| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 1993 = | NA (NA) | 542 (0.060) | 27/148 | NT | 28.0% | intergenic (+226/+100) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | 2021 = | 1505 (0.150) | intergenic (+254/+72) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 1855 total aligned reads displayed.
TTCCAATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑cattcg‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012417/2082‑1993‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATT > NC_012417/2021‑2116 TTCCAATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑C > 1:1003516/1‑91TTCCAATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑C < 1:771286/91‑1TTCCAATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑C < 1:1859478/91‑1TTCCAATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑C < 1:3158937/91‑1TTCCAATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑C < 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AATTGCTTTATTGATGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTC > 1:746239/1‑91 AATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTC > 1:1767544/1‑91 ATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACACTCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGCCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCG > 1:1148059/1‑91 ATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCG > 1:3125146/1‑91 ATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCG > 1:211931/1‑91 ATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCG > 1:3747030/1‑91 ATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCG > 1:710155/1‑91 ATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCG < 1:1919940/91‑1 ATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCG < 1:1390442/91‑1 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1:3990910/1‑91 GGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAA > 1:3559930/1‑91 GCTTAATAGCTCACGCTATGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAA > 1:2771352/1‑91 GCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAT > 1:3084264/1‑91 GCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAT > 1:1333899/1‑91 CTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAAGGTCAATAAAACAATTGGAATAAAat > 1:3870138/1‑89 CTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATA > 1:409059/1‑91 CTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATA > 1:3207033/1‑91 CTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATA > 1:3787373/1‑91 TTAATAGCTCACGCTATGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATA > 1:1353542/1‑91 TTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGACTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAgca > 1:3593797/1‑88 AATAGCTCACGCTATGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAACGCAATTGGAATAAATAGT > 1:1276756/1‑91 AATAGCTCACGCTATGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGT > 1:1659977/1‑91 ATAGCTCACGCTATGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTA > 1:3818785/1‑91 ATAGCTCACGCTATGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTA > 1:2397400/1‑91 TAGCTCACGCTATGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTAT > 1:602557/1‑91 TAGCTCACGCTATGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTAT > 1:3656442/1‑91 TAGCTCACGCTATGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTAT > 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TTCCAATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑cattcg‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012417/2082‑1993‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATT > NC_012417/2021‑2116 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |