| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 365040 | 64 (0.650) | 9 (0.110) | 6/136 | NT | 13.4% | intergenic (+50/+55) | nupC_1/sglT | Nucleoside permease NupC/Sodium/glucose cotransporter |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 365070 | 62 (0.740) | intergenic (+80/+25) | nupC_1/sglT | Nucleoside permease NupC/Sodium/glucose cotransporter | |||||
TCAACTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/364940‑365040‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaccccgtcacTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAATACT < USA300TCH1516_ALE/365070‑364981 TCAACTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAA > 1:2323611/1‑91 AACTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAAC < 1:3910311/91‑1 AACTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAAC > 1:1874814/1‑91 CTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCC > 1:1037021/1‑91 CTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCC < 1:842647/91‑1 CTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCC > 1:675191/1‑91 CTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCC < 1:3030355/91‑1 CTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCG > 1:3514877/1‑91 CTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCAC > 1:2702494/1‑91 GCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAAC < 1:1273823/91‑1 GCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAAC < 1:3578965/91‑1 CTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACT < 1:992929/91‑1 CTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACT < 1:969295/91‑1 TTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTT < 1:1007346/91‑1 TAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTG < 1:249145/91‑1 AGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGG < 1:351768/91‑1 ATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGA < 1:1691058/91‑1 ATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGA < 1:1493874/91‑1 GCTAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGAT < 1:2692327/91‑1 AACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCAT > 1:1675078/1‑91 ACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATT < 1:1920136/91‑1 CCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTAC > 1:3046926/1‑91 CCGTCACGAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTAC < 1:2075188/91‑1 CCGTCACGAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTAC < 1:2075328/91‑1 CGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACA < 1:1454285/91‑1 CGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACA < 1:2728399/91‑1 CGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACA < 1:1454329/91‑1 GTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAA > 1:606642/1‑91 GTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAA > 1:1483430/1‑91 TCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAAT > 1:357489/1‑91 TCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAAT > 1:2710615/1‑91 ACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAATAC < 1:2326814/91‑1 CTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAATACT < 1:848782/91‑1 TCAACTCTAGCTTCAATCATTTCAGGATCAATCATTGGCTTAGTATTGTAAATGAATCGAAGTACCTAAATTAAATTCATGGCAAAGCTAAACCCCGTCAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/364940‑365040‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaccccgtcacTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTTAGCTTTGCCATGAATTTAATTTAGGTACTTCGATTCATTTACAATACT < USA300TCH1516_ALE/365070‑364981 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |