| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 979658 = | 112 (1.140) | 9 (0.100) | 4/144 | NT | 8.5% | coding (601/870 nt) | ampR | HTH‑type transcriptional activator AmpR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 979694 = | 94 (1.060) | coding (565/870 nt) | ampR | HTH‑type transcriptional activator AmpR | |||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
TTGATTCATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTT > USA300TCH1516_ALE/979569‑979748 | ttGATTCATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTa > 1:1215178/1‑91 (MQ=255)ttGATTCATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTa < 1:4010608/91‑1 (MQ=255)atgcgaaggtaaaattgtattgattgctcccaataaagagaataatcatcttctaactgaggcatctttatttgaaaaatacaaaataata < 1:698781‑M1/2‑1 (MQ=255) tgcgaaggtaaaattgtattgattgctcccaataaagagaataatcatcttctaactgaggcatctttatttgaaaaatacaaaataataa < 1:276028‑M1/3‑1 (MQ=255) tgcgaaggtaaaattgtattgattgctcccaataaagagaataatcatcttctaactgaggcatctttatttgaaaaatacaaaataataa < 1:1614943‑M1/3‑1 (MQ=255) tgcgaaggtaaaattgtattgattgctcccaataaagagaataatcatcttctaactgaggcatctttatttgaaaaatacaaaataataa < 1:3796927‑M1/3‑1 (MQ=255) tgcgaaggtaaaattgtattgattgctcccaataaagagaataatcatcttctaactgaggcatctttatttgaaaaatacaaaataataa < 1:2285411‑M1/3‑1 (MQ=255) gcgaaggtaaaattgtattgattgctcccaataaagagaataatcatcttctaactgaggcatctttatttgaaaaatacaaaataaTAAg < 1:2946652‑M1/4‑1 (MQ=255) gcgaaggtaaaattgtattgattgctcccaataaagagaataatcatcttctaactgaggcatctttatttgaaaaatacaaaataaTAAg < 1:232974‑M1/4‑1 (MQ=255) gcgaaggtaaaattgtattgattgctcccaataaagagaataatcatcttctaactgaggcatctttatttgaaaaatacaaaataaTAAg < 1:2626405‑M1/4‑1 (MQ=255) gcgaaggtaaaattgtattgattgctcccaataaagagaataatcatcttctaactgaggcatctttatttgaaaaatacaaaataaTAAg < 1:2946328‑M1/4‑1 (MQ=255) gaaggtaaaattgtattgattgctcccaataaagagaataatcatcttctaactgaggcatctttatttgaaaaatacaaaataaTAAGtg > 1:2413066‑M1/86‑91 (MQ=255) aaggtaaaattgtattgattgctcccaataaagagaataatcatcttctaactgaggcatctttatttgaaaaatacaaaataaTAAGtga > 1:792522‑M1/85‑91 (MQ=255) cATTTCGATTAATTTAATTGAAGTATGCACATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGtgat > 1:2317875/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |