| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 64 | 267 (0.760) | 36 (0.170) +TTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAAT |
12/94 | NT | 31.5% | intergenic (–/‑168) | –/repA | –/replication protein A |
| ? | CP000731 | = 27041 | 0 (0.000) | intergenic (‑194/–) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0033/– | partitioning protein/– | |||||
CTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/11‑64‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGGGTTTA < CP000731/27041‑27002 ||||||||||||||||||||||||||||||||| CTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAAC > 1:3100319/1‑91 TAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTA > 1:2259073/1‑91 ATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATA > 1:1791109/1‑91 CTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCGCTTTAAATAAACTTATAAAAGG > 1:2308152/1‑91 ACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATA > 1:1077700/1‑91 ACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATA > 1:715768/1‑91 ACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATA > 1:3367251/1‑91 ACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGGTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAACATATA > 1:2426024/1‑91 CAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAG > 1:4054086/1‑91 CCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTAT > 1:1812155/1‑91 CCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTAT > 1:1416309/1‑91 CCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTAT > 1:463758/1‑91 CCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATC > 1:4068400/1‑91 CCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATC > 1:2987546/1‑91 CCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATC > 1:2987367/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 1:3989313/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 1:4114/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 1:3139883/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 1:667666/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 1:1572151/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 1:1596554/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 1:225307/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTATTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 1:2418763/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 1:600260/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 1:63986/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 1:3390686/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 1:3516734/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 1:1274295/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 1:239300/1‑91 ACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGG > 1:3955630/1‑91 ACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGG > 1:3672328/1‑91 ACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGG > 1:4147287/1‑91 ACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGG > 1:2410209/1‑91 ACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGG > 1:2311354/1‑91 ACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGG > 1:2311154/1‑91 CTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGGGTTT > 1:3430460/1‑91 TGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGGGTTTA > 1:1000549/1‑91 ||||||||||||||||||||||||||||||||| CTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/11‑64‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGGGTTTA < CP000731/27041‑27002 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |