1:622835/1‑91 (MQ=255)
                                                                                    acGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAAc        >  1:624036/1‑91 (MQ=255)
                                                                                    acGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAAc        <  1:1445707/91‑1 (MQ=255)
                                                                                     cgcgGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcgtgtttttaacatagcttaataattaataagcattaatgttcaat       >  1:1268664‑M1/1‑6 (MQ=255)
                                                                                     cgcgGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACt       >  1:1877333/1‑91 (MQ=255)
                                                                                      gcgGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACtt      >  1:1860523/1‑91 (MQ=255)
                                                                                      gcgGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACtt      <  1:1668264/91‑1 (MQ=255)
                                                                                       cgGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTc     >  1:3484234/1‑91 (MQ=255)
                                                                                        ggTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgtgtttttaacatagcttaataattaataagcattaatgttcaattta    <  1:72310‑M2/91‑54 (MQ=255)
                                                                                        ggTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgtgtttttaacatagcttaataattaataagcattaatgttcaattta    <  1:2116760‑M2/91‑54 (MQ=255)
                                                                                        ggTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCg    <  1:2445801/91‑1 (MQ=255)
                                                                                         gTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcgtgtttttaacatagcttaataattaataagcattaatgttcaatttat   >  1:1026581‑M1/1‑2 (MQ=255)
                                                                                         gTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTACACTTCGt   >  1:2072764/1‑91 (MQ=255)
                                                                                          taaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcgtgtttttaacatagcttaataattaataagcattaatgttcaatttata  >  1:689875‑M1/1‑1 (MQ=255)
                                                                                          tGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTa  >  1:3099781/1‑91 (MQ=255)
                                                                                          |                                                                                          
TTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTA  >  USA300TCH1516_ALE/2830110‑2830290

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.