| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1217693 | 92 (0.940) | 5 (0.060) | 5/128 | NT | 5.9% | intergenic (+22/‑415) | USA300HOU_RS06060/USA300HOU_RS06065 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1217729 | 87 (1.110) | intergenic (+58/‑379) | USA300HOU_RS06060/USA300HOU_RS06065 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
CTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTAT > USA300TCH1516_ALE/1217604‑1217783 | cTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTa > 1:2650751/1‑91 (MQ=255) ataGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAat < 1:465969/91‑1 (MQ=255) taGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAata > 1:777640/1‑91 (MQ=255) taGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAata < 1:1920460/91‑1 (MQ=255) aGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAatat > 1:2489269/1‑91 (MQ=255) aGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAatat > 1:2214716/1‑91 (MQ=255) 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ttatttaAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAAcc < 1:1182418/91‑1 (MQ=255) ttatttaAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAACTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAAcc < 1:4144940/91‑1 (MQ=255) tatttaAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCg < 1:3741679/91‑1 (MQ=255) taAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATc < 1:2338854/91‑1 (MQ=255) aaaCATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATcc > 1:3329476/1‑91 (MQ=255) cATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGaa > 1:1184302/1‑91 (MQ=255) gTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAatat > 1:1255999/1‑91 (MQ=255) tAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATAtt > 1:2547687/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |