| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 749035 | 77 (0.780) | 10 (0.110) | 9/142 | NT | 12.6% | intergenic (+163/‑38) | oxyR/setC | Hydrogen peroxide‑inducible genes activator/Sugar efflux transporter C |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 749050 | 71 (0.810) | intergenic (+178/‑23) | oxyR/setC | Hydrogen peroxide‑inducible genes activator/Sugar efflux transporter C | |||||
TGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/748937‑749035‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agagcccctTTTAATTTATTAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTGGTGCGTTAGCATCCAACTGTATTCCTTTGTCCCCTTTTAATTTATTAATTAGGGGC < USA300TCH1516_ALE/749050‑748961 TGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAA > 1:235603/1‑91 GCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAG < 1:2574086/91‑1 CTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGTATAAGA > 1:534474/1‑91 atTGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGC > 1:3174790/3‑91 AATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGC > 1:3515749/1‑91 TGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCC < 1:2650794/91‑1 GCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCC < 1:1986885/91‑1 GCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCC > 1:658/1‑91 GCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCC > 1:3152132/1‑91 GCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCC > 1:3153305/1‑91 CACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCT < 1:2407087/91‑1 CACAAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCT < 1:835382/91‑1 AAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTTTTAATTTATTA < 1:2179310/91‑1 GAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTTTTAATTTATTAAT < 1:2584457/91‑1 GCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTTTTAATTTATTAATTA < 1:2123016/91‑1 CCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTTTTAATTTATTAATTAG < 1:460441/91‑1 CCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTTTTAATTTATTAATTAGG < 1:1260670/91‑1 CCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTTTTAATTTATTAATTAGGG < 1:1189594/91‑1 CTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTTTTAATTTATTAATTAGGGG < 1:1108257/91‑1 TAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTTTTAATTTATTAATTAGGGGC < 1:2104047/91‑1 AATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTTTTAATTTATTAATTAGGGGCT < 1:2354744/91‑1 AATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCTTTTAATTTATTAATTAGGGGCT < 1:2354598/91‑1 AGAGCCCCTTTTAATTTATTAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTGGTGCGTTAGCATCCAACTGTATTCCTTTGTCCCCTTTTAATTTATTAA > 1:3800161/1‑91 GAGCCCCTTTTAATTTATTAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTGGTGCGTTAGCATCCAACTGTATTCCTTTGTCCCCTTTTAATTTATTAAT > 1:383118/1‑91 GAGCCCCTTTTAATTTATTAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTGGTGCGTTAGCATCCAACTGTATTCCTTTGTCCCCTTTTAATTTATTAAT > 1:2231862/1‑91 GCCCCTTTTAATTTATTAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTGGTGCGTTAGCATCCAACTGTATTCCTTTGTCCCCTTTTACTTTATTAATTA > 1:109363/1‑91 GCCCCTTTTAATTTATTAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTGGTGCGTTAGCATCCAACTGTATTCCTTTGTCCCCTTTTAATTTATTAATTA < 1:2417042/91‑1 GCCCCTTTTAATTTATTAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTGGTGCGTTAGCATCCAACTGTATTCCTTTGTCCCCTTTTAATTTATTAATTA > 1:3722886/1‑91 CCTTTTAATTTATTAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTGGTGCGTTAGCATCCAACTGTATTCCTTTGTCCCCTTTTAATTTATTAATTAGGG > 1:286099/1‑91 CCTTTTAATTTATTAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTGGTGCGTTAGCATCCAACTGTATTCCTTTGTCCCCTTTTAATTTATTAATTAGGG < 1:743593/91‑1 CCTTTTAATTTATTAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTGGTGCGTTAGCATCCAACTGTATTCCTTTGTCCCCTTTTAATTTATTAATTAGGG > 1:57041/1‑91 CTTTTAATTTATTAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTGGTGCGTTAGCATCCAACTGTATTCCTTTGTCCCCTTTTAATTTATTAATTAGGGG < 1:438196/91‑1 CTTTTAATTTATTAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTGGTGCGTTAGCATCCAACTGTATTCCTTTGTCCCCTTTTAATTTATTAATTAGGGG > 1:877480/1‑91 TTTTAATTTATTAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTGGTGCGTTAGCATCCAACTGTATTCCTTTGTCCCCTTTTAATTTATTAATTAGGGGC < 1:2348069/91‑1 TTTTAATTTATTAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTGGTGCGTTAGCATCCAACTGTATTCCTTTGTCCCCTTGTAATTTATTAATTAGGGGC < 1:2523631/91‑1 TTTTAATTTATTAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTGGTGCGTTAGCATCCAACTGTATTCCTTTGTCCCCTTGTAATTTATTAATTAGGGGC < 1:2524079/91‑1 TGCTAATGCACCAACAGCAAAAGAGCCCCTAATTAATAAATTAAAAGGGGACAAAGGAATACAGTTGGATGCTAACGCACCAACTGCATAAGAGCCCCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/748937‑749035‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agagcccctTTTAATTTATTAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTGGTGCGTTAGCATCCAACTGTATTCCTTTGTCCCCTTTTAATTTATTAATTAGGGGC < USA300TCH1516_ALE/749050‑748961 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |