| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 885389 | 93 (0.950) | 15 (0.180) | 10/134 | NT | 15.8% | intergenic (+18/+55) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 885408 | 82 (1.000) | intergenic (+37/+36) | pspB/argO | Putative phosphoserine phosphatase 2/Arginine exporter protein ArgO | |||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
GAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAATAAGTTTTTGTAATATCATCAGAGCAACAATAATAATT > USA300TCH1516_ALE/885318‑885498 | gAATATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCttt < 1:958145/91‑1 (MQ=255) aaTATGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTt < 1:1031216‑M2/91‑2 (MQ=255) tatGACAATGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgt < 1:2191080‑M2/91‑4 (MQ=255) aaTGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacg > 1:2390862‑M2/1‑82 (MQ=255) aaTGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacg > 1:1219831‑M2/1‑82 (MQ=255) aaTGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacg > 1:3069374‑M2/1‑82 (MQ=255) aTGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgc < 1:139825‑M2/91‑11 (MQ=255) tGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgct > 1:1290472‑M2/1‑80 (MQ=255) tGGAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgct > 1:1378236‑M2/1‑80 (MQ=255) ggAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctt < 1:20761‑M2/91‑13 (MQ=255) ggAACATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctt > 1:3419699‑M2/1‑79 (MQ=255) aaCATTTGAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCtttt < 1:2078788/91‑1 (MQ=255) aaCATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCtttt > 1:1320093/1‑91 (MQ=255) aaCATTTAAATTTGTTGAGTTAATTGATCCAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCtttt < 1:813773/91‑1 (MQ=255) 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tCCAAATTTATAATAAATAAAGCGATATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaa > 1:3515429/1‑91 (MQ=255) cAAATTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaata < 1:2103414/91‑1 (MQ=255) aTTTATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataata < 1:2891942/91‑1 (MQ=255) ttATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataataat < 1:3451730/91‑1 (MQ=255) ttATAATAAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGaataataat < 1:3451189/91‑1 (MQ=255) ataataAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTg > 1:58014/1‑91 (MQ=255) ataataAATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTg > 1:1053565/1‑91 (MQ=255) taataaATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaattt < 1:836117‑M2/91‑52 (MQ=255) taataaATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGa > 1:3824702/1‑91 (MQ=255) taataaATAAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGa > 1:3824636/1‑91 (MQ=255) aataaataAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGaa < 1:2543742/91‑1 (MQ=255) aataaataAAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGaa < 1:1339740/91‑1 (MQ=255) ataaataaAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaa < 1:1314290‑M2/91‑54 (MQ=255) ataaataaAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAAt > 1:2962705/1‑91 (MQ=255) ataaataaAGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTTGTATAACGCTTTTAAAATACAACTACATAACGCTTTAGAATAATAATTGAAt > 1:2344763/1‑91 (MQ=255) taaataaaGCGTTATACATAGACACAAGTATGTCTTTtgtataacgctttatttattataaatttggatcaattaactcaacaaatttaaa < 1:1443914‑M2/91‑55 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |