| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 1993 = | NA (NA) | 542 (0.060) | 27/148 | NT | 28.0% | intergenic (+226/+100) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | 2021 = | 1505 (0.150) | intergenic (+254/+72) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 4856 total aligned reads displayed.
ATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTA > NC_012417/1931‑2111 | ttccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgac > 1:2038277‑M2/91‑91 (MQ=255)ttccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgac < 1:1243729‑M2/1‑1 (MQ=255) tccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCa < 1:919594‑M2/2‑1 (MQ=255) tccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCa < 1:2873504‑M2/2‑1 (MQ=255) caattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAtt < 1:3637433‑M2/4‑1 (MQ=255) caattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAtt < 1:1693512‑M2/4‑1 (MQ=255) caattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAtt > 1:3048275‑M2/88‑91 (MQ=255) caattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAtt < 1:709563‑M2/4‑1 (MQ=255) aattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTc < 1:603062‑M2/5‑1 (MQ=255) aattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTc > 1:4063899‑M2/87‑91 (MQ=255) aattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTc > 1:2970421‑M2/87‑91 (MQ=255) aattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTc < 1:3810531‑M2/5‑1 (MQ=255) attgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTCg < 1:2454659‑M2/6‑1 (MQ=255) attgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTCg > 1:325403‑M2/86‑91 (MQ=255) attgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTCg > 1:2831289‑M2/86‑91 (MQ=255) attgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTCg > 1:889649‑M2/86‑91 (MQ=255) attgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTCg > 1:1935768‑M2/86‑91 (MQ=255) GCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑a > 1:2493980‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑a < 1:3208638‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑a > 1:2162525‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑a > 1:340311‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑a < 1:2749962‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑a > 1:1107523‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑a < 1:744242‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑a > 1:1656290‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑a > 1:3997580‑M1/1‑91 (MQ=255) CCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Ac > 1:3711013‑M1/1‑91 (MQ=255) CCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Ac < 1:3568451‑M1/91‑1 (MQ=255) CCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Ac < 1:2560595‑M1/91‑1 (MQ=255) CCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Ac > 1:392153‑M1/1‑91 (MQ=255) CCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Ac > 1:2237468‑M1/1‑91 (MQ=255) CCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Ac > 1:2272029‑M1/1‑91 (MQ=255) CCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Ac > 1:4154434‑M1/1‑91 (MQ=255) CCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTCCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑Ac > 1:3290508‑M1/1‑91 (MQ=255) CGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACa < 1:186766‑M1/91‑1 (MQ=255) GAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACaa < 1:1765823‑M1/91‑1 (MQ=255) GAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACaa > 1:2665815‑M1/1‑91 (MQ=255) GAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACaa < 1:3013902‑M1/91‑1 (MQ=255) GAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACaa < 1:3673959‑M1/91‑1 (MQ=255) gaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGt < 1:2310526/91‑1 (MQ=31) caatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTCGTCTGCAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGc > 1:3123226‑M2/51‑91 (MQ=255) cgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTCGTCTGCAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGc > 1:2003049‑M2/35‑91 (MQ=255) tcggcATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaat < 1:1454134‑M2/86‑1 (MQ=255) tcggcATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaat < 1:642040‑M2/86‑1 (MQ=255) tcggcATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaat < 1:1573340‑M2/86‑1 (MQ=255) tcggcATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGACTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaat < 1:154018‑M2/86‑1 (MQ=255) gtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTCG‑‑‑ACAAGTTATGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaat > 1:3603524‑M2/29‑91 (MQ=255) cggcATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaata > 1:114397‑M2/5‑91 (MQ=255) ggcATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataa > 1:965010‑M2/4‑91 (MQ=255) cggcttaatagctcacgctatgccgaCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataa > 1:676870‑M2/27‑91 (MQ=255) cggcttaatagctcacgctatgccgaCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataa > 1:489725‑M2/27‑91 (MQ=255) gcttaatagctcacgctatgccgaCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataaat > 1:1806475‑M2/25‑91 (MQ=255) cATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataaat > 1:3888250‑M2/2‑91 (MQ=255) cATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGaataaat > 1:1416435‑M2/2‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |