New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000731 | = 64 | 267 (0.760) | 36 (0.170) +TTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAAT |
12/94 | NT | 31.5% | intergenic (–/‑168) | –/repA | –/replication protein A |
? | CP000731 | = 27041 | 0 (0.000) | intergenic (‑194/–) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0033/– | partitioning protein/– |
Only 100 of 481 total aligned reads displayed.
CCTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/26952‑27041 | ccTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTa > 1:1061557‑M2/1‑90 (MQ=255) ccTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTa < 1:3587844‑M2/91‑2 (MQ=255) tttttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatt > 1:2249182‑M2/1‑88 (MQ=255) ttttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattt > 1:3611854‑M2/1‑87 (MQ=255) ttttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattt < 1:1396992‑M2/91‑5 (MQ=255) ttttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattt > 1:2319107‑M2/1‑87 (MQ=255) ttttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattt > 1:2202835‑M2/1‑87 (MQ=255) tttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattta < 1:1773063‑M2/91‑6 (MQ=255) tCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagt < 1:1964858‑M2/91‑10 (MQ=255) aaGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgc > 1:47024‑M2/1‑80 (MQ=255) aaGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgc > 1:2692629‑M2/1‑80 (MQ=255) gggTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgcta < 1:3984089‑M2/91‑14 (MQ=255) ggTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctat > 1:1430606‑M2/1‑77 (MQ=255) gTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctata > 1:183008‑M2/1‑76 (MQ=255) tttATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataa > 1:3421651‑M2/1‑75 (MQ=255) tttATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataa > 1:588341‑M2/1‑75 (MQ=255) ttATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataat > 1:3803500‑M2/1‑74 (MQ=255) ttATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataat < 1:2450721‑M2/91‑18 (MQ=255) ttATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataat > 1:3828751‑M2/1‑74 (MQ=255) tATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataata < 1:1690207‑M2/91‑19 (MQ=255) tATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataata > 1:4061022‑M2/1‑73 (MQ=255) tGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaa < 1:2772838‑M2/91‑21 (MQ=255) tGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaa < 1:1478487‑M2/91‑21 (MQ=255) tGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaa < 1:133269‑M2/91‑21 (MQ=255) gAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaac > 1:1288838‑M2/1‑70 (MQ=255) aaaGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaact < 1:1362881‑M2/91‑23 (MQ=255) tttATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaata < 1:2524037‑M2/91‑28 (MQ=255) ttATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatat > 1:2124329‑M2/1‑63 (MQ=255) ttATGATATGTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatat > 1:3727582‑M2/1‑63 (MQ=255) tATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatata > 1:3352255‑M2/1‑62 (MQ=255) tGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataac > 1:200721‑M2/1‑60 (MQ=255) tGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataac < 1:765174‑M2/91‑32 (MQ=255) tGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataac < 1:1309793‑M2/91‑32 (MQ=255) atatTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaa < 1:3472281‑M2/91‑34 (MQ=255) atatTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaa > 1:2566025‑M2/1‑58 (MQ=255) tatTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaa > 1:2186684‑M2/1‑57 (MQ=255) atTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaa < 1:2958254‑M2/91‑36 (MQ=255) ttATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaac < 1:2867231‑M2/91‑38 (MQ=255) tATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaacc < 1:2790730‑M2/91‑39 (MQ=255) tCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaacccc > 1:2980065‑M2/1‑51 (MQ=255) tCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaacccc > 1:1886362‑M2/1‑51 (MQ=255) aaGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaa < 1:3152217‑M2/91‑43 (MQ=255) aGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaac > 1:1172029‑M2/1‑48 (MQ=255) gggTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaact < 1:3925339‑M2/91‑45 (MQ=255) gggTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTGatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaact < 1:3304620‑M2/91‑45 (MQ=255) ggTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaacta < 1:2388149‑M2/91‑46 (MQ=255) ggTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaacta < 1:3651630‑M2/91‑46 (MQ=255) ggTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaacta < 1:4014173‑M2/91‑46 (MQ=255) ggTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTacttaaagtgctataataaacttaatataacaaaagccccaacta < 1:3963696‑M2/91‑46 (MQ=255) tataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactgg < 1:353943‑M2/91‑50 (MQ=255) tataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactgg < 1:375708‑M2/91‑50 (MQ=255) tataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactgg < 1:708415‑M2/91‑50 (MQ=255) tataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactgg < 1:3071010‑M2/91‑50 (MQ=255) tataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactgg < 1:447281‑M2/91‑50 (MQ=255) tataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactgg < 1:1652023‑M2/91‑50 (MQ=255) ataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggt < 1:1979753‑M2/91‑51 (MQ=255) ataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggt < 1:1841711‑M2/91‑51 (MQ=255) ataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggt < 1:1257580‑M2/91‑51 (MQ=255) taAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccgactattacca > 1:1000549‑M2/1‑40 (MQ=255) cccTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatag < 1:3450043‑M2/91‑56 (MQ=255) cccTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatag > 1:1679941‑M2/1‑36 (MQ=255) cccTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatag < 1:3365015‑M2/91‑56 (MQ=255) cccTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatag < 1:857543‑M2/91‑56 (MQ=255) ccTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccgactattaccagtagt > 1:2410209‑M2/1‑35 (MQ=255) ccTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtagtagt > 1:3279011‑M2/1‑35 (MQ=255) ccTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagt > 1:551150‑M2/1‑35 (MQ=255) cTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtc > 1:1028819‑M2/1‑34 (MQ=255) cTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtc > 1:3674763‑M2/1‑34 (MQ=255) ttGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccgactattaccagtagttg > 1:3516734‑M2/1‑33 (MQ=255) ttGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccgactattaccagtagttg > 1:3390686‑M2/1‑33 (MQ=255) ttGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccgactattaccagtagttg > 1:63986‑M2/1‑33 (MQ=255) tGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcgg > 1:429240‑M2/1‑32 (MQ=255) tGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcgg < 1:2486413‑M2/91‑60 (MQ=255) aTAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccgactattaccagtagttgggg > 1:1812155‑M2/1‑30 (MQ=255) aTAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcgggg < 1:2608183‑M2/91‑62 (MQ=255) aTAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcgggg < 1:2508309‑M2/91‑62 (MQ=255) aTAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcgggg > 1:2462782‑M2/1‑30 (MQ=255) aGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttg > 1:1920489‑M2/1‑26 (MQ=255) aGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttg > 1:91695‑M2/1‑26 (MQ=255) gCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttgg > 1:3796548‑M2/1‑25 (MQ=255) gCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttgg > 1:1064959‑M2/1‑25 (MQ=255) cTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggt > 1:1084451‑M2/1‑24 (MQ=255) atatTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaa < 1:956218‑M2/91‑70 (MQ=255) atatTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaa < 1:3836766‑M2/91‑70 (MQ=255) atatTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaa < 1:2896473‑M2/91‑70 (MQ=255) atatTTTCCCTTGTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaa > 1:292016‑M2/1‑22 (MQ=255) 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tataAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttaga < 1:2115054‑M2/91‑83 (MQ=255) ataAGTTTatttaaagtgctatcataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaa > 1:3558531‑M2/1‑8 (MQ=255) ataAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaa > 1:3408086‑M2/1‑8 (MQ=255) taAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaa > 1:11298‑M2/1‑7 (MQ=255) aaGTTTatttaaagtgctataataaccttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaac > 1:3880128‑M2/1‑6 (MQ=255) ttatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgcttagaaactgtt > 1:3202456‑M2/1‑2 (MQ=255) | CCTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/26952‑27041 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |