New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 979658 = | 112 (1.140) | 9 (0.100) | 4/144 | NT | 8.5% | coding (601/870 nt) | ampR | HTH‑type transcriptional activator AmpR |
? | USA300TCH1516_ALE | 979694 = | 94 (1.060) | coding (565/870 nt) | ampR | HTH‑type transcriptional activator AmpR |
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
CATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACAATTTTACCTTCGCATAC > USA300TCH1516_ALE/979604‑979784 | catcatTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACttat > 1:1006830/1‑91 (MQ=255) aagagaataatcatcttctaactgaggcatctttatttgaaaaatacaaaataaTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACttat > 1:64343‑M1/55‑91 (MQ=255) tcatTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACttatta > 1:1054663/1‑91 (MQ=255) atTGATAGAGAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTattatt < 1:3972704/91‑1 (MQ=255) atTGATAGAGAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTattatt < 1:3972720/91‑1 (MQ=255) ttGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTAttt > 1:801048/1‑91 (MQ=255) ttGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTAttt < 1:3975405/91‑1 (MQ=255) ttGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTAttt < 1:499437/91‑1 (MQ=255) aataatcatcttctaactgaggcatctttatttgaaaaatacaaaataaTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTAttt > 1:1039967‑M1/50‑91 (MQ=255) aataatcatcttctaactgaggcatctttatttgaaaaatacaaaataaTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTAttt > 1:627025‑M1/50‑91 (MQ=255) aataatcatcttctaactgaggcatctttatttgaaaaatacaaaataaTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTAttt > 1:2584646‑M1/50‑91 (MQ=255) gatagataGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTg < 1:3332362/91‑1 (MQ=255) agatagaAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTAt > 1:759483/1‑91 (MQ=255) gatagaAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTAtt > 1:1573101/1‑91 (MQ=255) gatagaAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTAtt > 1:1573120/1‑91 (MQ=255) gatagaAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTAtt < 1:2543078/91‑1 (MQ=255) atagaAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTAttt < 1:3684915/91‑1 (MQ=255) atagaAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTAttt < 1:273441/91‑1 (MQ=255) tagaAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTAtttt < 1:1860900/91‑1 (MQ=255) tagaAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTAtttt < 1:2589956/91‑1 (MQ=255) gaAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTc < 1:2841216/91‑1 (MQ=255) aaaTTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCa < 1:3474155/91‑1 (MQ=255) aaTTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCaa > 1:1233831/1‑91 (MQ=255) aaTTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCaa > 1:1233816/1‑91 (MQ=255) gtgCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCACTATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATaa > 1:3303168/1‑91 (MQ=255) gtgCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATaa > 1:2055678/1‑91 (MQ=255) gtgCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATaa > 1:2055826/1‑91 (MQ=255) tgCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATaaa > 1:4027590/1‑91 (MQ=255) cTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGa < 1:4045263/91‑1 (MQ=255) cTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGa < 1:3852656/91‑1 (MQ=255) cTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGa < 1:1616654/91‑1 (MQ=255) cTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGa < 1:1616714/91‑1 (MQ=255) cTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGa < 1:196089/91‑1 (MQ=255) tttttCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGAt < 1:40849/91‑1 (MQ=255) tttCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGc > 1:412799/1‑91 (MQ=255) tttCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGc < 1:2529355/91‑1 (MQ=255) ttCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGcc < 1:2292936/91‑1 (MQ=255) ttCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGcc < 1:2984685/91‑1 (MQ=255) tCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCt < 1:1746783/91‑1 (MQ=255) tCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCt < 1:293722/91‑1 (MQ=255) tCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCt < 1:560180/91‑1 (MQ=255) tCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCt < 1:559708/91‑1 (MQ=255) aTAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCa < 1:902735/91‑1 (MQ=255) ataaTATTTTAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAg > 1:1543668/3‑91 (MQ=255) tatTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTag < 1:3994477/91‑1 (MQ=255) tatTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTag < 1:2666716/91‑1 (MQ=255) ttAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTagaag < 1:2469080/91‑1 (MQ=255) tAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTagaaga > 1:647422/1‑91 (MQ=255) aaaTATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAgatg > 1:3032059/1‑91 (MQ=255) aaaTATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAgatg > 1:2290670/1‑91 (MQ=255) aaTATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAgatga < 1:3298968/91‑1 (MQ=255) tacaaaataataagtgataaccatccagaatattggtcatcacttaTTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAgatgat > 1:2346447‑M2/47‑91 (MQ=255) atatTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAgatgat > 1:530974/1‑91 (MQ=255) attattTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGatta < 1:654282/91‑1 (MQ=255) attattTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGatta < 1:2010219/91‑1 (MQ=255) aaataataagtgataaccatccagaatattggtcatctcttaTTATCTTGTATTTTTCACATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGattatt > 1:3307001‑M2/43‑91 (MQ=255) aaataataagtgataaccatccagaatattggtcatcacttaTTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGattatt > 1:627025‑M2/43‑91 (MQ=255) aaataataagtgataaccatccagaatattggtcatcacttaTTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGattatt > 1:2584646‑M2/43‑91 (MQ=255) attTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATtc > 1:1132801/1‑91 (MQ=255) tttttAAGTGATGACCAATATGCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATtct < 1:3146855/91‑1 (MQ=255) tttAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTctct < 1:3238002/91‑1 (MQ=255) tttAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTctct > 1:3260432/1‑91 (MQ=255) tttAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTctct < 1:1918275/91‑1 (MQ=255) tttAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTctct < 1:1434408/91‑1 (MQ=255) tttAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTctct < 1:370163/91‑1 (MQ=255) ttAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCtt < 1:1485536/91‑1 (MQ=255) ataagtgataaccatccagaatattggtcatcacttaTTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCtt > 1:64329‑M2/38‑91 (MQ=255) ataagtgataaccatccagaatattggtcatcacttaTTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCtt > 1:1514362‑M2/38‑91 (MQ=255) TAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCttt > 1:3440653‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCttt > 1:1370926‑M1/1‑91 (MQ=255) agtgataaccatccagaatattggtcatcacttaTTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTAt > 1:2415823‑M2/35‑91 (MQ=255) AGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTAt > 1:2267715‑M1/1‑91 (MQ=255) GTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTAtt < 1:3555055‑M1/91‑1 (MQ=255) TGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGa > 1:3519248‑M1/1‑91 (MQ=255) aCCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGc < 1:1719059/91‑1 (MQ=255) aaTATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGcaat > 1:972066/1‑91 (MQ=255) atatTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGcaatc > 1:3807430/1‑91 (MQ=255) tatTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGcaatca < 1:1994068/91‑1 (MQ=255) atTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGcaatcaa > 1:2816499/1‑91 (MQ=255) atTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGCATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGcaatcaa < 1:2306920/91‑1 (MQ=255) cTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATAc < 1:2534096/91‑1 (MQ=255) ggATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACaa > 1:3674046/1‑91 (MQ=255) ggATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACaa > 1:2196199/1‑91 (MQ=255) aTGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACAAtt < 1:1856325/91‑1 (MQ=255) tGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACAAttt > 1:150760/1‑91 (MQ=255) tGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACAAttt < 1:2199557/91‑1 (MQ=255) tGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACAAttt < 1:2418718/91‑1 (MQ=255) ggTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACAAtttt > 1:2365215/1‑91 (MQ=255) ggTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACAAtttt < 1:754561/91‑1 (MQ=255) gTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACAATTTTa > 1:274461/1‑91 (MQ=255) gTTATCACTTATTATTATGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACAATTTTa > 1:3090978/1‑91 (MQ=255) tcacttaTTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACAATTTTACCtt > 1:792522‑M2/8‑91 (MQ=255) cttaTTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACAATTTTACCTTCGc < 1:232974‑M2/87‑1 (MQ=255) cttaTTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACAATTTTACCTTCGc < 1:2626405‑M2/87‑1 (MQ=255) cttaTTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACAATTTTACCTTCGc < 1:2946328‑M2/87‑1 (MQ=255) ttaTTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACAATTTTACCTTCGCa < 1:2285411‑M2/88‑1 (MQ=255) ttaTTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACAATTTTACCTTCGCa < 1:276028‑M2/88‑1 (MQ=255) ttattTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACAATTTTACCTTCGCATAc > 1:2509818/1‑91 (MQ=255) ttattTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACAATTTTACCTTCGCATAc > 1:2510123/1‑91 (MQ=255) ttattTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACAATTTTACCTTCGCATAc < 1:3502702/91‑1 (MQ=255) | CATCATTGATAGATAGAAATTGTGCTTTTTCATAAATATTTAAAATATTATTTTTAAGTGATGACCAATATTCTGGATGGTTATCACTTATTATTTTGTATTTTTCAAATAAAGATGCCTCAGTTAGAAGATGATTATTCTCTTTATTGGGAGCAATCAATACAATTTTACCTTCGCATAC > USA300TCH1516_ALE/979604‑979784 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |