| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 705329 | 99 (1.010) | 13 (0.150) | 8/142 | NT | 13.3% | intergenic (+1079/+81) | nhaK_1/mntA | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Manganese‑binding lipoprotein MntA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 705368 | 81 (0.930) | intergenic (+1118/+42) | nhaK_1/mntA | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Manganese‑binding lipoprotein MntA | |||||
ATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/705231‑705329‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgttgatgCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGTTAAATA < USA300TCH1516_ALE/705368‑705279 ATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTA > 1:626066/1‑91ATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTA > 1:3465034/1‑91 ATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATG < 1:1933742/91‑1 ATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATG < 1:2477579/91‑1 ATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATG < 1:2477495/91‑1 TCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGT > 1:1458341/1‑91 TCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGT < 1:3378836/91‑1 TCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGT < 1:3378754/91‑1 GTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTG < 1:680108/91‑1 GTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTG > 1:1586233/1‑91 GCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGAT > 1:3341820/1‑91 CGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATG < 1:1083721/91‑1 AATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCC < 1:3486836/91‑1 AATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCC < 1:3486147/91‑1 AATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCC < 1:266257/91‑1 AATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCC < 1:3486096/91‑1 ATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCA < 1:3818228/91‑1 TATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCAC < 1:794109/91‑1 TATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACAC < 1:4084643/91‑1 TTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCTACACAT < 1:2172724/91‑1 TTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACAT < 1:2344739/91‑1 AACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAA < 1:457743/91‑1 AACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAA < 1:457742/91‑1 ACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAAC < 1:3480914/91‑1 CGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACA < 1:2830498/91‑1 ATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGC < 1:21474/91‑1 ATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGC < 1:772851/91‑1 ATGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTAGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGC > 1:3851443/1‑91 TGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCCATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCG > 1:1066623/1‑91 TGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCG > 1:1343295/1‑91 TGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCG > 1:67382/1‑91 TGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCG > 1:67483/1‑91 TGTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCG > 1:1343315/1‑91 GTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGT < 1:2408796/91‑1 GTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGT < 1:2408168/91‑1 GTTGATGCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGT < 1:2408211/91‑1 GCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGTTAAATA < 1:2223190/91‑1 ATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/705231‑705329‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgttgatgCAACCTAAAATATTGGTATCTCCAATATTTTAGGCCACACATCAACATAACAAAGTCGAAGGCTAATAGTCCCATATCGTGCGTTAAATA < USA300TCH1516_ALE/705368‑705279 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |