| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 885389 | 93 (0.950) | 15 (0.180) | 10/134 | NT | 15.8% | intergenic (+18/+55) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 885408 | 82 (1.000) | intergenic (+37/+36) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO | |||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
TTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCAT > USA300TCH1516_ALE/885299‑885479 | ttGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACA > 1:1982675‑M1/1‑91 (MQ=255) gTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATa > 1:3824119/1‑91 (MQ=255) aaTATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGa < 1:1686695/91‑1 (MQ=255) aaTATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGa < 1:1356064/91‑1 (MQ=255) atatCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGac < 1:2392295/91‑1 (MQ=255) atCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGacac > 1:2245804/1‑91 (MQ=255) tCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAAAAAATAAAGCGTTATACATAGAcaca > 1:3854432/1‑91 (MQ=255) tGAAATTTGAATATGACAATGGAACTTTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatact < 1:3874548‑M1/91‑12 (MQ=255) tGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGt < 1:302569/91‑1 (MQ=255) gAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTa > 1:1814023/1‑91 (MQ=255) aaaTTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTAt < 1:1610659/91‑1 (MQ=255) aaaTTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTAt > 1:430918/1‑91 (MQ=255) aaaTTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTAt > 1:3364782/1‑91 (MQ=255) aaaTTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTAt < 1:2510694/91‑1 (MQ=255) aaTTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATg > 1:520911/1‑91 (MQ=255) tGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCtt > 1:255787/1‑91 (MQ=255) gAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCttt < 1:958145/91‑1 (MQ=255) aaTATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTt < 1:1031216‑M2/91‑2 (MQ=255) atatGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatg < 1:2737737‑M1/91‑22 (MQ=255) atatGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatg < 1:511211‑M1/91‑22 (MQ=255) atatGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtg < 1:2040818‑M2/91‑3 (MQ=255) tatGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgt < 1:2191080‑M2/91‑4 (MQ=255) tGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtat < 1:2601777‑M1/91‑25 (MQ=255) tGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtat < 1:2601698‑M1/91‑25 (MQ=255) tGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtat < 1:3443348‑M1/91‑25 (MQ=255) tGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtat > 1:1266386‑M2/1‑86 (MQ=255) gACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtata < 1:741871‑M1/91‑26 (MQ=255) gACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtata < 1:3224861‑M1/91‑26 (MQ=255) aaTGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtataacg < 1:3667040‑M1/91‑29 (MQ=255) aaTGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacg > 1:3069374‑M2/1‑82 (MQ=255) aaTGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacg > 1:1219831‑M2/1‑82 (MQ=255) aTGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgc < 1:139825‑M2/91‑11 (MQ=255) tGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgct < 1:1140744‑M2/91‑12 (MQ=255) tGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgct > 1:1290472‑M2/1‑80 (MQ=255) tGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgct > 1:1378236‑M2/1‑80 (MQ=255) ggAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctt < 1:20761‑M2/91‑13 (MQ=255) aaCATTTGAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCtttt < 1:2078788/91‑1 (MQ=255) aaCATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCtttt < 1:813773/91‑1 (MQ=255) aaCATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCtttt > 1:1320127/1‑91 (MQ=255) aaCATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCtttt < 1:2243542/91‑1 (MQ=255) cATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTaa > 1:2356686/1‑91 (MQ=255) aTTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTaaa > 1:175500/1‑91 (MQ=255) tttAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTaaaa < 1:2941250/91‑1 (MQ=255) ttAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAAt > 1:391824/1‑91 (MQ=255) ttAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAAt < 1:3571151/91‑1 (MQ=255) aaTTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAACTACa > 1:3460360/1‑91 (MQ=255) aaTTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACa > 1:864222/1‑91 (MQ=255) aTTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACaa > 1:2795648/1‑91 (MQ=255) gttgAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACTTAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTAc < 1:3283487/91‑1 (MQ=255) gTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAAc > 1:1882758/1‑91 (MQ=255) aTTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTCTGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACACCTACATAACGCtt > 1:4144937/1‑91 (MQ=255) aTTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCtt < 1:3605037/91‑1 (MQ=255) aTTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCtt < 1:722421/91‑1 (MQ=255) aTTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCtt < 1:1321436/91‑1 (MQ=255) tGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTa > 1:2049072/1‑91 (MQ=255) gATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAg < 1:3253945/91‑1 (MQ=255) gATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAg > 1:1424761/1‑91 (MQ=255) aTCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGa < 1:2245941/91‑1 (MQ=255) aTCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGa < 1:3257177/91‑1 (MQ=255) aTCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGa < 1:1802076/91‑1 (MQ=255) tCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACGTAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaa > 1:526444/1‑91 (MQ=255) tCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaa > 1:1353146/1‑91 (MQ=255) tCCAAATTTATAATAAATAAAGCGATATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaa > 1:3515429/1‑91 (MQ=255) cAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaata < 1:2103414/91‑1 (MQ=255) aTTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataata < 1:2891942/91‑1 (MQ=255) ttATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataataat < 1:3451189/91‑1 (MQ=255) ttATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataataat < 1:3451730/91‑1 (MQ=255) ataataAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTg > 1:58014/1‑91 (MQ=255) ataataAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTg > 1:1053565/1‑91 (MQ=255) taataaATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaattt < 1:836117‑M2/91‑52 (MQ=255) taataaATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGa > 1:3824702/1‑91 (MQ=255) aataaataAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGaa < 1:1339740/91‑1 (MQ=255) aataaataAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGaa < 1:1522644/91‑1 (MQ=255) ataaataaAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaa < 1:1314290‑M2/91‑54 (MQ=255) ataaataaAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAAt > 1:2962705/1‑91 (MQ=255) taaataaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaa < 1:1443914‑M2/91‑55 (MQ=255) ataaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGt < 1:2649877/91‑1 (MQ=255) taaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGtt < 1:2280627/91‑1 (MQ=255) aaGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttcc < 1:20906‑M1/91‑80 (MQ=255) aaGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttcc > 1:3419699‑M1/1‑12 (MQ=255) aaGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttcc > 1:2587798‑M1/1‑12 (MQ=255) aGCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttcca < 1:1140744‑M1/91‑81 (MQ=255) gCGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccat < 1:139825‑M1/91‑82 (MQ=255) cGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccatt > 1:2390862‑M1/1‑9 (MQ=255) cGTTATACAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccatt > 1:3069374‑M1/1‑9 (MQ=255) cGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGt > 1:4069747/1‑91 (MQ=255) ttATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgt < 1:528145‑M2/91‑66 (MQ=255) ttATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTaa < 1:2027809/91‑1 (MQ=255) tataCATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtc < 1:741871‑M2/91‑67 (MQ=255) ataCAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtca > 1:1266386‑M1/1‑5 (MQ=255) ataCATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtca < 1:2602166‑M2/91‑68 (MQ=255) ataCATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtca < 1:2601777‑M2/91‑68 (MQ=255) aCAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtcata < 1:2191080‑M1/91‑89 (MQ=255) cAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtcatat < 1:1733848‑M1/91‑90 (MQ=255) cAaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtcatat < 1:2040818‑M1/91‑90 (MQ=255) cATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATatca > 1:195032/1‑91 (MQ=255) cATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATatca > 1:888839/1‑91 (MQ=255) aaaagacatacttgtgtctatgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtcatatt < 1:1031216‑M1/91‑91 (MQ=255) aTAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaatgttccattgtcatatt < 1:1627504‑M2/91‑72 (MQ=255) aTAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATatcat < 1:1678699/91‑1 (MQ=255) | TTGTAATATCCTGAAATTTGAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCAT > USA300TCH1516_ALE/885299‑885479 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |